PDB-6tmp: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tmp

タイトル

Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures

要素

[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / OFF-RATE SCREENING / PDHK / HSP90 / SPR / KINASE INHIBITORS / FRAGMENT SCREENING / CANCER / PDK1 / PDK2 / PDK3 / PDK4

機能・相同性

機能・相同性情報

[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / regulation of ketone metabolic process / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.076 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures
著者: Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / Collins, P.M. / Krojer, T. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.

履歴

登録	2019年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tmp.cif.gz	147.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tmp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tmp_validation.pdf.gz	953.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tmp_full_validation.pdf.gz	958 KB	表示
XML形式データ	6tmp_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6tmp_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tmqC 6tmzC 6tn0C 6tn2C 6tn4C 6tn5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tmq-d 6tn0-d 6tmz-d 1rep-d 5m4m-d 5ixp-d 4v25-d 6tn2-d 5m4k-d 5j6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial

ヘテロ分子

45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.292, 109.292, 83.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-339- PHE
2	1	AAA-339- PHE

#1: タンパク質	[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDKII 分子量: 44647.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NN8 / [2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-[(1~{R})-6,7-dimethoxy-1-pyridin-3-yl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl]methanone 分子量: 406.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₂N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TF3 / N-(2-AMINOETHYL)-2-{3-CHLORO-4-[(4-ISOPROPYLBENZYL)OXY]PHENYL} ACETAMIDE 分子量: 360.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅ClN₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 5.8 0.125 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.076→94.65 Å / Num. obs: 19985 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.076→2.344 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 1.197 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1000 / CC_1/2: 0.747 / % possible all: 76.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.076→94.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2401	934	4.674 %
R_work	0.1719	-	-
all	0.175	-	-
obs	-	19984	55.128 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.262 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0.04 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.259 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.076→94.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2766	0	56	140	2962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.658	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.406	1.581	6252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.586	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.121	22.517	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.963	15	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.312	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.225	0.2	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.098	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.209	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.307	4.804	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.289	4.797	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.361	7.176	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.369	7.183	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.712	5.289	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.71	5.291	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.291	7.726	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.289	7.729	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.704	56.128	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.718	56.066	3307

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
2.04-2.093		0	0.424	20	0.424	2664	0.635	0.7508	0.514
2.093-2.15	0.097	2	0.285	52	0.273	2628	0.766	2.0548	0.373	0.919
2.15-2.212	0.432	6	0.296	139	0.302	2498	0.749	5.8046	0.317	0.687
2.212-2.281	0.384	16	0.283	338	0.287	2476	0.794	14.2973	0.308	0.768
2.281-2.355	0.294	21	0.255	488	0.257	2356	0.806	21.6044	0.266	0.835
2.355-2.438	0.326	28	0.251	596	0.254	2314	0.818	26.9663	0.24	0.824
2.438-2.53	0.339	31	0.238	733	0.242	2235	0.842	34.1834	0.224	0.817
2.53-2.633	0.283	49	0.259	997	0.26	2140	0.83	48.8785	0.242	0.846
2.633-2.75	0.323	82	0.235	1517	0.239	2054	0.859	77.8481	0.211	0.809
2.75-2.884	0.272	104	0.229	1852	0.231	1964	0.869	99.5927	0.204	0.851
2.884-3.04	0.304	73	0.213	1802	0.217	1878	0.89	99.8403	0.183	0.846
3.04-3.224	0.297	73	0.193	1691	0.198	1766	0.917	99.8867	0.169	0.891
3.224-3.447	0.257	83	0.182	1593	0.186	1676	0.934	100	0.164	0.915
3.447-3.722	0.196	76	0.159	1474	0.16	1550	0.95	100	0.143	0.94
3.722-4.077	0.211	77	0.145	1352	0.149	1431	0.961	99.8602	0.134	0.947
4.077-4.557	0.178	59	0.128	1239	0.13	1298	0.969	100	0.121	0.96
4.557-5.26	0.19	45	0.126	1112	0.128	1157	0.97	100	0.123	0.959
5.26-6.437	0.313	45	0.157	922	0.163	967	0.954	100	0.156	0.918
6.437-9.083	0.237	44	0.15	720	0.155	764	0.962	100	0.155	0.947
9.083-94.65	0.181	20	0.177	413	0.177	434	0.963	99.7696	0.212	0.962

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)