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- PDB-6tmm: BIL2 domain from T.thermophila BUBL1 locus (C1A-N143A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tmm
タイトルBIL2 domain from T.thermophila BUBL1 locus (C1A-N143A)
要素(NAD(P)(+)--arginine ADP- ...) x 2
キーワードSPLICING / Intein / PTM / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / intein-mediated protein splicing / nucleotidyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vint domain / Hint-domain / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase, ART / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region ...Vint domain / Hint-domain / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase, ART / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NAD(P)(+)--arginine ADP-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Chiarini, V. / Ilari, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationPRIN 20154JRJPP イタリア
引用
ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Structural basis of ubiquitination mediated by protein splicing in early Eukarya.
著者: Chiarini, V. / Fiorillo, A. / Camerini, S. / Crescenzi, M. / Nakamura, S. / Battista, T. / Guidoni, L. / Colotti, G. / Ilari, A.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2021
タイトル: Structural basis of ubiquitination mediated by protein splicing in early Eukarya
著者: Chiarini, V. / Fiorillo, A. / Camerini, S. / Crescenzi, M. / Nakamura, S. / Battista, T. / Guidoni, L. / Colotti, G. / Ilari, A.
履歴
登録2019年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: NAD(P)(+)--arginine ADP-ribosyltransferase
BBB: NAD(P)(+)--arginine ADP-ribosyltransferase
CCC: NAD(P)(+)--arginine ADP-ribosyltransferase
DDD: NAD(P)(+)--arginine ADP-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,59821
ポリマ－71,1434
非ポリマー1,45517
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area25820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.477, 72.769, 70.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.871, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-807-

CA

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB CCC DDD)

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要素

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NAD(P)(+)--arginine ADP- ... , 2種, 4分子 AAACCCBBBDDD

#1: タンパク質 NAD(P)(+)--arginine ADP-ribosyltransferase / Mono(ADP-ribosyl)transferase


分子量: 17842.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00085190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q236S9, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: タンパク質 NAD(P)(+)--arginine ADP-ribosyltransferase / Mono(ADP-ribosyl)transferase


分子量: 17729.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00085190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q236S9, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 140分子

#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: Mg formate 0.1 M, PEG3350 19%, Tris 50 mM, NaCl 250 mM.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.398→69.602 Å / Num. obs: 26317 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 58.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 12.25
反射 シェル解像度: 2.398→2.54 Å / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 8236 / CC1/2: 0.733 / Rrim(I) all: 0.704 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.398→69.602 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 10.873 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.55 / ESU R Free: 0.298 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1333 5.096 %
Rwork0.1976 --
all0.201 --
obs-26159 99.403 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.817 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.732 Å2-0 Å2-0.362 Å2
2--3.26 Å20 Å2
3----1.376 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.398→69.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5009 0 45 123 5177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0135178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.6366985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1051.57410903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3715626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95124.834271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46215916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4591512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.24504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.22323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.070.22319
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1660.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.4480.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1760.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8465.9762501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8465.9782502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5848.9523125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5838.9533126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8716.3652677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8716.3592671
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8029.3753859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8029.3763860
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.76668.6335356
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.74168.615347
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.398-2.460.4271090.3461794X-RAY DIFFRACTION98.2447
2.46-2.5280.3691030.3031775X-RAY DIFFRACTION99.7345
2.528-2.6010.335870.2821756X-RAY DIFFRACTION99.8916
2.601-2.6810.319900.2781661X-RAY DIFFRACTION99.4886
2.681-2.7690.363900.2731624X-RAY DIFFRACTION99.8834
2.769-2.8660.309790.2561585X-RAY DIFFRACTION100
2.866-2.9740.389940.2481521X-RAY DIFFRACTION100
2.974-3.0950.276880.241460X-RAY DIFFRACTION99.871
3.095-3.2320.356800.2311433X-RAY DIFFRACTION99.934
3.232-3.390.267590.2251350X-RAY DIFFRACTION99.8583
3.39-3.5720.303890.2211255X-RAY DIFFRACTION98.8962
3.572-3.7890.258630.1971218X-RAY DIFFRACTION99.2254
3.789-4.0490.212580.1821156X-RAY DIFFRACTION99.0212
4.049-4.3720.226610.1511041X-RAY DIFFRACTION99.6383
4.372-4.7880.175460.1271000X-RAY DIFFRACTION99.4297
4.788-5.350.178460.144895X-RAY DIFFRACTION99.6822
5.35-6.1710.293320.185795X-RAY DIFFRACTION98.9234
6.171-7.5440.237320.184672X-RAY DIFFRACTION98.1869
7.544-10.6060.173200.147522X-RAY DIFFRACTION97.307
10.606-69.6020.4770.196313X-RAY DIFFRACTION96.3855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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