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万見
- PDB-6tlk: Structure of methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tlk
タイトルStructure of methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase from Methylorubrum extorquens AM1 in an open conformation containing NADP+ and methylene-H4MPT
要素Bifunctional protein MdtA
キーワードOXIDOREDUCTASE / One-carbon metabolism / Enzyme catalysis / Dehydrogenase / Conformational changes / Methylotrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / formaldehyde catabolic process / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal domain / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal / Methylene tetrahydromethanopterin dehydrogenase, NADP-binding domain / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal domain superfamily / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Bifunctional protein MdtA
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wagner, T. / Huang, G. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 ドイツ, 中国, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research FoundationIron sulfur for life SH87/1-1 ドイツ
Ministry of Education (China)China Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: The Hydride Transfer Process in NADP-dependent Methylene-tetrahydromethanopterin Dehydrogenase.
著者: Huang, G. / Wagner, T. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein MdtA
B: Bifunctional protein MdtA
C: Bifunctional protein MdtA
D: Bifunctional protein MdtA
E: Bifunctional protein MdtA
F: Bifunctional protein MdtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,32535
ポリマ－189,0766
非ポリマー7,24829
水37,7052093
1
A: Bifunctional protein MdtA
B: Bifunctional protein MdtA
C: Bifunctional protein MdtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,71414
ポリマ－94,5383
非ポリマー4,17611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
2
D: Bifunctional protein MdtA
E: Bifunctional protein MdtA
F: Bifunctional protein MdtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,61121
ポリマ－94,5383
非ポリマー3,07318
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area32410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.923, 149.267, 78.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Bifunctional protein MdtA


分子量: 31512.734 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
遺伝子: mtdA, MexAM1_META1p1728 / プラスミド: pET-24b(+)
詳細 (発現宿主): The synthesized DNA fragment was inserted into the expression vector pET-24b (+) at the NdeI and SalI restriction-enzyme digestion-sites
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P55818, 酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 7種, 2122分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-H4M / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN


分子量: 788.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H45N6O16P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2093 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 % / 解説: Thick plate.
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The protein at 25 mg/ml was in 25 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris)/HCl buffer pH 7.5 containing 150 mM NaCl, 5% glycerol and 2 mM dithiothreitol, supplemented with 2.5 mM methenyl- ...詳細: The protein at 25 mg/ml was in 25 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris)/HCl buffer pH 7.5 containing 150 mM NaCl, 5% glycerol and 2 mM dithiothreitol, supplemented with 2.5 mM methenyl-H4MPT and 2 mM NADP. The crystallization solution was 20% w/v polyethylene glycol 3350 and 200 mM magnesium formate. The crystallization drop contained 0.7 ul of protein solution and 0.7 ul crystallization solution
PH範囲: / / Temp details: /

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97992 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→78.401 Å / Num. obs: 161189 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 28.48 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 10.5 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.8-1.931.0320.8236240.5430.691.2471.03299.5
1.9-2.0130.5111.5224230.3420.6180.51199.5
2.01-2.1530.3122.5209490.2090.3770.31299.5
2.15-2.3230.1894.1196120.1260.2280.18999.4
2.32-2.5530.1246.1180080.0830.150.12499.3
2.55-2.8530.07410.2162490.0490.0890.07499
2.85-3.2930.04217.3142490.0280.0510.04298.5
3.29-4.0230.02823.8119430.0180.0330.02897.7
4.02-5.6930.02227.291680.0150.0270.02296.6
5.69-43.3163.10.0227.149640.0130.0240.0294.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LU9

1lu9


解像度: 1.8→26.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.111
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 7909 4.91 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.167 161135 98.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.77 Å2 / Biso mean: 36.17 Å2 / Biso min: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0754 Å20 Å25.0536 Å2
2---0.6214 Å20 Å2
3----0.454 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→26.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12548 0 489 2093 15130
Biso mean--41.63 42.77 -
残基数----1729
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5875SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4192HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26189HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1723SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact28217SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d26189HARMONIC50.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg47297HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.72
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 580 4.86 %
Rwork0.2288 11364 -
all0.2306 11944 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08220.86390.24890.8134-0.03970.3720.0135-0.0067-0.03970.0394-0.0519-0.0079-0.09320.00730.0383-0.0294-0.01890.0047-0.05640.0093-0.003-10.228417.709359.5854
21.2370.5301-0.78170.4241-0.04630.2669-0.0876-0.0079-0.04810.0152-0.0013-0.1026-0.0057-0.03260.0889-0.0757-0.0168-0.0470.01030.0382-0.0225-48.9332-5.643754.2022
30.2995-0.35260.62820.3938-0.62891.31310.00110.10170.173-0.03920.08180.0240.05570.035-0.0829-0.0918-0.0672-0.01010.00760.13060.0456-33.338521.415820.4543
40.6339-0.14130.31710.47170.22751.50210.0044-0.1438-0.12330.048-0.00430.04260.18780.021-0.0002-0.0307-0.01940.0145-0.03310.0627-0.0543-13.4285-23.997458.8399
51.09830.71450.26650.5536-0.14120.61960.03110.06870.0152-0.0880.08530.03770.1717-0.0772-0.11640.0284-0.0189-0.0535-0.04990.0143-0.0373-33.9984-27.108317.5657
60.44780.182-0.02860.4778-0.60630.9001-0.020.02440.05180.0476-0.06670.0103-0.08030.22020.0867-0.0177-0.042-0.01190.00570.0135-0.05621.8783-0.013423.0665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 456
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 456
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 456
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 456
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 456
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 456

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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