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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tld | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a triazole hydroxamate inhibitor 2 | |||||||||
![]() | Histone deacetylase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen | |||||||||
機能・相同性 | ![]() histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shaik, T.B. / Romier, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Triazole-Based smHDAC8 Inhibitors. 著者: Kalinin, D.V. / Jana, S.K. / Pfafenrot, M. / Chakrabarti, A. / Melesina, J. / Shaik, T.B. / Lancelot, J. / Pierce, R.J. / Sippl, W. / Romier, C. / Jung, M. / Holl, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 676.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 558.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 97.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4bz5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1006分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NK5.gif)
![](data/chem/img/DMF.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NK5.gif)
![](data/chem/img/DMF.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-NK5 / ~{ #5: 化合物 | ChemComp-DMF / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE 21% (W/V) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072522 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 213325 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.71 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 32281 / CC1/2: 0.498 / % possible all: 86.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4BZ5 解像度: 1.61→50 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 21.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.63 Å2 / Biso mean: 32.2414 Å2 / Biso min: 14.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.61→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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