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Yorodumi- PDB-6tld: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tld | |||||||||
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Title | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a triazole hydroxamate inhibitor 2 | |||||||||
Components | Histone deacetylase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen | |||||||||
Function / homology | Function and homology information histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Schistosoma mansoni (invertebrata) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61 Å | |||||||||
Authors | Shaik, T.B. / Romier, C. | |||||||||
Funding support | France, 2items
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Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2020 Title: Structure-Based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Triazole-Based smHDAC8 Inhibitors. Authors: Kalinin, D.V. / Jana, S.K. / Pfafenrot, M. / Chakrabarti, A. / Melesina, J. / Shaik, T.B. / Lancelot, J. / Pierce, R.J. / Sippl, W. / Romier, C. / Jung, M. / Holl, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tld.cif.gz | 676.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tld.ent.gz | 558.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tld.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tld | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4bz5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 50583.027 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schistosoma mansoni (invertebrata) / Gene: HDAC8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A5H660 |
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-Non-polymers , 6 types, 1006 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-NK5 / ~{ #5: Chemical | ChemComp-DMF / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M NA,K L-TARTRATE 21% (W/V) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.072522 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.072522 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.61→50 Å / Num. obs: 213325 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.61→1.71 Å / Redundancy: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 32281 / CC1/2: 0.498 / % possible all: 86.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BZ5 Resolution: 1.61→50 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / Phase error: 21.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.63 Å2 / Biso mean: 32.2414 Å2 / Biso min: 14.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.61→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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