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- PDB-6tkh: Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tkh
タイトルTsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - orthorhombic form at 7keV
要素
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
  • Tsetse thrombin inhibitor
キーワードBLOOD CLOTTING / anticoagulant tyrosine sulfation posttranslational modification complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Tsetse thrombin inhibitor / Prothrombin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Glossina morsitans morsitans (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Calisto, B.M. / Ripoll-Rozada, J. / de Sanctis, D. / Pereira, P.J.B.
資金援助 オーストラリア, ポルトガル, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1120941 オーストラリア
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia57/2016/CP1355/CT0011 ポルトガル
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Sulfotyrosine-Mediated Recognition of Human Thrombin by a Tsetse Fly Anticoagulant Mimics Physiological Substrates.
著者: Calisto, B.M. / Ripoll-Rozada, J. / Dowman, L.J. / Franck, C. / Agten, S.M. / Parker, B.L. / Veloso, R.C. / Vale, N. / Gomes, P. / de Sanctis, D. / Payne, R.J. / Pereira, P.J.B.
履歴
登録2019年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Thrombin light chain
H: Thrombin heavy chain
I: Tsetse thrombin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2687
ポリマ－39,8403
非ポリマー4284
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.437, 81.045, 85.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 HI

#2: タンパク質 Thrombin heavy chain / Coagulation factor II


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質 Tsetse thrombin inhibitor


分子量: 5962.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Glossina morsitans morsitans (ハエ) / 参照: UniProt: O97373

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 L

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin light chain / Coagulation factor II


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 172分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.771 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→58.8 Å / Num. obs: 24586 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 27.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3234 / CC1/2: 0.879 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U69

3u69


解像度: 1.9→42.67 Å / SU ML: 0.1739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5796
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 1278 5.21 %
Rwork0.1606 --
obs0.1626 24536 94.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2511 0 21 169 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81093532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0556365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.07381572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.980.25281200.22282306X-RAY DIFFRACTION86.21
1.98-2.070.2631360.18892415X-RAY DIFFRACTION90.11
2.07-2.180.19891410.17022482X-RAY DIFFRACTION92.36
2.18-2.320.24321490.1692516X-RAY DIFFRACTION93.87
2.32-2.50.1981280.1692610X-RAY DIFFRACTION96.41
2.5-2.750.21821340.16292673X-RAY DIFFRACTION97.47
2.75-3.140.19531610.16262670X-RAY DIFFRACTION98.13
3.14-3.960.16761530.14582697X-RAY DIFFRACTION98.24
3.96-42.670.19651560.15362889X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.874035012090.6552486093875.607120642670.5674699257890.6258875678557.02930232534-0.01810108757540.151689526021-0.0676034450411-0.336812914950.194497065935-0.93283647545-0.1969986031760.737861250241-0.1951269869970.368271031761-0.0387937460610.07395881497490.353768666498-0.03093578281730.4665886804926.671614491858.42186505153-24.4255358344
25.08401070305-0.911782397528-5.099042144953.39382556090.9418818859055.154479236260.4398911926860.8257270768410.732371100456-0.2679892013570.1195678796460.252450342694-1.1858686223-0.517019979528-0.4441274924050.5271508016960.04149472517390.03128352195680.3875188762150.06465283461190.209023369924-5.3869895191912.2724817398-30.7488307981
33.92247936427-3.91261917119-3.038790487484.311537875123.302227020922.571795814890.1748694025190.04613120915030.877158132442-0.459358696577-0.3871259305470.0936542432246-0.925304922174-0.3136186177930.04552962537470.4574572243430.05356654961980.02477237141240.3087320291460.01850674440380.387948261138-9.5571247870622.5409089076-18.9859352677
41.9937227493-0.461219125163-0.9931697075151.633343376090.05901495192011.71969036281-0.2225670758810.0809165292734-0.262035075968-0.05204862680460.1829541754710.08864789107220.413704269091-0.4034525304290.003985109977070.344383959284-0.04506245246460.02407327402470.20741496288-0.02072252838840.249726897787-7.21262068347-3.1980721926-19.4145343273
50.883253199383-1.138163698220.8126680463343.475875079850.9016321301945.37213872063-0.317248190629-0.330245762651-0.342700435747-0.05280776826790.0771322050703-0.3384266592340.7435153290860.5525920915460.3165407107570.2878839694350.0794736122150.05811270504450.226408038662-0.01023320360510.2853794679972.55927059695-3.71166594265-13.3030418471
60.642079902516-0.419386955206-1.561429354980.3125213432451.190351064234.18345383246-0.932528469976-0.0461938819128-0.6907763868540.0202302225728-0.212048897706-0.02792880880831.650904794890.52194316340.4904932732150.6252675479580.1550093791240.1840249055880.2605635462350.06308920511270.438271748151-0.195873941666-11.6233207549-7.17598244011
73.35810782986-0.1345879354851.132834397522.833966652370.4317871037653.81444638448-0.0606620593960.0273126042585-0.470362311646-0.4962370521670.123693795026-0.074522640970.5593047904920.111724155402-0.1273202490530.3581773698110.05393858198340.08741030313970.211558869761-0.003581235566660.2916742900450.234099702328-9.58013899439-22.0378698527
86.675355454820.934810391327-4.954103089777.02439888469-1.973314764856.425576137050.0710291798225-0.6872758775660.1436755928210.502478704833-0.259376945441-0.389715844267-0.1548964777310.8615220414050.1868753092030.2668726010330.086976607542-0.0137418095420.353017841230.04149209436970.1979915136352.520551958220.07440809675722.84495291151
91.65187828418-0.22682079982-0.9752817725482.419308155770.3879807532332.45132093209-0.05596988256630.03828284683550.0660020664941-0.1615257823730.0851204538105-0.340559812002-0.0955511717480.383742859942-0.06248380353940.215650038405-0.01078016811940.03690808849280.2400863542240.005219255889310.2253271588542.834026370087.09757736194-17.7892467087
101.2395500055-0.597992580615-0.8726986996360.8224241335930.2390340831433.359805631470.0379219755227-0.0345103826382-0.05026343240760.0466720942193-0.0564634156460.0946759865272-0.0315473541015-0.468506856337-0.007254242795110.2008525514870.008262061829270.007909913638460.2308407501660.02552512791870.217995011965-13.23435284165.02627072886-10.8562568449
113.846320025510.357770148853-0.1887190061662.24478487577-0.17760629435.97606982753-0.0244986989174-0.3581429788860.279552056350.2755022838220.14648290286-0.0300769652375-0.522457050093-0.199154180456-0.06000994506710.2498664866830.02679571963720.0401559092090.167353302482-0.02005809022550.192838231632-10.042729403711.4655461631-0.796994114645
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148.69676210105-6.13164637761-2.839163535258.687291735722.69958333453.80519198945-0.341512522002-0.4415961968190.3223159314340.0861944211950.204503182578-1.09067748896-0.1139488325391.53118098779-0.04281646328640.261379462150.04831537668460.007807766418770.5971681172920.05803559404850.39011342750513.10841577144.9524002861-7.92572838101
153.540873017333.37695651488-3.551322505594.69765962313-5.830693689977.86181980540.162199632758-0.70419725159-0.274182254480.599279177518-0.826559825599-0.875276213216-0.6003410406721.314520212690.3871342078090.403299599326-0.0352974287399-0.0436484412820.491568521233-0.02343670765980.4572840290393.7273626356312.58764800050.260574045164
164.09647078140.3552740600190.1572363858823.8370425511-1.86557814666.18545607851-0.3697310234070.469632294799-0.131093646405-0.3774104424090.473525346356-0.08872859813420.566460390149-0.0956280640492-0.1525811357370.3520786745650.001448238487990.03478266850850.256149164002-0.0166060492850.199081490386-12.1337013738-2.009113282943.35148719924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 285 through 299 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 300 through 308 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 309 through 320 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 321 through 344 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 345 through 365 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 366 through 383 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 384 through 406 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 407 through 420 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 421 through 460 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 461 through 495 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 496 through 514 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 515 through 527 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 528 through 563 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 564 through 578 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 1 through 23 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 24 through 31 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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