PDB-6tkd: ChiLob 7/4 H2 HC-C228S F(ab')2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tkd

タイトル

ChiLob 7/4 H2 HC-C228S F(ab')2

要素

Chilob 7/4 H2 heavy chain C228S
Chilob 7/4 H2 kappa chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ----

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Orr, C.M. / Fisher, H. / Tews, I.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022
タイトル: Hinge disulfides in human IgG2 CD40 antibodies modulate receptor signaling by regulation of conformation and flexibility.
著者: Orr, C.M. / Fisher, H. / Yu, X. / Chan, C.H. / Gao, Y. / Duriez, P.J. / Booth, S.G. / Elliott, I. / Inzhelevskaya, T. / Mockridge, I. / Penfold, C.A. / Wagner, A. / Glennie, M.J. / White, A.L. ...

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tkd.cif.gz	179.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tkd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tkbC 6tkcC 6tkeC 6tkfC 6faxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xul-5 6wwc-2 1rz8-1 2gfb-2 4hdi-1 6obz-1 1m71-d 2gfb-7 5adp-d 4gaj-d 6z3k-8 1ucb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: Chilob 7/4 H2 heavy chain C228S

LLL: Chilob 7/4 H2 kappa chain

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.021, 148.021, 46.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	HHH-392- HOH

#1: 抗体	Chilob 7/4 H2 heavy chain C228S 分子量: 25099.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Chilob 7/4 H2 kappa chain 分子量: 23463.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.64 % / 解説: needle
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→128.19 Å / Num. obs: 45431 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2857 / CC_1/2: 0.768 / R_pim(I) all: 0.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FAX

6fax

解像度: 1.9→128.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.174 / Average fsc free: 0.9341 / Average fsc work: 0.9457 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	2214	4.875 %
R_work	0.1726	43199	-
all	0.174	-	-
obs	-	45413	98.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.549 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.017 Å²	0.009 Å²	0 Å²
2-	-	0.017 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.056 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→128.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	0	401	3716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.645	4942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.577	1.568	7359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.891	5	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.433	24.359	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.261	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.972	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.263	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.632	2.736	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.631	2.736	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.71	4.075	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.709	4.075	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.377	3.097	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.376	3.098	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.04	4.489	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.039	4.489	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.046	32.642	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.842	32.102	3831

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.22	162	0.213	3109	0.213	3363	0.919	0.914	97.2644	0.216
1.949-2.003	0.246	147	0.2	3077	0.202	3321	0.905	0.92	97.0792	0.202
2.003-2.061	0.221	174	0.185	2955	0.187	3146	0.921	0.935	99.4596	0.185
2.061-2.124	0.223	118	0.178	2938	0.18	3110	0.927	0.938	98.2637	0.177
2.124-2.194	0.283	151	0.175	2824	0.18	3007	0.903	0.941	98.9358	0.173
2.194-2.271	0.217	116	0.173	2770	0.175	2902	0.939	0.946	99.4487	0.171
2.271-2.357	0.207	135	0.172	2643	0.173	2811	0.94	0.948	98.826	0.17
2.357-2.453	0.259	121	0.17	2570	0.174	2719	0.916	0.941	98.9702	0.167
2.453-2.562	0.228	139	0.167	2451	0.17	2606	0.929	0.952	99.386	0.163
2.562-2.687	0.219	124	0.157	2344	0.16	2472	0.94	0.958	99.8382	0.155
2.687-2.832	0.22	117	0.159	2222	0.162	2356	0.943	0.956	99.2784	0.158
2.832-3.004	0.21	105	0.17	2124	0.172	2244	0.95	0.953	99.3316	0.169
3.004-3.211	0.218	124	0.184	1979	0.186	2114	0.938	0.946	99.4797	0.185
3.211-3.468	0.217	123	0.189	1847	0.191	1977	0.949	0.954	99.6459	0.191
3.468-3.799	0.201	82	0.184	1735	0.185	1822	0.947	0.959	99.7256	0.187
3.799-4.247	0.167	71	0.157	1566	0.157	1644	0.962	0.967	99.5742	0.161
4.247-4.903	0.161	81	0.131	1371	0.133	1454	0.971	0.977	99.8624	0.14
4.903-6.003	0.154	69	0.159	1185	0.158	1258	0.977	0.977	99.682	0.165
6.003-8.48	0.203	32	0.194	943	0.194	975	0.957	0.959	100	0.199
8.48-128.19	0.185	23	0.209	547	0.208	575	0.962	0.955	99.1304	0.212

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関連情報:EMDBヘッダ

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