PDB-6tjs: GSTF1 from Alopecurus myosuroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tjs

タイトル

GSTF1 from Alopecurus myosuroides

要素

Glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione-S-transferase / Ligandin / flavonoid binding / mult-herbicide resistence

機能・相同性

機能・相同性情報

response to chemical / glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Alopecurus myosuroides (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: GSTF1 from Alopecurus myosuroides
著者: Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S.

履歴

登録	2019年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tjs.cif.gz	86.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tjs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tjs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tjs_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tjs_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	6tjs_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	6tjs_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tjs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tk8C 6tnlC 1axdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1s9v-2 6kvm-d 3c5j-d 1s9v-1 6bix-d 4m5t-d 2q6w-1 3fxj-d 3ffb-d 4n0e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Glutathione transferase

25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.695, 103.695, 78.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-333- HOH
2	1	AAA-335- HOH

#1: タンパク質	Glutathione transferase 分子量: 24993.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZS17, glutathione transferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: sodium citrate pH 5.6, Na/K tartrate 1.5-2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→52 Å / Num. obs: 38156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 27.3
反射シェル	解像度: 1.53→1.6 Å / R_merge(I) obs: 0.079 / Num. unique obs: 1848

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AXD

1axd

解像度: 1.53→51.847 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	1886	4.951 %
R_work	0.1928	-	-
all	0.193	-	-
obs	-	38090	99.851 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.238 Å²	0.119 Å²	0 Å²
2-	-	0.238 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.773 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→51.847 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1522	0	0	112	1634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	1.638	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.304	1.568	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.068	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.613	22.468	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.321	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.103	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.072	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.007	2.972	771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.006	2.967	770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.339	4.421	960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.337	4.427	961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.181	3.324	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.171	3.324	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.129	4.866	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.13	4.861	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.51	35.264	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.514	35.032	1782

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.53-1.57	0.327	136	0.312	2625	0.313	2774	0.832	0.83	99.5314	0.3
1.57-1.613	0.308	106	0.287	2581	0.288	2692	0.836	0.852	99.8143	0.271
1.613-1.659	0.288	134	0.263	2464	0.264	2606	0.881	0.888	99.693	0.24
1.659-1.71	0.278	133	0.241	2425	0.242	2560	0.878	0.901	99.9219	0.216
1.71-1.767	0.278	121	0.224	2354	0.227	2478	0.897	0.919	99.8789	0.196
1.767-1.828	0.261	112	0.219	2289	0.221	2407	0.906	0.927	99.7507	0.187
1.828-1.897	0.214	128	0.21	2180	0.21	2312	0.938	0.937	99.827	0.181
1.897-1.975	0.237	107	0.204	2142	0.205	2250	0.93	0.945	99.9556	0.179
1.975-2.062	0.224	114	0.194	2029	0.195	2146	0.942	0.952	99.8602	0.174
2.062-2.163	0.208	117	0.191	1941	0.192	2059	0.948	0.951	99.9514	0.173
2.163-2.28	0.218	83	0.174	1879	0.176	1965	0.948	0.962	99.8473	0.159
2.28-2.418	0.185	98	0.175	1782	0.175	1881	0.957	0.96	99.9468	0.163
2.418-2.584	0.2	92	0.171	1658	0.173	1750	0.947	0.963	100	0.163
2.584-2.791	0.224	80	0.177	1565	0.179	1647	0.945	0.96	99.8786	0.173
2.791-3.056	0.173	61	0.185	1464	0.185	1526	0.961	0.96	99.9345	0.185
3.056-3.415	0.219	72	0.204	1321	0.205	1394	0.941	0.953	99.9283	0.212
3.415-3.941	0.19	70	0.178	1174	0.178	1244	0.964	0.965	100	0.194
3.941-4.82	0.168	50	0.167	1016	0.167	1066	0.971	0.967	100	0.193
4.82-6.787	0.19	35	0.193	818	0.193	854	0.969	0.968	99.8829	0.227
6.787-51.847	0.2	37	0.22	496	0.218	533	0.963	0.949	100	0.257

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関連情報:EMDBヘッダ

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