PDB-6tjl: Mature primitive pytochelatin synthase Alr0975 from Nostoc specie...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tjl

タイトル

Mature primitive pytochelatin synthase Alr0975 from Nostoc species bound to glutathione

要素

Alr0975 protein

キーワード

TRANSFERASE / glutathione / cyanobacteria / heavy metal / phytochelatin / protein-ligand complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase / glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase activity / phytochelatin biosynthetic process / response to metal ion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mature primitive pytochelatin synthase Alr0975 from Nostoc species bound to glutathione
著者: Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2019年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tjl.cif.gz	329 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tjl.ent.gz	224.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tjl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tjl_validation.pdf.gz	909.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tjl_full_validation.pdf.gz	915.7 KB	表示
XML形式データ	6tjl_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	6tjl_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tjl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6th5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6th5-d 5ciy-d 3g7u-d 6kih-10 5m3x-1 6kih-12 4egr-3 2c7o-d 2iya-1 6kih-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alr0975 protein

B: Alr0975 protein

ヘテロ分子

50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.389, 47.832, 67.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.798, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Alr0975 protein / Primitive phytochelatin synthase 分子量: 24627.822 Da / 分子数: 2 / 変異: C70S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) 遺伝子: alr0975, alr0975 / プラスミド: p10$ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YY76
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.45 / 詳細: 15% PEG8000, 0.1 M MES pH 5.45, 0.2 M CaAc / PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月11日 / 詳細: lagittal bend Si crystal
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→46.25 Å / Num. obs: 32762 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.05 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 10.22
反射シェル	解像度: 1.87→1.937 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3274 / CC_1/2: 0.621 / R_pim(I) all: 0.535 / R_rim(I) all: 0.999 / % possible all: 99.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TH5

6th5

解像度: 1.87→46.25 Å / SU ML: 0.2626 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.4735

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	1638	5 %
R_work	0.2047	-	-
obs	0.2079	32749	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→46.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3448	0	44	118	3610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0161	3634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.413	4937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0639	555
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.0091	503

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.92	0.3232	135	0.3105	2548	X-RAY DIFFRACTION	97.85
1.92-1.99	0.3494	135	0.2866	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.99-2.06	0.3134	137	0.2665	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.06-2.14	0.3044	135	0.2634	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.14-2.24	0.3308	136	0.2387	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.24-2.35	0.2931	137	0.228	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.35-2.5	0.3062	136	0.2254	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.5-2.69	0.2598	136	0.2238	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.69-2.96	0.2799	136	0.2214	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.97-3.39	0.2757	137	0.1987	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.39-4.28	0.24	137	0.1609	2597	X-RAY DIFFRACTION	98.74
4.28-46.25	0.2192	141	0.1648	2665	X-RAY DIFFRACTION	98.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.293652833442	-0.115505559974	0.194670191802	0.775103469635	-0.271589715536	0.614386015045	0.00343258959743	0.154489364672	0.137843900844	0.103223928381	-0.0510181576767	-0.0631776595472	-0.177196388519	0.0544857948232	-0.0102140669739	0.458589508118	0.346540802961	0.00887086979888	0.713740223412	0.581519306108	0.161509207736	16.8722848688	12.7120169208	11.5727298654
2	2.5271714381	-0.6018512422	-0.273725166933	1.86195306291	-0.156507599112	1.24717194508	-0.178405794024	0.46857350481	0.0045758563908	-0.451235829914	0.163325381813	0.25623261836	0.0863948639776	-0.191819572626	-0.0487491275472	0.45224757802	0.112130820833	0.011087393446	0.777678392176	0.123768093779	0.259453610262	17.9197979136	1.64455843055	0.975043101543
3	2.81837519533	0.0994339133808	0.271787237573	0.913051738542	-0.317794339098	0.950114726795	0.11127529872	0.534367422333	0.0234954557616	0.00528429354619	-0.0274637578079	-0.0856180618473	-0.103910301016	0.00695644331042	-0.113178523708	0.213056359696	0.0557851075704	-0.0140088446978	0.171165398755	-0.00755674360626	0.203980981502	21.7735430708	-3.86465442885	19.7272812646
4	1.43924051937	0.911433148054	-0.384568434069	1.40006356734	-1.1169785958	1.0310415569	-0.193707740218	0.103731756261	-0.28758096072	0.3633024864	0.21110019921	-0.179581400389	0.0875467950428	-0.0624508080635	0.0434311233379	0.313846349267	0.0497866768997	-0.0168105135908	0.158227778273	-0.00110380126519	0.271644843974	19.6639507869	-14.9660184433	27.7428717026
5	1.86793481178	1.43047897953	0.102957921098	2.04777764172	0.648951485709	2.06942745369	0.147521136228	-0.0736106137359	-0.0536674146002	0.435090947543	0.0586327473748	-0.210466861883	-0.199952981648	0.208528191141	0.0229271872387	0.352636939013	-0.014210795756	-0.0411221992915	0.0714763484983	0.0244552199179	0.310032933917	31.0066653685	-8.63478788773	33.3671465008
6	0.996425811856	-0.0527200387921	0.268518303153	1.33735015952	0.414331079225	0.804463774152	0.109188643442	-0.0374340373069	0.0903329159612	0.675590194416	-0.212615450049	-0.124686492325	0.0230472907235	0.272901730223	0.0875332179163	0.293187887938	-0.0136599540123	0.0171492140239	0.16052136963	-0.0115899379976	0.301987851216	33.4423547836	-1.72172711404	29.3619537794
7	0.267854933469	0.0489469379209	0.527526038147	0.792873154238	-0.0535283830563	1.17974298335	0.120413576182	1.04032268267	-0.1751897365	-0.4042444688	-0.110935097795	-0.460574527282	-0.211691166409	0.332916714694	0.0509937080236	0.321725826938	0.074919956512	0.110052869253	0.762961546737	-0.026973723433	0.342847936203	37.4986007587	-1.44410934034	9.5339771552
8	1.43585515619	0.24001457548	0.321496959031	0.556614441981	-0.705570644627	1.4877124082	0.0959204852108	0.805283832931	0.206058215957	-0.0215064957391	-0.0311575858752	-0.0765937846383	-0.210832001251	0.0453191420611	-0.00117724984102	0.239319071985	0.0968846156745	0.0920804501408	0.365726055471	0.0666433799814	0.329663497877	29.727235974	2.7177665585	14.5274976625
9	0.535588664666	0.0935281519199	-0.0569014255074	0.386066964292	-0.394043138354	0.495084039878	0.116807482211	0.921928727329	0.653083573061	-0.184247866702	-0.0562014412862	-0.0215338290444	-0.189143636362	0.209768327027	0.0347872411152	0.302576419962	0.039233620982	0.0477771349155	0.484763067345	0.179746380373	0.333669590604	25.5375988991	7.30640084174	11.7652060555
10	2.62224016588	0.533287617417	0.138959709705	0.625338303295	-0.11702904069	2.40143882157	0.300453519907	0.434053528249	0.25707847715	-0.0457086776765	-0.339005336588	-0.259476214169	-0.276624979524	0.245569765481	-0.0202221978019	0.253780691568	0.00466706592656	0.0631098794482	0.254243102751	0.0744701690119	0.314575454059	37.9927398681	1.53268898203	19.7271069359
11	0.364013557332	-0.0595817161209	-0.0819536525432	0.962109170339	-0.112355673888	0.635384381962	-0.0715003691307	0.213048782354	-0.236692156573	0.187059085095	-0.101669190839	0.179489500978	0.374501360187	-0.0860206009673	-0.181835289688	0.470713888695	0.123689830133	-6.5755731098E-5	0.657727742422	-0.54874428227	0.524146656917	11.2582835275	-19.925739996	11.6212327817
12	1.02981324248	0.543173227708	-0.386556732678	0.827415267279	0.376299821803	1.01020533823	0.12885474839	0.833268110909	-0.0583906026044	-0.214065574169	-0.175825824882	0.101269983641	0.1593032646	0.00182687428819	-0.0236925861634	0.280299178671	0.115187128174	-0.0188026055519	0.463052538993	-0.0187043171304	0.225191476942	7.75058643627	-4.71389965508	14.4716247766
13	1.97830844467	0.729086853123	-0.278844449004	0.407293390354	0.278992078876	1.12769517884	-0.10197581242	0.343082864332	0.221872763641	0.206232762687	0.109123197722	0.0184552936828	-0.151048186598	0.104053284301	0.0434248306821	0.291869011436	0.0517462745587	0.0121083837014	0.140556372898	0.0278995391447	0.284390337502	7.43304927633	7.11750431888	28.9896109915
14	1.25262103639	0.147703973828	-0.134899200345	1.59058509118	-0.165239017454	1.09729251529	0.0492251080993	-0.0274711885694	0.0504987729459	0.494601960531	-0.0284197280317	0.147144598901	-0.0725256637049	-0.139717919523	0.0155843961439	0.286341369585	-0.00824456113337	-0.0215639165997	0.172292660558	-0.00473133893851	0.276069831698	-4.84753925165	-3.16726672054	30.8919801319
15	0.0750902474455	0.172287429683	-0.085795051095	0.569298695022	-0.241968620527	0.113031217894	0.126606828595	0.7342555716	-0.155462190026	-0.185385307967	0.0801069770324	0.380314256566	0.120844704982	-0.198864339373	0.132456421785	0.248686897813	0.0644042679835	-0.188142424966	1.07439399418	-0.0767022152289	0.291506119634	-9.06734286749	-5.66562646774	9.83853362227
16	2.53123373212	0.349346822365	-0.349119568622	1.29592889994	0.834325458628	1.58079448002	0.0695242439694	1.00932762106	-0.239506432779	-0.0129005858872	0.0147597914381	0.138046765794	0.138488083297	-0.0877371954271	-0.0410366834372	0.184983073355	0.073341081002	-0.052780234239	0.431516632697	-0.0822565407875	0.238127460816	-1.10147981667	-9.76073988417	14.6411085155
17	1.1866233897	-0.198661096017	-0.19385015131	1.0054892225	1.08978198997	1.76535428926	0.0550984806324	0.886271212965	-0.46652675996	-0.0888948373127	-0.0222350506921	0.0117629510723	0.163798118167	0.0555147115467	0.0535743509616	0.215219790724	0.0292698345252	-0.0538009388992	0.432847697091	-0.189618257351	0.280777806803	2.21066147654	-14.1660866825	15.1606776299
18	1.32899687475	0.203121517933	0.45701480857	0.165226610501	0.0298082855295	0.157741323364	0.0340961968646	1.49978750352	-0.367243665029	-0.445733874849	-0.208160648996	-0.0907560850864	-0.0028127552697	-0.407151924023	-0.144521166775	0.371758756581	0.0317605231565	-0.0757005788728	0.824740478901	-0.370312640112	0.295168340387	3.22714449722	-14.6137893205	11.0569817026
19	2.24419195176	0.177371935804	0.172538062225	2.14649238385	0.0962406172294	2.3881021686	0.1776428686	0.688592243572	-0.12082164988	-0.0547377125504	-0.304191084496	0.0410960221398	0.117040561159	-0.265436541943	0.0370691678169	0.177673011196	0.022887437704	-0.0286853575325	0.424497129398	-0.0678045810713	0.364632350231	-9.14356207984	-7.9816763356	19.574340086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 114 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 115 through 135 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 136 through 161 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 162 through 176 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 177 through 221 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 222 through 241 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 25 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 39 through 82 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 83 through 106 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 107 through 135 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 136 through 161 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 162 through 176 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 177 through 191 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 192 through 221 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 222 through 241 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)