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- PDB-6tjf: Crystal structure of the computationally designed Cake6 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tjf
タイトルCrystal structure of the computationally designed Cake6 protein
要素Cake6
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Beta-propeller (Βプロペラドメイン) / computationally designed / symmetrical (対称性) / repeat protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mylemans, B. / Laier, I. / Voet, A.R.D. / Noguchi, H.
資金援助 ベルギー, 4件
組織認可番号国
Research Foundation - FlandersGBM-D3229-ASP/17 ベルギー
Research Foundation - FlandersG0E4717N ベルギー
Research Foundation - FlandersG051917N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0F9316N ベルギー
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Structural plasticity of a designer protein sheds light on beta-propeller protein evolution.
著者: Mylemans, B. / Laier, I. / Kamata, K. / Akashi, S. / Noguchi, H. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cake6
B: Cake6
C: Cake6
D: Cake6
E: Cake6
F: Cake6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,84313
ポリマ－157,1996
非ポリマー6457
水5,459303
1
A: Cake6
E: Cake6
F: Cake6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9687
ポリマ－78,5993
非ポリマー3684
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9950 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
2
B: Cake6
C: Cake6
D: Cake6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8766
ポリマ－78,5993
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9560 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.812, 79.670, 79.670
Angle α, β, γ (deg.)75.251, 66.137, 66.137
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Cake6


分子量: 26199.795 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% PEG5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→57.05 Å / Num. obs: 54166 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.52 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4459 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.0235 / Rrim(I) all: 0.453 / Χ2: 0.61 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Cake9 crystal structure

解像度: 2.4→57.05 Å / SU ML: 0.3249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.3629
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 2811 5.19 %
Rwork0.1871 51321 -
obs0.1903 54132 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→57.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10927 0 42 303 11272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009611244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.947515267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06521584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00552013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.78983990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.32571630.21952500X-RAY DIFFRACTION97.72
2.44-2.490.36111560.23812543X-RAY DIFFRACTION97.72
2.49-2.530.35071680.24592538X-RAY DIFFRACTION97.69
2.53-2.590.32311420.24782536X-RAY DIFFRACTION98.1
2.59-2.640.31571230.25962610X-RAY DIFFRACTION97.82
2.64-2.70.35231410.24412506X-RAY DIFFRACTION98.07
2.7-2.770.31561470.23942556X-RAY DIFFRACTION98.36
2.77-2.850.30331160.24442625X-RAY DIFFRACTION98.17
2.85-2.930.32981390.22292545X-RAY DIFFRACTION98.35
2.93-3.020.271450.2292550X-RAY DIFFRACTION98.36
3.02-3.130.2791730.24292610X-RAY DIFFRACTION98.55
3.13-3.260.31931110.23322532X-RAY DIFFRACTION98.62
3.26-3.410.34491310.23122585X-RAY DIFFRACTION98.69
3.41-3.580.25731060.19452615X-RAY DIFFRACTION98.77
3.59-3.810.28221260.18062603X-RAY DIFFRACTION98.91
3.81-4.10.28321090.17592621X-RAY DIFFRACTION98.95
4.1-4.520.16991280.13722585X-RAY DIFFRACTION99.12
4.52-5.170.18861820.14172549X-RAY DIFFRACTION99.09
5.17-6.510.21051720.14072539X-RAY DIFFRACTION99.23
6.51-57.050.17121330.15582573X-RAY DIFFRACTION97.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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