PDB-1sg2: Crystal structure of the periplasmic chaperone Skp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sg2

タイトル

Crystal structure of the periplasmic chaperone Skp

要素

Seventeen Kilodalton Protein

キーワード

CHAPERONE / protein folding / outer membrane protein / molecular dipole / hydrophobic surface

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / : / protein maturation / lipopolysaccharide binding / unfolded protein binding / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Korndorfer, I.P. / Dommel, M.K. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of the periplasmic chaperone Skp suggests functional similarity with cytosolic chaperones despite differing architecture.
著者: Korndorfer, I.P. / Dommel, M.K. / Skerra, A.

履歴

登録	2004年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 999

SEQUENCE ASWSHPQFEK IS THE SEQUENCE OF THE N-TERMINAL STREP-TAGII, WHICH THE AUTHORS USED TO PURIFY ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sg2.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sg2.ent.gz	69.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sg2_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sg2_full_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示
XML形式データ	1sg2_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	1sg2_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/1sg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/1sg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1u2m-d 4a6u-d 6tjf-1 5l6m-1 6cbc-d 4ba4-d 5ti8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Seventeen Kilodalton Protein

B: Seventeen Kilodalton Protein

C: Seventeen Kilodalton Protein

51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.985, 83.911, 158.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is the trimer in the crystallographic asymmetric unit.

#1: タンパク質	Seventeen Kilodalton Protein 分子量: 17044.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: HLPA, SKP, OMPH, B0178, C0215, Z0190, ECS0180, SF0168, S0171 プラスミド: pASK75-IBA4-Skp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P0AEU7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 34.5% (v/v) ethanol, 7% (w/v) polyethylene glycol 1000, 50 mM Na-phosphate, 50 mM Na-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.93221 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月6日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93221 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 63722 / Num. obs: 31346 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 17.7 / Num. unique all: 4407 / R_sym value: 0.325 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 6.878 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27914	1439	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22331	-	-	-
obs	0.22608	28015	94.13 %	-
all	-	29454	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.951 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3033	0	0	86	3119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.647	1.949	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.108	3	6567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.21	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.27	0.3	751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.265	0.3	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.111	0.5	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.3	181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.3	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.246	0.3	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.252	0.3	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.651	2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.344	3	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.048	2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.453	3	963
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.328	108
R_work	0.301	1977

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0398	1.3879	-2.3841	1.0892	-0.6468	1.432	-0.1168	-0.4107	-0.2237	-0.1035	0.0362	-0.0648	0.295	-0.0105	0.0806	0.1514	0.0296	0.0072	0.1165	0.0515	0.1334	46.385	5.346	8.123
2	0.9748	-1.3775	0.0934	1.6935	1.291	4.4827	0.0003	0.0149	0.3009	0.13	0.1059	-0.2101	0.0011	0.3266	-0.1062	0.1055	-0.0436	-0.0172	0.1427	-0.084	0.133	38.308	29.184	10.603
3	3.2703	1.0573	-3.4183	2.146	-1.5678	2.1993	0.0295	-0.1853	-0.1194	-0.0127	0.0669	0.2268	0.0831	-0.0788	-0.0964	0.1095	-0.0202	-0.0281	0.203	0.1061	0.1038	21.278	10.038	12.858
4	0.1809	0.2506	-0.21	0.2942	-0.9507	1.0805	-0.0131	-0.0572	-0.1055	0.1777	-0.1985	-0.0486	-0.2275	0.254	0.2116	0.3007	0.0247	-0.0318	0.1795	0.0814	0.0922	52.82	4.975	33.517
5	0.4492	-0.0917	-0.0814	0.1908	0.6525	0.7254	-0.0367	-0.1693	0.1589	0.1644	-0.0625	-0.147	0.1299	0.1302	0.0992	0.2436	-0.053	-0.0394	0.2095	-0.0705	0.1159	34.068	29.041	26.543
6	-0.5271	0.1657	0.0199	0.3792	-0.7929	1.6279	0.054	0.0233	0.0073	0.0782	0.0703	-0.0784	-0.0462	-0.0134	-0.1243	0.1716	0.0493	-0.0783	0.3196	0.0935	0.0798	31.17	3.484	37.989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	13 - 30	13 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	142 - 153	142 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	12 - 30	12 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	142 - 152	142 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	13 - 30	13 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	142 - 153	142 - 153
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	31 - 141	31 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	31 - 141	31 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	31 - 141	31 - 141

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