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万見
- PDB-6tj3: P. falciparum essential light chain, N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tj3
タイトルP. falciparum essential light chain, N-terminal domain
要素PfELC
キーワードMOTOR PROTEIN / motility / glideosome / light chain / myosin
機能・相同性EF-hand domain pair / Myosin essential light chain ELC
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Weininger, U. / Pazicky, S. / Loew, C.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Joachim Herz Foundation800026 ドイツ
Swedish Research Council621-2013-5905 スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structural role of essential light chains in the apicomplexan glideosome.
著者: Pazicky, S. / Dhamotharan, K. / Kaszuba, K. / Mertens, H.D.T. / Gilberger, T. / Svergun, D. / Kosinski, J. / Weininger, U. / Low, C.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PfELC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9341
ポリマ－8,9341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Protein is a monomer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PfELC


分子量: 8934.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1017500 / プラスミド: pNIC28_Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJM4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
153isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D HN(COCA)CB
191isotropic23D H(CCO)NH
181isotropic23D H(CCO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1121isotropic12D (H)CCH-TOCSY aromatic
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1142isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1163isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ELC 1-74, 90% H2O/10% D2O15N13C sample90% H2O/10% D2O
solution21.0 mM 1-13C1 glucose ELC 1-74, 90% H2O/10% D2O1-13C sample90% H2O/10% D2O
solution31.0 mM 2-13C1 glucose ELC 1-74, 90% H2O/10% D2O2-13C samples90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMELC 1-74[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.0 mMELC 1-741-13C1 glucose2
1.0 mMELC 1-742-13C1 glucose3
試料状態詳細: 50 mM HEPES, 20mM NaCl, 0.5mM TCEP / イオン強度: 70 mM / Ionic strength err: 1 / Label: conditions 1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 bar / 温度: 288 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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