PDB-6tid: Structure of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tid

タイトル

Structure of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131) in complex with H-type 1 antigen

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / TNF-like / fucosylated antigen

機能・相同性

Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / H type 1 antigen, beta anomer / Lectin

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.614 Å

データ登録者

Varrot, A. / Bermeo, R.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: BC2L-C N-Terminal Lectin Domain Complexed with Histo Blood Group Oligosaccharides Provides New Structural Information.
著者: Bermeo, R. / Bernardi, A. / Varrot, A.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tid.cif.gz	47.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tid.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tigC 2wq4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o1l-3 4pib-2 1xto-d 4ny3-2 6idy-3 4pib-4 3c10-3 7bfy-1 6f2b-3 3c0z-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lectin

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.696, 42.696, 308.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-301- HOH
2	1	AAA-313- HOH
3	1	AAA-395- HOH
4	1	AAA-416- HOH
5	1	AAA-418- HOH
6	1	AAA-425- HOH

#1: タンパク質

Lectin

分子量: 14010.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: B4EH86

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / H type 1 antigen / beta anomer

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: H type 1 antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a3-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.45 % / 解説: Thick square
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.2 M Na citrate pH 7.0 cryoprotected in 2.5 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98096 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98096 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→36.71 Å / Num. obs: 14606 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 712 / CC_1/2: 0.874 / R_pim(I) all: 0.32 / R_rim(I) all: 0.643 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wq4

2wq4

解像度: 1.614→36.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.606 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	751	5.142 %
R_work	0.1583	-	-
all	0.161	-	-
obs	-	14605	99.652 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.186 Å²	-0.093 Å²	0 Å²
2-	-	-0.186 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.603 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.614→36.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	967	0	36	132	1135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.779	1.691	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.555	1.612	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.033	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.225	22.5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.052	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.944	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.789	1.842	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.782	1.836	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.526	2.732	672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.526	2.739	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.285	2.024	519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.283	2.024	520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.389	2.976	782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.387	2.976	783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.047	22.799	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.897	22.238	1091

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.614-1.656	0.344	51	0.231	999	0.237	1060	0.9	0.929	99.0566	0.231
1.656-1.701	0.265	46	0.193	983	0.196	1030	0.928	0.949	99.9029	0.193
1.701-1.751	0.23	68	0.176	920	0.179	988	0.944	0.956	100	0.176
1.751-1.804	0.258	55	0.172	929	0.177	985	0.925	0.951	99.8985	0.172
1.804-1.863	0.234	49	0.167	900	0.171	950	0.94	0.955	99.8947	0.167
1.863-1.929	0.238	44	0.166	868	0.169	912	0.943	0.958	100	0.166
1.929-2.001	0.198	37	0.175	858	0.176	895	0.946	0.957	100	0.175
2.001-2.083	0.225	48	0.164	791	0.167	842	0.949	0.965	99.6437	0.164
2.083-2.175	0.167	36	0.161	794	0.161	832	0.964	0.966	99.7596	0.161
2.175-2.281	0.194	31	0.145	747	0.147	778	0.96	0.972	100	0.145
2.281-2.404	0.171	41	0.152	725	0.153	768	0.971	0.97	99.7396	0.152
2.404-2.549	0.223	42	0.156	673	0.16	716	0.949	0.964	99.8603	0.156
2.549-2.724	0.199	47	0.166	623	0.168	671	0.959	0.963	99.851	0.166
2.724-2.941	0.185	37	0.151	591	0.153	631	0.958	0.967	99.5246	0.151
2.941-3.219	0.194	28	0.151	568	0.154	597	0.956	0.964	99.8325	0.151
3.219-3.596	0.231	26	0.146	506	0.15	538	0.955	0.971	98.8848	0.146
3.596-4.146	0.124	22	0.128	457	0.128	481	0.982	0.977	99.5842	0.128
4.146-5.061	0.11	20	0.107	394	0.107	415	0.986	0.988	99.759	0.107
5.061-7.09	0.276	15	0.172	329	0.176	345	0.973	0.975	99.7101	0.172
7.09-36.713	0.293	8	0.274	198	0.275	217	0.94	0.931	94.9309	0.274

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)