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- PDB-6thy: Botulinum neurotoxin A3 Hc domain in complex with GD1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6thy
タイトルBotulinum neurotoxin A3 Hc domain in complex with GD1a
要素BoNT/A3
キーワードTOXIN / Botulinum / neurotoxin / ganglioside / GD1a
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / BoNT/A3
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gregory, K.S. / Acharya, K.R. / Liu, S.M.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of botulinum neurotoxin subtype A3 cell binding domain in complex with GD1a co-receptor ganglioside.
著者: Gregory, K.S. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.
履歴
登録2019年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: BoNT/A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1418
ポリマ－50,4641
非ポリマー1,6777
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.228, 73.129, 140.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA

#1: タンパク質 BoNT/A3 / Neurotoxin type A


分子量: 50464.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3LRX9
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 365分子

#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 % / 解説: Cluster
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Sodium acetate, 22% v/v PEG Smear broad (4.55% v/v PEG 400, 4.55% v/v PEG 500 MME, 4.55% v/v PEG 600, 4.55% w/v PEG 1000, 4.55% w/v PEG 2000, 4.55% w/v PEG 3350, 4.55% w/v PEG 4000, 4. ...詳細: 0.1 M Sodium acetate, 22% v/v PEG Smear broad (4.55% v/v PEG 400, 4.55% v/v PEG 500 MME, 4.55% v/v PEG 600, 4.55% w/v PEG 1000, 4.55% w/v PEG 2000, 4.55% w/v PEG 3350, 4.55% w/v PEG 4000, 4.55% w/v PEG 5000 MME, 4.55% w/v PEG 6000, 4.55% w/v PEG 8000, 4.55% w/v PEG 10000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→140.18 Å / Num. obs: 47739 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.217 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 2.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2570 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.91 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6f0o

6f0o


解像度: 1.75→70.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.166 / Average fsc free: 0.9204 / Average fsc work: 0.9283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 1904 3.995 %
Rwork0.1784 45755 -
all0.18 --
obs-47659 99.703 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-0 Å20 Å2
2--1.447 Å2-0 Å2
3----0.677 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→70.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3357 0 113 359 3829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0173341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.6624924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4961.6077784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8585425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52923.485198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59215647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg50.641151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2021518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2140.23108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21671
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1060.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1312.271689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1272.2681687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.23.3832117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.23.3862118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.222.7191959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.222.7211960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9233.9122807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9223.9142808
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.39527.1173995
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.39527.1293996
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.75-1.7950.2641300.27233430.27134820.840.82899.74150.255
1.795-1.8450.2781400.23631950.23833690.8680.87698.99080.218
1.845-1.8980.271220.2231640.22233190.8890.90499.00570.198
1.898-1.9560.2671180.20331000.20532220.8910.91799.87590.179
1.956-2.0210.2341110.19329440.19530750.9120.9299.34960.173
2.021-2.0910.2061250.20228940.20230350.9060.91499.47280.177
2.091-2.170.2021150.16728020.16829280.9490.95299.62430.148
2.17-2.2590.221060.1827090.18128180.930.93799.89350.159
2.259-2.3590.2111020.16625900.16826950.9380.95199.88870.148
2.359-2.4740.2351030.17624670.17925740.9340.94299.84460.159
2.474-2.6080.226940.16623790.16924770.9380.94799.83850.151
2.608-2.7660.222990.17622240.17823230.9370.951000.162
2.766-2.9560.21850.1721230.17122080.9470.9561000.158
2.956-3.1930.2191000.1719740.17220740.9460.9611000.161
3.193-3.4970.202880.18718300.18819180.9530.9541000.179
3.497-3.9080.192800.16316450.16417250.9640.9671000.159
3.908-4.5110.17670.1414860.14215530.9680.9771000.14
4.511-5.5190.14440.14712730.14713170.980.9791000.149
5.519-7.780.287490.21210060.21410550.9080.9551000.208
7.78-70.090.216260.2026070.2036340.9560.9599.84230.222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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