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- PDB-6thk: Structural mechanism of pyocin S5 import into Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6thk
タイトルStructural mechanism of pyocin S5 import into Pseudomonas aeruginosa
要素Pyocin S5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Bacteriocin / Pyocin / Antibiotic / Ionophore
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Behrens, H.M. / Kleanthous, C. / Lowe, E.D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustInfection, Immunology and Translational Medicine studentship 英国
Wellcome Trust201505/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Pyocin S5 Import into Pseudomonas aeruginosa Reveals a Generic Mode of Bacteriocin Transport.
著者: Behrens, H.M. / Lowe, E.D. / Gault, J. / Housden, N.G. / Kaminska, R. / Weber, T.M. / Thompson, C.M.A. / Mislin, G.L.A. / Schalk, I.J. / Walker, D. / Robinson, C.V. / Kleanthous, C.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Pyocin S5 import into Pseudomonas aeruginosa reveals a generic mode of bacteriocin transport
著者: Behrens, H.M. / Lowe, E.D. / Gault, J. / Housden, N.G. / Kaminska, R. / Weber, T.M. / Thompson, C. / Mislin, G.L.A. / Schalk, I.J. / Walker, D. / Robinson, C.V. / Kleanthous, C.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyocin S5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,83810
ポリマ－57,2231
非ポリマー6159
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.240, 53.870, 104.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pyocin S5


分子量: 57223.105 Da / 分子数: 1 / 変異: E215Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: pyoS5, PA0985 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4Y4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 3000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M zinc acetate, pH 4.5 protein buffer: 25 mL Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9679 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9679 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→53.7 Å / Num. obs: 28285 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 41.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.113 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.946 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2467 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 1.594 / Rrim(I) all: 2.52 / Χ2: 1.11 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→52.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU R Cruickshank DPI: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1301 4.62 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 28161 98.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.41 Å2 / Biso mean: 63.91 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.1836 Å20 Å214.0936 Å2
2--2.9421 Å20 Å2
3----25.1257 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→52.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3633 0 14 84 3731
Biso mean--66.87 60.53 -
残基数----466
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1335SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes534HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3712HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion499SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4362SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3712HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5014HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3093 138 4.62 %
Rwork0.2573 2848 -
all0.26 2986 -
obs--98.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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