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万見
- PDB-6th1: IE1 from rat cytomegalovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6th1
タイトルIE1 from rat cytomegalovirus
要素Immediate early protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / RCMV IE1
機能・相同性Immediate early protein 1
機能・相同性情報
生物種Murid betaherpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schweininger, J. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB796 ドイツ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Cytomegalovirus immediate-early 1 proteins form a structurally distinct protein class with adaptations determining cross-species barriers.
著者: Schweininger, J. / Scherer, M. / Rothemund, F. / Schilling, E.M. / Worz, S. / Stamminger, T. / Muller, Y.A.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Immediate early protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8671
ポリマ－40,8671
非ポリマー00
水00
1
R: Immediate early protein 1

R: Immediate early protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7352
ポリマ－81,7352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area4470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area36410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.049, 173.049, 134.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Immediate early protein 1


分子量: 40867.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid betaherpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: IE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O57046

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TRIS/HCl, MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→18.776 Å / Num. obs: 16925 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 79.385 % / Biso Wilson estimate: 132 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.359 / Rrim(I) all: 0.361 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 19.08 / Num. measured all: 1343584
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.38-3.5980.5875.6531.02210331268426100.3385.68897.2
3.59-3.8384.0912.8422.38212665253225290.7832.85999.9
3.83-4.1482.671.3795.04195018235923590.9551.388100
4.14-4.5381.0330.6899.87178191219921990.9850.693100
4.53-5.0673.7990.40415.67145088200019660.9920.40798.3
5.06-5.8381.3710.41315.97143701178617660.9940.41698.9
5.83-7.1180.4320.24127.15123142153115310.9980.242100
7.11-9.9571.1360.05980.42862881230121310.05998.6
9.95-18.77665.3720.042109.794916077875210.04296.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.4→18.776 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 1626 9.8 %
Rwork0.215 14964 -
obs0.2179 16590 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 218.28 Å2 / Biso mean: 130.2635 Å2 / Biso min: 81.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→18.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 0 0 2799
残基数----360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4-3.49950.37591350.3592117996
3.4995-3.61160.31721200.32431251100
3.6116-3.73980.3391460.2971212100
3.7398-3.88820.24181170.26711242100
3.8882-4.06350.26511330.25171258100
4.0635-4.27530.24851360.21481226100
4.2753-4.53960.21471490.20941234100
4.5396-4.88440.19681420.19141249100
4.8844-5.36550.2721350.2193120796
5.3655-6.11830.32341320.26081277100
6.1183-7.62170.28031490.23781287100
7.6217-18.7760.17911320.1515134298
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03470.34480.1192-0.30240.27670.0445-1.02070.5368-0.5802-0.01520.04920.12240.2091-0.23171.15380.1171-0.01011.4643-0.18711.45257.902957.901541.7066
20.77410.20530.08560.2047-0.2211-0.7389-0.04210.6966-0.1286-0.0362-0.14150.1906-0.2233-0.52421.00050.29370.01351.28320.01830.958259.758669.356138.0647
30.39990.1054-0.3304-0.01950.12220.5335-0.00770.0044-0.1439-0.05710.07090.0498-0.35990.05770.93130.03620.00471.0239-0.04890.98787.327358.830925.1602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'R' and (resid 33 through 67 )R33 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'R' and (resid 68 through 165 )R68 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'R' and (resid 166 through 392 )R166 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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