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- PDB-6th0: Crystal structure of Arabidopsis thaliana NAA60 in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6th0
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana NAA60 in complex with acetyl-CoA
要素Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
キーワードPLANT PROTEIN / N-alpha-acetyltransferase NAA60 acetyl-CoA NatF
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatF / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / chromosome segregation / chromatin organization
類似検索 - 分子機能
N-alpha-acetyltransferase 60-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / N-alpha-acetyltransferase 60
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Layer, D. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationCollaborative Research Centre 1036 ドイツ
Other privateLeibniz Programme ドイツ
引用ジャーナル: New Phytol. / 年: 2020
タイトル: The Arabidopsis N alpha -acetyltransferase NAA60 locates to the plasma membrane and is vital for the high salt stress response.
著者: Linster, E. / Layer, D. / Bienvenut, W.V. / Dinh, T.V. / Weyer, F.A. / Leemhuis, W. / Brunje, A. / Hoffrichter, M. / Miklankova, P. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sindlinger, J. / Schwarzer, D. / ...著者: Linster, E. / Layer, D. / Bienvenut, W.V. / Dinh, T.V. / Weyer, F.A. / Leemhuis, W. / Brunje, A. / Hoffrichter, M. / Miklankova, P. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sindlinger, J. / Schwarzer, D. / Meinnel, T. / Finkemeier, I. / Giglione, C. / Hell, R. / Sinning, I. / Wirtz, M.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
B: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1894
ポリマ－41,5702
非ポリマー1,6192
水1,58588
1
A: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5942
ポリマ－20,7851
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5942
ポリマ－20,7851
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.147, 71.997, 77.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEU(chain 'A' and (resid 24 through 182 or resid 185 through 197))AA24 - 1825 - 163
12GLYGLYILEILE(chain 'A' and (resid 24 through 182 or resid 185 through 197))AA185 - 197166 - 178
23THRTHRLEULEUchain 'B'BB24 - 1825 - 163
24GLYGLYILEILEchain 'B'BB185 - 197166 - 178

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein / At5g16800


分子量: 20784.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g16800, F5E19.140, F5E19_140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II (DE3) / 参照: UniProt: Q6NLS5
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: reservoir: 0.1 M HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl and 1.1 M NH4SO4 protein sample: c = 5 mg/ml drop composition: volume: 250 nl protein solution + 250 nl precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→42.01 Å / Num. obs: 39965 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 36.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 2.036 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2180 / CC1/2: 0.756 / Rpim(I) all: 0.581 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ICV

5icv


解像度: 1.75→42.01 Å / SU ML: 0.2246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.6047
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 2137 5.37 %
Rwork0.2019 37675 -
obs0.2033 39812 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 102 88 3016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00772997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98064065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0673438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.19171733
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.45091220.40772492X-RAY DIFFRACTION99.77
1.79-1.840.34971210.35052490X-RAY DIFFRACTION99.09
1.84-1.890.34941090.29932490X-RAY DIFFRACTION99.35
1.89-1.940.25381390.26632471X-RAY DIFFRACTION99.54
1.94-20.281590.24782472X-RAY DIFFRACTION99.32
2-2.070.27781160.23482495X-RAY DIFFRACTION99.54
2.07-2.160.29621590.22062461X-RAY DIFFRACTION99.81
2.16-2.260.26681560.21422483X-RAY DIFFRACTION99.7
2.26-2.380.24221560.21542490X-RAY DIFFRACTION99.85
2.38-2.520.23581330.23022514X-RAY DIFFRACTION99.96
2.52-2.720.28251370.22332515X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.990.24961290.21192557X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.430.21721410.20382549X-RAY DIFFRACTION100
3.43-4.310.2121820.17682527X-RAY DIFFRACTION99.93
4.31-42.010.18661780.17242669X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.337307566971.184028900540.2834903738945.13803434951-0.5939635804427.00659084230.171649125646-0.6695565640790.6574240736430.548572628824-0.1334072176120.0403580847299-0.6628152451520.606749589562-0.05833702802170.356354210589-0.08038273246870.01729761368380.442980261564-0.09025620874070.38375815282265.093090767184.41537876825.9711243315
26.13796990966-1.6220170266-1.881354292541.290724234910.4151973772813.437253896460.0133580885192-0.1809294752230.264609759107-0.101685448840.130494919403-0.252138377742-0.2147984433661.11700246161-0.1684134765350.348190824925-0.0892156585484-0.007052571295620.5711831132930.02615025842080.32065683277573.975771444379.009800523212.4777610585
36.191402919182.2988037997-4.167226176018.1225170705-2.450757006838.11333773783-0.224534040193-0.0632285237858-0.0199269461172-0.1213779077490.07032305348460.06137109871910.0780944012130.595289711220.18448753750.2858437437610.0359241691663-0.07850787569330.3476164422250.02340860562890.19497559457167.070089147171.40966479538.03221495285
46.67488780495-0.3848881833894.06599829533.02986585176-1.132799710655.920527773320.1525725508350.0548666919972-0.4772798238610.07382943700660.1005893528250.1433842514160.2641377401840.249289139018-0.2119098063570.3509078431360.01974389893690.03029284938120.3118639238830.04517408834220.37135157277158.897342987562.7946237363-6.17672675181
50.7073843107281.11839035311.039009146113.888420617350.04732387862342.72038388426-0.331956223789-1.35717156494-0.2257252886570.4072365434470.3826511941980.17784477104-0.06701076171350.4735535017390.2544013948340.2840535840140.03091067765530.0003359541408450.5517194730560.08175987020960.23837789794464.043053568165.3961005184-5.94687985598
64.43644770680.309793413396-0.1804438512541.264566723290.8738671818841.06073914556-0.2939718332870.2568904522830.104239272137-0.04179434610650.211609255036-0.276033358518-0.1602890601271.18639609747-0.01938901909740.331051017426-0.07029616562620.01703392639530.8533423047980.09117516855290.38843803860172.79743112769.5270009419-10.9007290135
76.568303938490.0717377997459-0.7830807290463.712081991940.8576870270454.67109529789-0.07585005223761.54644299699-0.587924959555-0.498608996016-0.216722359870.1110523482810.05735263195140.1010242912590.3697076429490.405082807296-0.04103060190670.007170159763381.33010528476-0.02905784215210.47742447056273.45933169865.7928310013-20.7144583177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 81 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 159 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 199 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 24 through 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 76 through 95 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 96 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 145 through 197 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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