PDB-6tgz: IE1 from human cytomegalovirus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tgz

タイトル

IE1 from human cytomegalovirus

要素

55 kDa immediate-early protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / HCMV IE1

機能・相同性

Cytomegalovirus IE1/IE2 / Cytomegalovirus IE1 protein / DNA-templated viral transcription / bidirectional double-stranded viral DNA replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / 55 kDa immediate-early protein 1

機能・相同性情報

生物種

Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Schweininger, J. / Muller, Y.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Cytomegalovirus immediate-early 1 proteins form a structurally distinct protein class with adaptations determining cross-species barriers.
著者: Schweininger, J. / Scherer, M. / Rothemund, F. / Schilling, E.M. / Worz, S. / Stamminger, T. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2019年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tgz.cif.gz	154.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tgz.ent.gz	122 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tgz_validation.pdf.gz	231.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tgz_full_validation.pdf.gz	231.3 KB	表示
XML形式データ	6tgz_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	6tgz_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6th1C 4widS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ub7-d 3huj-2 4wic-1 4jr9-d 4wid-d 6cx7-d 6bwv-d 6cwb-d 3sdx-2 3vwk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

F: 55 kDa immediate-early protein 1

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: 55 kDa immediate-early protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
85.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.993, 134.125, 70.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	55 kDa immediate-early protein 1 / IE1 分子量: 42657.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13202

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na-malonate, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 2.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 2.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→48.604 Å / Num. obs: 8867 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.946 % / B_iso Wilson estimate: 63.53 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.215 / R_rim(I) all: 0.224 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 7.73

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.2-3.28	12.607	0.99	633	0.703	1.567	99.8
3.28-3.37	13.064	1.47	645	0.828	1.276	100
3.37-3.47	13.018	2.1	609	0.918	0.938	100
3.47-3.58	12.666	2.78	584	0.939	0.757	100
3.58-3.7	2.183	3.53	584	0.968	0.589	100
3.7-3.83	13.58	4.51	557	0.974	0.502	100
3.7-3.83	13.58	4.51	557	0.974	0.502	100
3.83-3.97	13.346	5.46	560	0.984	0.409	100
3.97-4.13	13.331	6.62	526	0.99	0.332	100
4.13-4.32	13.226	8.08	496	0.99	0.282	100
4.32-4.53	12.566	9.51	472	0.993	0.225	99.8
4.53-4.77	12.484	10.65	467	0.993	0.198	99.6
4.77-5.06	13.613	11.41	445	0.994	0.202	100
5.06-5.41	13.468	10.57	408	0.992	0.217	100
5.41-5.84	13.19	9.42	385	0.989	0.253	100
5.84-6.4	12.314	9.93	350	0.981	0.247	100
6.4-7.16	12.175	12.31	331	0.994	0.181	100
7.16-8.26	13.157	17.8	286	0.998	0.109	100
8.26-10.12	12.556	24.48	259	0.999	0.071	100
10.12-14.31	11.172	27.36	198	0.999	0.065	99.5
14.31-48.604	12.222	28.63	72	0.999	0.064	58.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WID

4wid

解像度: 3.2→48.604 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2683	800	9.69 %
R_work	0.2253	-	-
obs	0.2294	8254	92.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.5 Å² / B_iso mean: 54.8288 Å² / B_iso min: 23.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→48.604 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2807	0	0	0	2807
残基数	-	-	-	-	352

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.2004-3.4008	0.2815	87	0.2913	774	60
3.4008-3.6633	0.3236	141	0.2697	1248	95
3.6633-4.0318	0.3053	147	0.2458	1315	100
4.0318-4.6149	0.263	143	0.2131	1335	100
4.6149-5.8127	0.2455	150	0.2179	1349	100
5.8127-48.604	0.2306	132	0.1941	1433	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1756	0.2612	-0.0207	1.4858	0.1186	1.0825	0.3063	1.8622	0.1264	-0.6812	-0.2206	0.268	-1.3081	-1.0768	-0.0545	0.5735	-0.0366	0.0917	1.0092	0.1745	0.4998	-3.9393	-15.6873	-7.1329
2	1.2116	0.5649	0.8242	0.8845	0.0853	0.7571	0.5249	0.836	-0.1161	-0.3591	-0.5734	-0.1925	-0.3097	-0.3031	0.0003	0.4505	0.1527	0.0385	0.4931	-0.0271	0.3852	23.4733	-34.5383	-32.6897
3	0.4432	-0.8164	-1.8717	-0.3493	1.1873	0.9823	-0.2678	0.8745	-0.7147	0.133	-0.4658	0.2629	0.3041	-0.9449	-0.1179	0.3813	0.1193	0.1304	0.775	-0.0847	0.4094	3.2858	-26.2502	-8.5248
4	1.2512	-1.1584	0.1601	0.7052	0.1704	3.0566	0.2074	0.1569	0.2728	0.1243	0.215	0.1365	-0.7211	-0.8154	0.0107	0.3762	-0.0035	0.036	0.2914	0.0287	0.4741	-24.428	-15.5802	29.9743
5	2.0545	0.5487	2.3669	1.7707	0.72	2.6563	-0.0743	0.2876	0.3377	0.0001	0.1955	0.2887	-0.5722	0.1132	0.0007	0.4334	0.0685	0.135	0.349	0.056	0.3372	25.2821	-21.6673	-19.845
6	0.53	-0.0877	-1.0777	0.0567	0.0301	0.8393	-0.1814	-0.723	-0.1101	0.0928	0.1834	0.0521	0.1219	0.8309	0.0156	0.3847	0.0654	0.1117	0.6177	-0.0682	0.4019	-0.203	-23.7771	12.4045
7	9.2973	2.0202	0.5066	2.9999	-2.1148	2.0095	0.5386	-1.6727	0.9742	0.5706	0.03	0.3312	-1.2412	-0.8139	0.8991	1.1677	0.5607	0.363	0.2263	-0.1042	0.7045	-32.5732	-4.9041	48.3102
8	1.3646	0.1813	0.2595	0.2741	-0.2497	0.4015	0.4675	-0.8564	1.5638	0.9507	0.6236	-0.7131	-1.6723	-0.0203	0.0539	1.4418	0.0487	0.2086	0.7059	-0.1695	1.1706	-20.4712	-5.4527	46.4241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 25 through 50 )	F	25 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 51 through 80 )	F	51 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 81 through 135 )	F	81 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 136 through 218 )	F	136 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'F' and (resid 219 through 242 )	F	219 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 243 through 326 )	F	243 - 326
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'F' and (resid 327 through 352 )	F	327 - 352
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 353 through 382 )	F	353 - 382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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