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- PDB-6tgx: Crystal structure of Arabidopsis thaliana NAA60 in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgx
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana NAA60 in complex with a bisubstrate analogue
要素
  • Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
  • MET-VAL-ASN-ALA
キーワードPLANT PROTEIN / N-alpha-acetyltransferase NAA60 NatF NAT
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide alpha-N-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / chromosome segregation
類似検索 - 分子機能
N-alpha-acetyltransferase 60-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBOXYMETHYL COENZYME *A / histone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Layer, D. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationCollaborative Research Centre 1036 ドイツ
Other privateLeibniz Programme ドイツ
引用ジャーナル: New Phytol. / 年: 2020
タイトル: The Arabidopsis N alpha -acetyltransferase NAA60 locates to the plasma membrane and is vital for the high salt stress response.
著者: Linster, E. / Layer, D. / Bienvenut, W.V. / Dinh, T.V. / Weyer, F.A. / Leemhuis, W. / Brunje, A. / Hoffrichter, M. / Miklankova, P. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sindlinger, J. / Schwarzer, D. / ...著者: Linster, E. / Layer, D. / Bienvenut, W.V. / Dinh, T.V. / Weyer, F.A. / Leemhuis, W. / Brunje, A. / Hoffrichter, M. / Miklankova, P. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sindlinger, J. / Schwarzer, D. / Meinnel, T. / Finkemeier, I. / Giglione, C. / Hell, R. / Sinning, I. / Wirtz, M.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
B: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
C: MET-VAL-ASN-ALA
D: MET-VAL-ASN-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0886
ポリマ－42,4374
非ポリマー1,6512
水3,297183
1
A: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
C: MET-VAL-ASN-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0443
ポリマ－21,2182
非ポリマー8261
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
2
B: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
D: MET-VAL-ASN-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0443
ポリマ－21,2182
非ポリマー8261
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.062, 76.165, 109.226
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein / At5g16800


分子量: 20784.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g16800, F5E19.140, F5E19_140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II (DE3) / 参照: UniProt: Q6NLS5
#2: タンパク質・ペプチド MET-VAL-ASN-ALA


分子量: 433.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: reservoir: 0.1 M citric acid pH 5 and 20 % (w/v) PEG 6000 protein: c=13mg/ml drop: 200nl protein solution + 200 nl precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→45.51 Å / Num. obs: 41529 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 33.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 2.414 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2329 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292105306

解像度: 1.77→45.51 Å / SU ML: 0.2233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7465
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 2101 5.07 %
Rwork0.1806 39335 -
obs0.1825 41436 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2810 0 158 183 3151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01073035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98984115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.63551728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.810.34471250.29682579X-RAY DIFFRACTION99.78
1.81-1.860.33751540.27552597X-RAY DIFFRACTION99.96
1.86-1.910.29171510.26092557X-RAY DIFFRACTION99.74
1.91-1.960.25281370.24272550X-RAY DIFFRACTION99.48
1.96-2.030.26421420.22292620X-RAY DIFFRACTION99.93
2.03-2.10.26491400.21242570X-RAY DIFFRACTION99.85
2.1-2.180.23941400.1932633X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.280.22751430.2022589X-RAY DIFFRACTION99.78
2.28-2.40.28641200.19292620X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.550.22041390.19852612X-RAY DIFFRACTION99.82
2.55-2.750.25681290.19462618X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.030.2461400.18812655X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.460.19831480.17852642X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-4.360.18761340.15052702X-RAY DIFFRACTION99.96
4.36-45.510.18831590.15742791X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.36196806879-0.6061203707810.7384102429547.16129616216-0.6871839221375.60410436829-0.0523030851364-0.1427503290740.35425671353-0.1585884627260.189220951479-0.0544629561682-0.7251284545920.00836152972001-0.0399625023220.416701200538-0.04880240931260.02602562691960.256305444756-0.02366117300410.270454679581-30.7772075152101.51331941623.3053218408
27.756398584460.541632024568-1.453600628069.94513578623-4.815373236395.375614245830.04819080524580.255825448060.491600123949-0.3099470326560.000984929692645-0.755349242516-0.6582472477550.735186094177-0.05216129785870.562043109109-0.1485056050230.07956920535460.403326940893-0.08227240370130.355690636359-22.212516839597.085422047117.5733386112
33.33220577989-0.08361089673560.1460419108735.54580323561.815389953281.215355406460.0287314667005-0.1584818301070.527961598084-0.3742138985430.2788542029470.129193220346-1.25785997350.0809904983453-0.4608983606050.486174236997-0.0462415521429-0.007139853630830.3389418691090.03742668253550.366770343285-33.9161274106100.70909693117.8408163415
44.28004480462-2.735084759054.341434294769.77644964761-1.674983225216.041983497570.823668483351.774039808750.293134576533-1.45444767203-0.4357815001260.529940001298-0.2076556281.26563749997-0.3743633357710.77984372402-0.0591658035038-0.03671813542680.73707265855-0.05744852526330.491371920298-34.291100064986.1798967774-4.40723635542
52.674563556770.3912094625550.5052755695433.870521224612.525958031086.514433707220.09845893599770.112700503025-0.224600859265-0.4195124689690.1193529960220.1279988621270.0499029048093-0.107787151544-0.2113591626050.319392647574-0.0708835759658-0.05832356157920.2769832016010.02317044936910.306847851927-35.552452895386.538648511113.3836307617
66.032316591191.955680549482.176343574242.814758908480.02399193701646.09242876336-0.1887250643070.3368190195410.142799070783-0.01018728898150.0176025990336-0.0880887802833-0.1866364025820.29347008450.220230137510.245374715197-0.01098992857570.0110079787150.255204663529-0.00321306671120.247586758021-22.85377968496.371904409539.5447017973
75.362944310485.112902546534.849265257314.956155019294.191343637787.660004454930.0203813597516-0.02216070265011.091523467590.194761197589-0.3217966900890.793121846851-0.427193375547-0.646570815460.327975372160.3199810030220.04616624699060.01728525572260.346791634937-0.02137469714690.364161295538-31.2160239927100.72330410745.6700964594
86.58188535836-0.343238707149-0.4855177168295.815521549341.255684972028.175284727280.01136468804880.5272162005070.0637414342384-0.5321820644440.256613845389-0.765638121658-0.2693429121251.18995720264-0.315102693260.31692624566-0.1087908849470.0320138288980.449315048664-0.01263518571350.479448217164-17.390014660693.550297690639.123099861
93.773692890570.958031020043-3.568542693511.14434786745-1.327515511513.566198485710.283600569845-0.3293908199460.1643414734830.155381130716-0.0851947818101-0.0116329758462-0.583056353050.266821592271-0.2249517931810.31080879415-0.00741064878145-0.03678170690180.326533741853-0.01689757760490.28214351128-28.223488484791.370834023353.5112882657
105.814682313691.051910669396.888832060267.633610502721.546968742438.773441579880.195937862402-0.0838585815789-0.7082161309730.884065077076-0.1282253049710.2541753507310.4354798871870.840825613716-0.1961548285620.4307372281160.1064634033820.05826263619850.4818712126860.06812870163850.239497869271-33.955403141884.03882532466.8332602225
112.255858856170.1949860651590.523966669252.647975515230.3937156257289.12985840291-0.0215430103848-0.0976494643627-0.142513970692-0.076504822414-0.0669825797551-0.2823065053350.3547055056220.242912308890.08755615629940.1653511084950.01839611307580.02116911896260.2407377703270.03573127374530.279778583478-24.86178911784.937560463245.5736746177
124.03517395014-0.007996755939040.4441862202873.74025514921-0.04781277916567.36287332073-0.212129965401-0.068424439698-0.3870811442580.0205564206631-0.00261916405324-0.004847689223970.189683498480.1334597761650.1445941096360.179861827564-0.01439797031270.07966155205920.2019853669250.00811406710560.245289169425-33.367198806981.439772927849.1560891046
137.75595405675-2.37968716918-0.3832389200554.32749502263-2.846986064057.44038400852-0.08812522393180.0742734919043-0.1917190956630.009216091507980.148352394620.2754536582820.0853221649696-0.24355626057-0.1532044451320.228905618796-0.03906186763870.0289155416230.228771316789-0.02442657846150.237286509068-40.570374487383.918417458750.0214855878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 111 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 112 through 200 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 24 through 45 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 46 through 60 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 61 through 81 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 82 through 95 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 96 through 111 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 112 through 144 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 145 through 168 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 169 through 198 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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