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- PDB-6tgi: Crystal structure of VIM-2 in complex with triazole-based inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgi
タイトルCrystal structure of VIM-2 in complex with triazole-based inhibitor OP24
要素Vim-1
キーワードHYDROLASE / New Delhi metallo-beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / membrane => GO:0016020 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-N8Z / Vim-1 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Maso, L. / Spirakis, F. / Santucci, M. / Simon, C. / Docquier, J.D. / Cruciani, G. / Costi, M.P. / Tondi, D. / Cendron, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Communitys Seventh Framework Programme286998 イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Virtual screening identifies broad-spectrum beta-lactamase inhibitors with activity on clinically relevant serine- and metallo-carbapenemases.
著者: Spyrakis, F. / Santucci, M. / Maso, L. / Cross, S. / Gianquinto, E. / Sannio, F. / Verdirosa, F. / De Luca, F. / Docquier, J.D. / Cendron, L. / Tondi, D. / Venturelli, A. / Cruciani, G. / Costi, M.P.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vim-1
B: Vim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,56018
ポリマ－52,2842
非ポリマー1,27616
水9,134507
1
A: Vim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7809
ポリマ－26,1421
非ポリマー6388
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
2
B: Vim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7809
ポリマ－26,1421
非ポリマー6388
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.618, 79.060, 68.207
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vim-1


分子量: 26142.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Missing residues are present in the crystallized protein but not visible in the electron density maps.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blm, NCTC13437_04762 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A485HTJ5, UniProt: Q9K2N0*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-N8Z / 5-(4-chloranyl-1,5-dimethyl-pyrazol-3-yl)-4-ethyl-1,2,4-triazole-3-thiol


分子量: 257.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12ClN5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.25 M Magnesium Formate, 27 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.56 Å / Num. obs: 54492 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5436

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZ3

4bz3


解像度: 1.6→39.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2726 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 51766 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.09 Å2 / Biso mean: 21.35 Å2 / Biso min: 9.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20.1 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→39.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 62 507 4046
Biso mean--25.69 31.4 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.6435062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7175480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89422.022183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96615533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2821524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 217 -
Rwork0.24 3795 -
all-4012 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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