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万見
- PDB-6tg7: Crystal structure of the CheY in presence of magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tg7
タイトルCrystal structure of the CheY in presence of magnesium
要素Chemotaxis protein CheY
キーワードMOTOR PROTEIN / CHEMOTAXIS / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHORYLATION / FLAGELLAR ROT
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheY / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 5-366-08_S1_C3 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Camara-Artigas, A. / Salinas-Garcia, M.C. / Alba-Elena, D.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78020-R スペイン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the CheY in presence of magnesium
著者: Camara-Artigas, A. / Salinas-Garcia, M.C. / Alba-Elena, D.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0922
ポリマ－17,0681
非ポリマー241
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.399, 46.924, 53.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheY


分子量: 17067.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 5-366-08_S1_C3 (大腸菌)
遺伝子: cheY, AB67_2120 / プラスミド: pHTP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073HR60, UniProt: P0AE67*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 6000, 0.2 MAGNESIUM ACETATE, 0.1 SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.665→34.53 Å / Num. obs: 10526 / % possible obs: 76.1 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.216 / Rsym value: 0.243 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.665-1.7774.81.51529211570.850.2840.6371.512.621.9
6.32-34.534.20.09111752810.9890.0470.10314.796.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBE

1jbe


解像度: 1.65→34.53 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 492 4.67 %
Rwork0.1839 --
obs0.186 10528 74.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.98 Å2 / Biso mean: 21.0734 Å2 / Biso min: 6.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数991 0 1 139 1131
Biso mean--9.58 25.3 -
残基数----130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.820.3106430.273381585825
1.82-2.080.28281150.22922481259675
2.08-2.620.23841550.19333333348898
2.62-34.530.19851790.15973407358697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.97333.8515-2.25235.9093-2.29624.00420.06770.27320.884-0.16230.10310.9393-0.56180.45050.03070.1864-0.0786-0.00740.1714-0.01570.197542.671216.62118.2978
22.35281.1508-0.85772.6171-0.62833.3913-0.1170.0123-0.1593-0.07380.1127-0.16890.07350.02580.00480.03690.01970.00590.0682-0.01210.049237.44653.37425.791
34.3745-1.18031.10041.85780.68441.2121-0.2089-0.3548-0.13940.4278-0.0147-0.28640.09751.261-0.95520.1393-0.0111-0.0330.29760.030.089337.86891.451220.6927
40.9884-0.2461-0.21751.199-0.34071.84780.0944-0.2207-0.07390.1073-0.0062-0.03740.0050.0601-0.02270.07740.00530.0060.086-0.02040.023229.36534.360516.9566
51.64742.2341-1.51333.1091-2.08161.4040.14520.1204-0.49180.1879-0.2093-0.6806-0.408-0.13550.11580.2737-0.0458-0.10080.1678-0.04980.197533.981212.293623.9711
63.328-0.068-0.13571.9651-0.10284.80020.29230.0864-0.25350.17830.0670.04190.1435-0.5735-0.09780.09810.01550.00620.10250.04840.073723.31096.89718.8557
70.7585-1.6503-0.53923.981.96612.3957-0.1955-0.0829-0.18040.47440.07250.49260.6459-1.1623-0.34570.1272-0.0231-0.030.23160.0360.086716.07319.971114.7138
80.5252-0.21570.17811.88512.34413.2552-0.112-0.0110.02140.12070.1041-0.00020.1470.3919-0.02620.09680.0115-0.0040.15240.03140.059225.26659.0536.1705
90.9071-1.1126-0.69263.50083.22637.19020.13780.22680.4432-0.37040.1897-0.3919-1.30830.0675-0.02270.1728-0.0020.04410.0982-0.00970.246330.99218.81986.112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 7 )A0 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 8 through 38 )A8 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 48 )A39 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 49 through 73 )A49 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 81 )A74 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 82 through 91 )A82 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 92 through 100 )A92 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 101 through 112 )A101 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 113 through 129 )A113 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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