+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tg3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the PBP/SBP MotA in complex with glucopinic acid from A. tumefaciens B6/R10 | ||||||
![]() | MotA | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / solute binding protein / periplasmic binding protein | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / Chem-N7T / MotA![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morera, S. / Vigouroux, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Import pathways of the mannityl-opines into the bacterial pathogen Agrobacterium tumefaciens: structural, affinity and in vivo approaches. 著者: Vigouroux, A. / Dore, J. / Marty, L. / Aumont-Nicaise, M. / Legrand, P. / Dessaux, Y. / Vial, L. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 513.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 425.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38455.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: motA, A6U90_18895 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-N7T / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4K, 100 mM Tris HCl, 200 mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→48.12 Å / Num. obs: 106626 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.42 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 1.143 / Num. unique obs: 16773 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.462 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5L9G 解像度: 1.85→48.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.115
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.3 Å2 / Biso mean: 45.39 Å2 / Biso min: 16.63 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→48.12 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|