PDB-6tet: The structure of CYP121 in complex with inhibitor L21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tet

タイトル

The structure of CYP121 in complex with inhibitor L21

要素

Mycocyclosin synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYP121 / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49986889071 Å

データ登録者

Adam, S. / Koehnke, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Structure-Activity Relationship and Mode-Of-Action Studies Highlight 1-(4-Biphenylylmethyl)-1H-imidazole-Derived Small Molecules as Potent CYP121 Inhibitors.
著者: Walter, I. / Adam, S. / Gentilini, M.V. / Kany, A.M. / Brengel, C. / Thomann, A. / Sparwasser, T. / Kohnke, J. / Hartmann, R.W.

履歴

登録	2019年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6tet.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6tet_full_validation.pdf.gz	706.9 KB	表示
XML形式データ	6tet_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6tet_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6tet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6tet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6te7C 6tevC 1n40S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ibg-d 3cxy-d 4g47-d 5wp2-d 2ij5-2 2rfc-3 4ktl-d 2ij7-6 6j87-2 6zhz-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mycocyclosin synthase

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.726, 77.726, 264.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-941- HOH
2	1	A-948- HOH
3	1	A-1005- HOH
4	1	A-1060- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Mycocyclosin synthase / Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2 分子量: 43305.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cyp121, MT2336 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPP6, mycocyclosin synthase

-
非ポリマー , 5種, 472分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-N5Z / 1-[(~{E})-3-[4-(4-fluorophenyl)phenyl]prop-2-enyl]imidazole 分子量: 278.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅FN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: calcium acetate, sodium acetate, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→87.82 Å / Num. obs: 76900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.6242287192 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / Num. unique obs: 10983 / CC_1/2: 0.876 / R_pim(I) all: 0.231

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	0.8.9.1	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
pointless		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N40

1n40

解像度: 1.49986889071→67.3128637396 Å / SU ML: 0.15185153431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35542801513 / 位相誤差: 20.6112656874
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198996929791	3751	4.89124765283 %
R_work	0.175862182841	72937	-
obs	0.176972639434	76688	99.8853808482 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.0487209822 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49986889071→67.3128637396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3062	0	55	463	3580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00772590602775	3195
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.963416947087	4343
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0722804169162	486
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00659191586639	565
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.5556113372	1195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4999-1.5189	0.280938314119	160	0.261275057673	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.2405063291
1.5189-1.5388	0.264968210751	145	0.270594739991	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.709724238
1.5388-1.5599	0.301951593584	143	0.260052445843	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.7510668563
1.5599-1.5822	0.279413912072	132	0.27161358221	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.7859436318
1.5822-1.6058	0.318442606874	118	0.274099253574	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.9639119451
1.6058-1.6309	0.305959581699	145	0.268885737173	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.963963964
1.6309-1.6577	0.279039041917	135	0.261698984611	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.8937677054
1.6577-1.6863	0.254123224685	128	0.245786343869	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.8216196932
1.6863-1.7169	0.271924900195	137	0.235501798998	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.8194293969
1.7169-1.7499	0.278600208168	124	0.236201116281	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.856270212
1.7499-1.7857	0.24634430772	153	0.213038806166	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.8583569405
1.7857-1.8245	0.234246249708	151	0.217601239977	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.8932004272
1.8245-1.8669	0.231874013876	133	0.199398173078	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.8935037274
1.8669-1.9136	0.216620253107	147	0.194523395926	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.8571938593
1.9136-1.9654	0.217358331915	135	0.190497287153	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.9644633973
1.9654-2.0232	0.211807052282	141	0.184980810688	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.9291533829
2.0232-2.0885	0.188122896339	123	0.172845943299	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.9647763297
2.0885-2.1632	0.190764974871	130	0.164208834811	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1632-2.2498	0.186838220833	156	0.149494706062	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2498-2.3522	0.173799998968	132	0.143070994773	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3522-2.4762	0.163839867854	142	0.147742143605	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.9299229152
2.4762-2.6313	0.180819633655	134	0.150727186016	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6313-2.8345	0.190082727685	146	0.153838664232	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.9653018737
2.8345-3.1198	0.205484678665	129	0.16223464286	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1198-3.5712	0.149595035703	149	0.159555389056	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5712-4.4992	0.147836035199	134	0.140840393497	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4992-67.31	0.210476206836	149	0.173259127835	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.8134328358

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.89575437936	0.870341506431	-0.380615534697	1.44479693218	0.895198203591	2.00100583983	-0.00584840394532	-0.104544884633	-0.112142869164	0.0332203128513	0.053823740439	-0.17978925122	-0.0570931373658	0.298186576164	-0.0430601019614	0.0952951548334	-0.0180238102567	-0.00488868635012	0.119579979379	0.0119800763389	0.1584137876	7.85049448629	11.5950847654	8.58874294611
2	0.629778993376	-0.374576569917	0.0257860010496	0.541558653392	-0.0404220539639	0.992912974373	-0.0105603929457	-0.000640031701266	0.0915959810175	-0.0156541793587	-0.0059555888071	0.0114972493194	-0.291239905759	-0.136080152077	0.00287165361581	0.176522496128	0.026812409257	-0.0104711066684	0.091848159738	0.00498543351043	0.144007826342	-16.7653456015	22.5543957702	8.83699954611
3	0.616329884706	-0.0453696272836	-0.158120016548	0.632273501207	-0.00579575524598	0.855053885378	0.0270164651424	-0.00867863302049	0.0384995997465	0.025196524853	-0.036889929941	0.000871961029029	-0.290810890326	0.0732602169844	0.0155825713161	0.203667669816	-0.043615461477	-0.00544050804701	0.0752023627488	0.0072056291039	0.123712939127	-3.66621987251	24.7489818131	10.3349065695
4	0.504866043903	0.0432598644533	-0.163078096481	0.408758379812	-0.256285497577	1.0663485751	-0.00133744663592	-0.00455421778436	0.100916259575	0.0628908183036	-0.00540896837053	-0.0376206583726	-0.431367310637	0.0483866990381	-0.00363243413517	0.210327643888	-0.0242372001613	-0.0130060907413	0.0774372905443	0.00206533784199	0.116333454096	-6.20788418847	23.0654663175	20.6068729223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 194 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 195 through 328 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 329 through 396 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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