PDB-6ten: Crystal structure of Dot1L in complex with an inhibitor (compound 11).

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ten

タイトル

Crystal structure of Dot1L in complex with an inhibitor (compound 11).

要素

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

キーワード

TRANSFERASE / Dot1L / complex structure / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / histone H3 methyltransferase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Scheufler, C. / Stauffer, F. / Be, C. / Moebitz, H.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: New Potent DOT1L Inhibitors forin VivoEvaluation in Mouse.
著者: Stauffer, F. / Weiss, A. / Scheufler, C. / Mobitz, H. / Ragot, C. / Beyer, K.S. / Calkins, K. / Guthy, D. / Kiffe, M. / Van Eerdenbrugh, B. / Tiedt, R. / Gaul, C.

履歴

登録	2019年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ten.cif.gz	282.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ten.ent.gz	227.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ten.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ten_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ten_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6ten_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	6ten_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6ten ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6ten	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6te6C 6telC 5drtS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dry-2 5dtr-1 5dtq-2 5dsx-2 5dsx-1 5dtm-1 6tel-1 5dry-1 5drt-2 5dtq-1 5mw4-2 6te6-1 6tel-2 5mw4-1 1r17-1 5dtr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.475, 158.475, 74.799
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / DOT1-like protein / Histone H3-K79 methyltransferase / H3-K79-HMTase / Lysine N-methyltransferase 4 分子量: 38456.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TEK3, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-N5K / 3-[(4-azanyl-6-methoxy-1,3,5-triazin-2-yl)amino]-4-[[(~{S})-[2,2-bis(fluoranyl)-1,3-benzodioxol-4-yl]-(3-chloranylpyridin-2-yl)methyl]amino]benzenesulfonamide 分子量: 592.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₉ClF₂N₈O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.5 M Li sulfate 0.1 M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99994 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99994 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→45.75 Å / Num. obs: 53796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.329 % / B_iso Wilson estimate: 49.27 Å² / R_merge F obs: 0.109 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.984 / Net I/σ(I): 14.82 / Num. measured all: 555646 / Scaling rejects: 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.21-2.27	10.276	0.847	1.278	2.12	41103	4002	4000	1.345	100
2.27-2.33	10.544	0.632	0.999	2.73	40616	3852	3852	1.05	100
2.33-2.4	10.542	0.551	0.834	3.2	39239	3724	3722	0.877	99.9
2.4-2.47	10.493	0.421	0.656	4.06	38225	3643	3643	0.691	100
2.47-2.55	10.466	0.31	0.5	5.22	36872	3523	3523	0.527	100
2.55-2.64	10.228	0.246	0.402	6.24	35101	3432	3432	0.424	100
2.64-2.74	9.599	0.191	0.299	7.76	31618	3294	3294	0.316	100
2.74-2.85	10.032	0.145	0.238	9.6	31821	3172	3172	0.251	100
2.85-2.98	10.859	0.103	0.184	12.34	33251	3062	3062	0.193	100
2.98-3.13	10.788	0.079	0.142	15.28	31511	2921	2921	0.15	100
3.13-3.29	10.672	0.059	0.114	18.9	29444	2759	2759	0.12	100
3.29-3.49	10.504	0.042	0.086	23.26	27658	2633	2633	0.091	100
3.49-3.74	10.214	0.035	0.075	26.5	25381	2486	2485	0.079	100
3.74-4.03	9.388	0.031	0.063	29.41	21592	2300	2300	0.067	100
4.03-4.42	10.19	0.025	0.058	33.92	21766	2136	2136	0.061	100
4.42-4.94	10.667	0.022	0.055	37.13	20620	1933	1933	0.058	100
4.94-5.71	10.477	0.024	0.058	35.74	17864	1705	1705	0.061	100
5.71-6.99	9.971	0.025	0.057	34.94	14428	1447	1447	0.06	100
6.99-9.88	9.531	0.02	0.05	38.51	10894	1143	1143	0.053	100
9.88-45.75	10.476	0.017	0.048	42.36	6642	642	634	0.05	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DRT

5drt

解像度: 2.21→45.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.162 / SU R_free Blow DPI: 0.139 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.141

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	2690	5 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.18	53794	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 179 Å² / B_iso mean: 63.46 Å² / B_iso min: 28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.1273 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.1273 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.2547 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→45.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5133	0	95	246	5474
B_iso mean	-	-	59.56	57.53	-
残基数	-	-	-	-	640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1814	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	902	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	5382	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	682	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	6179	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	5382	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	7329	HARMONIC	2	0.99
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.99
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.1

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.23 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	54	5.02 %
R_work	0.24	1022	-
all	0.2408	1076	-
obs	-	-	99.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6994	-1.6642	0.2689	3.533	0.2178	0.7665	-0.0324	-0.4173	-0.0156	0.4787	0.1687	-0.5918	-0.0686	0.1559	-0.1364	-0.187	-0.003	-0.0307	-0.1625	-0.0111	-0.1636	43.861	-8.0898	8.5519
2	3.1668	-0.821	-1.0058	2.6525	0.1967	0.6591	-0.0296	-0.1514	-0.3225	0.1989	-0.1098	-0.4521	0.2657	0.0583	0.1395	-0.1555	0.0588	-0.043	-0.2006	0.0649	-0.0655	35.7082	-36.9093	8.743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* L\|* }	A	5 - 332
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* L\|* }	L	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* M\|* }	B	4 - 330
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* M\|* }	M	1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)