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- PDB-6tde: Tubulin-inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tde
タイトルTubulin-inhibitor complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / cytoskeleton / cell division / intracellular transport
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior / microtubule depolymerization / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / tubulin binding / adult locomotory behavior / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / cerebral cortex development / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / mitotic cell cycle / gene expression / growth cone / neuron apoptotic process / microtubule / hydrolase activity / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site ...Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-N3Z / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Stathmin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.286 Å
データ登録者Varela, P.F. / Gigant, B.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of dihydrofuranoallocolchicinoids - Highly potent antimitotic agents with low acute toxicity.
著者: Shchegravina, E.S. / Svirshchevskaya, E.V. / Combes, S. / Allegro, D. / Barbier, P. / Gigant, B. / Varela, P.F. / Gavryushin, A.E. / Kobanova, D.A. / Shchekotikhin, A.E. / Fedorov, A.Y.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,79122
ポリマ－217,1555
非ポリマー3,63717
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20940 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area66110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.477, 128.142, 251.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0*PLUS
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9*PLUS
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16745.975 Da / 分子数: 1 / Mutation: C14A, F20W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

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非ポリマー , 6種, 190分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-N3Z / ~{N}-[(10~{S})-3,4,5-trimethoxy-16-methylidene-14-oxatetracyclo[9.7.0.0^{2,7}.0^{13,17}]octadeca-1(18),2,4,6,11,13(17)-hexaen-10-yl]ethanamide


分子量: 395.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, LiSO4, PIPES BUFFER, pH 6.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.286→125 Å / Num. obs: 49337 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.286→2.55 Å / 冗長度: 6.4 % / Num. unique obs: 2468 / CC1/2: 0.725 / Rrim(I) all: 1.055 / % possible all: 78.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (23-SEP-2019)精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
autoPROC1.05データスケーリング
STARANISO1.04データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RYC

3ryc


解像度: 2.286→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.356
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 2431 4.93 %RANDOM
Rwork0.1976 ---
obs0.1993 49337 51.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 78.58 Å2 / Biso min: 27.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6075 Å20 Å20 Å2
2---2.0709 Å20 Å2
3---0.4634 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.286→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14603 0 225 175 15003
Biso mean--77.09 56.9 -
残基数----1858
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5278SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2692HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15163HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1963SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12627SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d15163HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg20573HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.02
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2844 39 3.95 %
Rwork0.2429 948 -
obs--5.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7339-0.905-0.45625.21751.29823.0115-0.02190.3855-0.4465-0.0066-0.0639-0.22090.51440.07750.0858-0.09780.01150.0195-0.304-0.152-0.3048.677932.209474.2189
22.3068-1.96880.09396.5830.72122.71310.05130.26520.3662-0.3225-0.1579-0.5442-0.10150.25590.1066-0.2306-0.03350.0261-0.3040.0021-0.3041.262871.222390.9451
32.1177-1.0466-0.38114.17391.20032.2330.09490.19490.1568-0.425-0.087-0.5442-0.1570.0817-0.0079-0.2050.02580.0741-0.2991-0.0294-0.1195-13.2616109.846102.971
43.0863-1.2538-0.31123.53750.13583.10780.21980.43920.2851-0.303-0.3245-0.1231-0.53750.12530.1047-0.06690.026-0.0073-0.304-0.0277-0.304-34.6287144.308116.207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|604 E|4 - E|64 }A1 - 604
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|604 E|4 - E|64 }E4 - 64
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|442 E|65 - E|89 }B1 - 442
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|442 E|65 - E|89 }E65 - 89
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|604 E|90 - E|115 }C1 - 604
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|604 E|90 - E|115 }E90 - 115
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|441 E|116 - E|145 }D1 - 441
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|441 E|116 - E|145 }E116 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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