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万見
- PDB-6td7: Structure of truncated hemoglobin THB11 from Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6td7
タイトルStructure of truncated hemoglobin THB11 from Chlamydomonas reinhardtii
要素THB11
キーワードOXYGEN BINDING / heme binding / truncated hemoglobin / nitrite reduction / pentacoordination
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Huwald, D. / Gasper, R. / Hemschemeier, A. / Hofmann, E.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationHE 5790/3-1 ドイツ
German Research FoundationRTG 2341 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: Distinctive structural properties of THB11, a pentacoordinate Chlamydomonas reinhardtii truncated hemoglobin with N- and C-terminal extensions.
著者: Huwald, D. / Duda, S. / Gasper, R. / Olieric, V. / Hofmann, E. / Hemschemeier, A.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THB11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5083
ポリマ－15,8651
非ポリマー6432
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.040, 42.620, 90.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 THB11


分子量: 15865.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLRE_16g662750v5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K3CTN8
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein 19 mg*ml-1 in 15 mM Tris-HCl pH 8.0 mixed 1:1 with 0.1 M HEPES pH 7.0, 21% PEG 6.000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.739 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.739 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→38.54 Å / Num. all: 594012 / Num. obs: 11933 / % possible obs: 94.26 % / 冗長度: 49.8 % / Biso Wilson estimate: 17.99 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09463 / Rpim(I) all: 0.01261 / Rrim(I) all: 0.09552 / Net I/σ(I): 38.39
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5662 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 4429 / Num. unique obs: 711 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.2366 / Rrim(I) all: 0.6174 / % possible all: 58.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSVERSION Nov 1, 2016 BUILT=20161205データ削減
XSCALEVERSION Nov 1, 2016 BUILT=20161205データスケーリング
PHASER2.7.18位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→38.54 Å / SU ML: 0.1825 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 19.6183
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 1194 10.01 %
Rwork0.1732 --
obs-11933 94.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1018 0 45 153 1216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00481145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89281566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7041682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.820.3022810.2273734X-RAY DIFFRACTION59.36
1.82-1.90.26241240.19721103X-RAY DIFFRACTION90.15
1.9-20.21551350.1881216X-RAY DIFFRACTION98.54
2-2.130.2191380.16061247X-RAY DIFFRACTION99.35
2.13-2.290.20111390.16211247X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.520.24311400.16781270X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-2.890.19991420.18151267X-RAY DIFFRACTION99.93
2.89-3.640.19741420.1661283X-RAY DIFFRACTION100
3.64-45.130.1971530.17061372X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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