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- PDB-6tcj: Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with a hybrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tcj
タイトルCrystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with a hybrid BTB-binding (HBP) peptide
要素
  • B-cell lymphoma 6 protein
  • Hybrid BTB-binding (HBP) peptide
キーワードTRANSCRIPTION / BCL6 / Apt48 / Hybrid Peptide.
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / pyramidal neuron differentiation / regulation of immune system process / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / heterochromatin formation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / protein localization / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Wright, S.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Kay Kendall Leukaemia FundKKLF1047 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural basis of Apt48 inhibition of the BCL6 BTB domain.
著者: Zacharchenko, T. / Kalverda, A.P. / Wright, S.C.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
C: Hybrid BTB-binding (HBP) peptide
D: Hybrid BTB-binding (HBP) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9075
ポリマ－32,8844
非ポリマー231
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.657, 47.300, 76.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14498.781 Da / 分子数: 2 / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質・ペプチド Hybrid BTB-binding (HBP) peptide


分子量: 1943.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 % / 解説: Small rods.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 9.9% (v/v) MPD, 2.64% (w/v), PEG 8000 0.5 M NaCl, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→40.21 Å / Num. obs: 15991 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 1171 / CC1/2: 0.386 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R2B

1r2b


解像度: 2.13→40.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 17.798 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.214
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 851 5.3 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.2022 15123 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.1 Å2 / Biso mean: 38.594 Å2 / Biso min: 14.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.22 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2261 0 1 92 2354
Biso mean--49.61 39.2 -
残基数----280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9533101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89735145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5565276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.00222.857112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3615417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8991524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02566
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.181 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 48 -
Rwork0.299 1051 -
obs--94.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8397-0.6343-0.28471.86510.48612.0208-0.01650.3641-0.3695-0.0538-0.013-0.12970.15160.15440.02950.01660.00390.0110.3276-0.02780.0619.088-17.64-20.984
22.7483-0.080.15162.463-0.73972.634-0.08140.29060.3876-0.04670.06190.2592-0.1175-0.3060.01960.0105-0.0033-0.02040.36440.03390.0982-8.453-2.414-21.453
32.89213.0327-1.843710.5557-7.69178.14320.11560.02150.16690.7733-0.13680.0085-0.40610.13730.02120.07690.0112-0.00980.2519-0.01260.014610.792-12.258-9.843
42.12722.53491.99538.97827.3027.1593-0.00930.1078-0.02790.3460.0949-0.09450.0597-0.0089-0.08560.0674-0.00780.00010.2170.01850.012-10.089-7.651-10.188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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