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- PDB-6tbt: Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with an Apt48... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tbt
タイトルCrystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with an Apt48 peptide
要素
  • Apt48 peptide
  • B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / BCL6 / Apt48
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / paraspeckles / plasma cell differentiation / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of cell motility / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / erythrocyte development / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / regulation of T cell proliferation / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of immune response / Rho protein signal transduction / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cytokine production / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / chromatin DNA binding / negative regulation of cell growth / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / heterochromatin formation / regulation of cell population proliferation / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Wright, S.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Kay Kendall Leukaemia FundKKLF1047 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural basis of Apt48 inhibition of the BCL6 BTB domain.
著者: Zacharchenko, T. / Kalverda, A.P. / Wright, S.C.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
C: Apt48 peptide
D: Apt48 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,33413
ポリマ－31,9934
非ポリマー3419
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.630, 65.630, 156.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14498.781 Da / 分子数: 2 / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* (pLysS) / 参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質・ペプチド Apt48 peptide


分子量: 1497.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 307分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.558
11-h,-k,l20.442
反射解像度: 1.63→78.2 Å / Num. obs: 49659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.39 % / CC1/2: 0.9986 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 19.98 % / Rmerge(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 3390 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.403 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R2B

1r2b


解像度: 1.63→56.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.485 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1775 2515 5.1 %RANDOM
Rwork0.1527 ---
obs0.154 47080 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.21 Å2 / Biso mean: 26.591 Å2 / Biso min: 13.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3 Å20 Å20 Å2
2--4.3 Å20 Å2
3----8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→56.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 14 298 2402
Biso mean--35.24 39.23 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.9532922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93534861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4795264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.39323.084107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33115402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2061522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02538
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 188 -
Rwork0.391 3390 -
all-3578 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23680.111-0.1770.0918-0.0050.3061-0.01010.0510.01490.01560.05660.00660.03320.0341-0.04640.02340.01010.01920.0412-0.01080.0639.016219.99672.5522
20.3292-0.1372-0.31970.15810.01860.441-0.0273-0.0588-0.00110.01060.06040.03190.03260.0197-0.03310.03540.01710.02660.02780.01520.063426.952219.501823.5353
32.56650.58032.42565.63791.55572.4768-0.03820.0524-0.06190.35380.1115-0.10990.0310.0676-0.07330.05360.00610.02380.0031-0.00380.037736.66362.18111.7802
40.0965-0.7712-0.00796.19540.06320.00130.0071-0.00760.0041-0.22690.0175-0.046-0.0027-0.0014-0.02460.05160.03130.02170.02790.03110.090729.42411.726923.8382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 6
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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