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- PDB-6tcd: Crystal structure of Salmo salar RidA-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tcd
タイトルCrystal structure of Salmo salar RidA-2
要素Ribonuclease UK114
キーワードUNKNOWN FUNCTION / RidA / Imine Deaminase / YigF/YER057c/UK114
機能・相同性2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / ACETATE ION / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
機能・相同性情報
生物種Salmo salar (タイセイヨウサケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Ricagno, S. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Digiovanni, S. / Oberti, L. / Degani, G. / Popolo, L. / Bartorelli, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Two novel fish paralogs provide insights into the Rid family of imine deaminases active in pre-empting enamine/imine metabolic damage.
著者: Digiovanni, S. / Visentin, C. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Chiara, M. / Regazzoni, L. / Di Pisa, F. / Borchert, A.J. / Downs, D.M. / Ricagno, S. / Vanoni, M.A. / Popolo, L.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease UK114
B: Ribonuclease UK114
C: Ribonuclease UK114
D: Ribonuclease UK114
E: Ribonuclease UK114
F: Ribonuclease UK114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,00916
ポリマ－88,3076
非ポリマー70110
水14,574809
1
A: Ribonuclease UK114
B: Ribonuclease UK114
C: Ribonuclease UK114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3907
ポリマ－44,1543
非ポリマー2364
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
2
D: Ribonuclease UK114
E: Ribonuclease UK114
F: Ribonuclease UK114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6199
ポリマ－44,1543
非ポリマー4656
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.883, 146.573, 53.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-432-

HOH

21B-726-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ribonuclease UK114


分子量: 14717.908 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmo salar (タイセイヨウサケ)
遺伝子: UK114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0H8I4
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 25% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→83.1 Å / Num. obs: 114968 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 15.11 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.36→1.47 Å / Num. unique obs: 5748 / CC1/2: 0.628

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ONI

1oni


解像度: 1.36→43.97 Å / SU ML: 0.1248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.0369
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1837 5624 4.89 %
Rwork0.1594 --
obs0.1606 114898 66.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5813 0 27 809 6649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00595965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79968113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0706950
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.58222148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.370.18920.274777X-RAY DIFFRACTION1.4
1.37-1.390.2938200.2564300X-RAY DIFFRACTION5.66
1.39-1.410.2774280.2531489X-RAY DIFFRACTION9.15
1.41-1.420.3152350.2264711X-RAY DIFFRACTION13.24
1.42-1.440.2624630.22681160X-RAY DIFFRACTION21.52
1.44-1.460.2337920.22581627X-RAY DIFFRACTION30.41
1.46-1.480.28481100.21332019X-RAY DIFFRACTION37.4
1.48-1.510.23861350.1962280X-RAY DIFFRACTION43.01
1.51-1.530.23961300.18652578X-RAY DIFFRACTION47.59
1.53-1.560.22941210.18862813X-RAY DIFFRACTION52.03
1.56-1.580.21411240.18952994X-RAY DIFFRACTION54.74
1.58-1.610.21051600.18293175X-RAY DIFFRACTION58.84
1.61-1.640.24621620.18723323X-RAY DIFFRACTION61.62
1.64-1.680.21181770.18443542X-RAY DIFFRACTION64.88
1.68-1.710.22822050.18323766X-RAY DIFFRACTION69.86
1.71-1.750.1872110.19044012X-RAY DIFFRACTION74.41
1.75-1.80.22131950.1794291X-RAY DIFFRACTION78.5
1.8-1.840.24072280.1684677X-RAY DIFFRACTION85.95
1.84-1.90.20772840.16294943X-RAY DIFFRACTION91.86
1.9-1.960.19872670.15755339X-RAY DIFFRACTION98.37
1.96-2.030.1932920.15235411X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.110.17962910.14375472X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.210.1772510.15155471X-RAY DIFFRACTION99.98
2.21-2.320.1592650.14385491X-RAY DIFFRACTION99.98
2.32-2.470.1722630.16035492X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.660.19333010.16785474X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.930.19693150.17245474X-RAY DIFFRACTION99.98
2.93-3.350.17322850.16625551X-RAY DIFFRACTION99.98
3.35-4.220.17223110.14495572X-RAY DIFFRACTION100
4.22-43.970.15043010.1445750X-RAY DIFFRACTION98.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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