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- PDB-6tc5: Phytochromobilin-adducted PAS-GAF bidomain of Sorghum bicolor phyB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tc5
タイトルPhytochromobilin-adducted PAS-GAF bidomain of Sorghum bicolor phyB
要素Phytochrome
キーワードPLANT PROTEIN / phytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-phytochromobilin linkage / red, far-red light phototransduction / detection of visible light / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain ...Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-O6E / Phytochrome B / Phytochrome B
類似検索 - 構成要素
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nagano, S. / Guan, K. / Shenkutie, S.M. / Hughes, J.E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 1078 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: Structural insights into photoactivation and signalling in plant phytochromes.
著者: Nagano, S. / Guan, K. / Shenkutie, S.M. / Feiler, C. / Weiss, M. / Kraskov, A. / Buhrke, D. / Hildebrandt, P. / Hughes, J.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Phytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6484
ポリマ－38,9051
非ポリマー7433
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The PAS-GAF bidomain behaves as monomer in solution. The apparent molecular weight calculated from the elution peak from the gel filtraction chromatography corresponds to that of the monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)133.875, 133.875, 46.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-746-

HOH

21AAA-750-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phytochrome


分子量: 38904.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: PHYB, SORBI_3001G394400 / プラスミド: pPROLar.A122 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6S527, UniProt: P93527*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-O6E / 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 586.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C33H38N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 500 mM NaCl, 9% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.82 Å / Num. obs: 28169 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 38.875 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2275 / CC1/2: 0.536 / Rpim(I) all: 0.933 / Rrim(I) all: 1.873 / Χ2: 0.98 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSMar 15 2019データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TBY

6tby


解像度: 2.1→43.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.099 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1401 4.975 %
Rwork0.197 --
all0.199 --
obs-28161 98.974 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.875 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.003 Å2-0.001 Å2-0 Å2
2---0.003 Å20 Å2
3---0.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2424 0 51 150 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.871.6573445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3821.5895529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5325313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.16620.076131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55715402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg13.943153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0441524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.0110.210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.22249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.21258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2310.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1610.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2310.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4533.9651256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4543.9611255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0925.9191564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0915.9241565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0434.3071282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0424.3091283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2626.3091880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.266.3111881
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.53847.8522861
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.49247.7572840
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.1-2.1550.3011130.33319450.33121010.6330.61897.95340.316
2.155-2.2130.324670.31619500.31720200.6890.68799.85150.297
2.213-2.2770.402870.35418350.35619580.6190.66598.16140.323
2.277-2.3470.322900.318130.30119330.8020.79998.4480.278
2.347-2.4240.282850.25817450.25918310.8330.86799.94540.231
2.424-2.5090.291790.26416690.26517950.8490.87297.38160.232
2.509-2.6030.297920.22116580.22517590.8590.90699.48830.193
2.603-2.7090.259850.20115720.20416660.9110.92199.45980.175
2.709-2.8290.285710.20215260.20516090.8950.92899.25420.174
2.829-2.9670.267770.20214550.20515400.9120.93199.48050.179
2.967-3.1260.25850.20213990.20514860.930.93899.86540.186
3.126-3.3150.238590.20912780.21113730.9260.9397.3780.193
3.315-3.5420.248690.19912410.20113140.9290.94699.69560.187
3.542-3.8240.214630.16911620.17112270.9510.96499.8370.159
3.824-4.1860.187590.14410630.14611240.9610.97399.82210.138
4.186-4.6750.134670.1159550.11610290.9780.98199.31970.11
4.675-5.3870.222500.1418400.1459120.9560.97697.58770.136
5.387-6.5730.203460.1797310.187780.9590.96199.87150.17
6.573-9.1930.188360.1365770.1396180.9670.97899.19090.136
9.193-43.8210.106210.1743450.173760.9890.97497.34040.173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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