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- PDB-6tbx: Trypanosoma brucei PTR1 (TbPTR1) in complex with a tricyclic-base... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tbx
タイトルTrypanosoma brucei PTR1 (TbPTR1) in complex with a tricyclic-based inhibitor
要素(Pteridine reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanosoma brucei / pteridine reductase / TbPTR1 / tricyclic based inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2,4-bis(azanyl)-9~{H}-pyrimido[4,5-b]indol-6-ol / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Landi, G. / Tassone, G. / Pozzi, C. / Mangani, S.
資金援助1件
組織認可番号国
European Union603240
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: High-resolution crystal structure of Trypanosoma brucei pteridine reductase 1 in complex with an innovative tricyclic-based inhibitor.
著者: Landi, G. / Linciano, P. / Tassone, G. / Costi, M.P. / Mangani, S. / Pozzi, C.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pteridine reductase
B: Pteridine reductase
C: Pteridine reductase
D: Pteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,74015
ポリマ－122,6954
非ポリマー4,04511
水13,331740
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20130 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area31350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.677, 90.779, 82.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Pteridine reductase


分子量: 30669.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O76290
#2: タンパク質 Pteridine reductase


分子量: 30685.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O76290

-
非ポリマー , 5種, 751分子

#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-N0Z / 2,4-bis(azanyl)-9~{H}-pyrimido[4,5-b]indol-6-ol


分子量: 215.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2-2.5M sodium acetate, 0.1M sodium citrate, pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→45.39 Å / Num. obs: 234209 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 33331 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 0.64 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JDC

5jdc


解像度: 1.3→41.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.784 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1594 11767 5 %RANDOM
Rwork0.126 ---
obs0.1277 222393 96.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.97 Å2 / Biso mean: 17.12 Å2 / Biso min: 8.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2---0.07 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→41.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7230 0 270 749 8249
Biso mean--17.59 33.09 -
残基数----986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0137981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0177437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8421.67910985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6631.58317194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24251082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04222.216334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.029151226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4271546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021609
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.79336848
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 791 -
Rwork0.211 16167 -
all-16958 -
obs--93.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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