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- PDB-6tai: Crystal structure of Escherichia coli Orotate Phosphoribosyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tai
タイトルCrystal structure of Escherichia coli Orotate Phosphoribosyltransferase with an empty active site at 1.55 Angstrom resolution
要素Orotate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Orotate phosphoribosyltransferase (OPRT)
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Orotate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Navas-Yuste, S. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2015-66206-C2-2-R スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-1018-102242-B-I00 スペイン
Spanish National Research Council2016E064 スペイン
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Elucidating the Catalytic Reaction Mechanism of Orotate Phosphoribosyltransferase by Means of X-ray Crystallography and Computational Simulations
著者: Roca, M. / Navas-Yuste, S. / Zinovjev, K. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Tunon, I.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Orotate phosphoribosyltransferase
BBB: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3414
ポリマ－47,1902
非ポリマー1512
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.464, 131.752, 39.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

#1: タンパク質 Orotate phosphoribosyltransferase / OPRTase


分子量: 23594.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: pyrE, b3642, JW3617 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7E3, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 % / 解説: Cubic, bipyramidal, and rhombohedral plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate (pH 5.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.03076 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez (KB) focusing mirrors
放射モノクロメーター: Channel-cut Si(111), cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→65.569 Å / Num. obs: 57472 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.551→1.556 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 510 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.407 / Rrim(I) all: 0.997 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSMar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2 (svn 8393)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wwPDB 1ORO

1oro


解像度: 1.551→65.48 Å / SU ML: 0.1935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5704
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 2807 4.89 %
Rwork0.1768 --
obs0.1781 57394 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.551→65.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 10 195 3398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68884443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.84181207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.580.34970.312547X-RAY DIFFRACTION91.58
1.58-1.610.28371260.26272662X-RAY DIFFRACTION98.13
1.61-1.640.2731460.24462649X-RAY DIFFRACTION97.49
1.64-1.670.25531160.23592700X-RAY DIFFRACTION98.6
1.67-1.710.2461460.23342713X-RAY DIFFRACTION99.44
1.71-1.750.28791170.2272669X-RAY DIFFRACTION98.48
1.75-1.790.24771490.22512738X-RAY DIFFRACTION99.14
1.79-1.840.2721500.21552666X-RAY DIFFRACTION99.22
1.84-1.890.23191560.20682718X-RAY DIFFRACTION98.86
1.89-1.950.22931290.20052716X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.020.25471350.19252737X-RAY DIFFRACTION99.17
2.02-2.10.22191640.18982706X-RAY DIFFRACTION99.38
2.1-2.20.21661440.18952759X-RAY DIFFRACTION99.55
2.2-2.320.19011370.17172736X-RAY DIFFRACTION99.83
2.32-2.460.21311600.17722747X-RAY DIFFRACTION99.66
2.46-2.650.21731470.1832761X-RAY DIFFRACTION99.52
2.65-2.920.22191520.18082760X-RAY DIFFRACTION99.79
2.92-3.340.19841470.17042797X-RAY DIFFRACTION99.63
3.34-4.210.16051320.14942849X-RAY DIFFRACTION99.57
4.21-65.480.18011570.15812957X-RAY DIFFRACTION98.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8237118622830.379185829596-0.3454209301140.497750852466-0.3559566566410.30732892711-0.1430195886140.116777524763-0.132369901424-0.04464211741190.120868390925-0.3420127778520.02825693251180.3587236085650.007320498099070.222724277142-0.0566772680886-4.35397161299E-50.2558488695180.02499646045680.27995993545110.876374257314.5393669857-21.6884442405
21.24495161934-0.224439531557-0.3826240714410.427417033094-0.5606856629620.546360511392-0.09258432495480.02954367647440.03749848853770.06737964938830.00150152467829-0.0614905464393-0.0502488431113-0.0012652396343-1.9697257199E-50.216794393862-0.0206939051579-0.04365255558980.22030235822-0.02176547327290.272499008185-0.36094197633120.5045743113-14.8525701024
30.2142165923570.04817066570890.08790892320040.01402822163420.01674326831560.00905893262669-0.06129839528020.00885982983990.07147271936750.00205143020282-0.0261153878301-0.0358737823615-0.236698013094-0.0162720781347-0.0002117030174040.229460377732-0.0184692883828-0.02556103481370.210177819158-0.02183710007450.211739847439-6.0991665500520.2566682369-10.8541721046
40.984447219081-0.431436515206-0.3213585580390.628396088571-0.09365459498720.2322264764520.142387705530.1521681407080.3682588855940.07007473862470.0589524323936-0.0502735039560.00614463798646-0.2340674156254.55108653966E-50.2865691324880.0344030327354-0.01898536628720.2656619840450.02136745565880.355803359671-9.1286078906130.2446270092-19.2324153987
50.2056540357020.13120537245-0.2134697341910.09578994948230.1341977528010.931937642643-0.1621350022250.02111841477910.22350208636-0.20356604316-0.1563178806550.190483701948-0.6039002537230.148313081498-0.07110011494220.413141771767-0.0333771286792-0.1065311662860.2110765331240.07084888450240.410884702867.3791090934229.8763983015-26.5188589823
60.4076826721360.3449719118590.4013549934080.2991579508620.1511051791450.387161033992-0.0944044599065-0.08703606919390.0158439766118-0.142350627622-0.156586374554-0.5951592187610.01439107152630.327466812149-0.001982274811410.247325801124-0.0203682516540.056348432560.3485405360550.127855811640.37346922721320.700162467117.520701372-24.1263722546
70.617503412280.375449521194-0.2089560230190.552187255825-0.09631143848680.2696379858910.00745780977802-0.2484799222910.05509353599770.1406669477510.08752155851470.333035900885-0.132251587784-0.05500331684270.0001714610762810.246247716087-0.0125109579862-0.01428774181990.224883785497-0.008956067967110.22159036183-30.32236089817.8655344907-2.32077813677
80.704895251304-0.212752281177-0.8352599349730.09794477213140.2500438091070.4759177087770.0250729734402-0.05206261764210.2005694144440.04031990162990.0663330919482-0.0574432547797-0.09463036111640.09932884105690.0001607989353570.257834969618-0.021410280566-0.004568537954810.232441107522-0.01554960345520.191395872349-19.522628395715.5843467863-5.15735927135
91.064915112810.497801661983-0.5816579744560.9264635130660.4175352437661.30565742174-0.08008237932420.150881510695-0.150444427338-0.0950640554450.01845259792330.0230706410197-0.0039707846476-0.02095607795253.32884478743E-50.200504759572-0.00912979782133-0.004759102925370.218191513701-0.01466726254160.189114813297-13.84068196728.56258312328-16.6713598833
100.581505492567-0.308009272136-0.02646551100210.3174442240660.0499110737860.0859747896648-0.152609295655-0.554512984117-0.3623770873160.0375364976150.3316799187340.3793976849690.198344587479-0.4622347270110.006368777048040.3015285425860.02946851307620.009501113659290.3214010532730.02499956864190.172667386898-22.55409268846.30639941289-26.0845482397
110.266446795035-0.0760124399663-0.08958381242620.580452521236-0.260759549978-0.0523626978567-0.154083057510.0230040282327-0.166728894053-0.1465656818850.08321682641930.162686593776-0.0950966568539-0.02393564966799.23738825475E-60.222937536508-0.02563210052940.001707058109580.242987912328-0.04640789442490.238497629037-30.20953392175.05712450702-14.4610687407
120.539154404964-0.339634781539-0.05802169735940.361925782622-0.245651223660.492518747796-0.0110508435787-0.359589137436-0.2455393381280.3083600291260.02907481938240.4553380186620.10935826789-0.2932438206610.05561668794070.29771023878-0.001156993452890.08327251144510.339689332494-0.02898337354310.247563828103-38.7040414313.94383503942.46115259221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'AAA' and (resid 1 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'AAA' and (resid 33 through 72 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'AAA' and (resid 73 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'AAA' and (resid 89 through 152 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'AAA' and (resid 153 through 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'AAA' and (resid 184 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'BBB' and (resid 1 through 32 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'BBB' and (resid 33 through 60 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'BBB' and (resid 61 through 132 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'BBB' and (resid 133 through 142 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'BBB' and (resid 143 through 183 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'BBB' and (resid 184 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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