PDB-6tah: Crystal structure of a Nu-class Glutathione-S-Transferase from Ps...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tah

タイトル

Crystal structure of a Nu-class Glutathione-S-Transferase from Pseudomonas aeruginosa PACS2 bound to glutathione

要素

(Glutathione S- ...) x 4

キーワード

TRANSFERASE / Nu-class Glutathione-S-Transferase / Oxidoreductase / Cytoplasmic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of nu-class glutathione transferase from Pseudomonas aeruginosa related to YfcG from E. coli
著者: Ludewig, H. / Blankenfeldt, W. / Feiler, C.G.

履歴

登録	2019年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tah.cif.gz	676.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tah.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6tah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6tah	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6tum-d 4ecj-d 6x86-2 4gci-d 5h2q-2 3f6d-d 5d1c-1 4q5r-1 6f05-2 1rj7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

CAA: Glutathione S-transferase

DAA: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

97.9 kDa, 4 ポリマー
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1

AAA: Glutathione S-transferase

CAA: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
49.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glutathione S-transferase

DAA: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.500, 96.610, 100.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
Glutathione S- ... , 4種, 4分子 AAABCAADAA

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase 分子量: 24402.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: yfcG_4, NCTC13628_04787 / プラスミド: pOpine / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A485ICL5
#2: タンパク質	Glutathione S-transferase 分子量: 24245.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: yfcG_4, NCTC13628_04787 / プラスミド: pOpine / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A485ICL5
#3: タンパク質	Glutathione S-transferase 分子量: 23229.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: yfcG_4, NCTC13628_04787 / プラスミド: pOpine / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A485ICL5
#4: タンパク質	Glutathione S-transferase 分子量: 23172.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: yfcG_4, NCTC13628_04787 / プラスミド: pOpine / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A485ICL5

-
非ポリマー , 4種, 1181分子

#5: 化合物	ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / 酸化型グルタチオン分子量: 612.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂N₆O₁₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.1 M BisTris, 0.1 M sodium potassium tartrate, 18 % PEG 3350 PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月13日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→45 Å / Num. obs: 201902 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 8.72 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 9969 / CC_1/2: 0.792 / R_pim(I) all: 0.295 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→19.75 Å / SU ML: 0.0991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 12.0315

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.14	10019	4.96 %
R_work	0.1199	-	-
obs	0.1209	201902	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6562	0	186	1171	7919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	7153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1044	9733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1026
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	1294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.5465	1044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.31	0.2258	316	0.1952	6362	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.31-1.33	0.2194	338	0.193	6323	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.33-1.35	0.2019	342	0.1889	6342	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.35-1.36	0.2136	340	0.1858	6349	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.36-1.38	0.2158	335	0.1746	6353	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.38-1.4	0.1965	347	0.1776	6312	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.4-1.42	0.1867	357	0.1635	6317	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.42-1.44	0.1845	334	0.1579	6375	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.44-1.46	0.1817	322	0.1552	6335	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.46-1.49	0.1672	304	0.1425	6375	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.49-1.51	0.1459	335	0.1342	6361	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.51-1.54	0.1381	306	0.1255	6387	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.54-1.57	0.1407	327	0.1257	6354	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.57-1.6	0.1402	317	0.1226	6387	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.6-1.64	0.1507	304	0.1162	6377	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.64-1.68	0.135	347	0.1119	6351	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.68-1.72	0.1274	331	0.1091	6386	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.72-1.76	0.1338	348	0.1083	6363	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.76-1.82	0.1198	341	0.1076	6359	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.82-1.87	0.1269	334	0.1093	6387	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.87-1.94	0.1326	353	0.1076	6381	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.94-2.02	0.1346	327	0.1074	6389	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.02-2.11	0.1134	328	0.0979	6437	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.22	0.123	327	0.0976	6426	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.22-2.36	0.1164	330	0.0959	6454	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.36-2.54	0.1314	312	0.1012	6487	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.54-2.8	0.1341	386	0.1059	6419	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.8-3.2	0.1274	339	0.1099	6489	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.2-4.03	0.1163	361	0.1052	6537	X-RAY DIFFRACTION	99.74
4.03-19.75	0.145	331	0.1322	6709	X-RAY DIFFRACTION	98.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.80227278623	-0.633905429839	-0.0317583701356	1.01413525207	0.0121621684711	2.31838952824	0.00853736936892	0.0786167875866	0.0865171717623	-0.111580788526	0.0173115421266	0.0300203714354	-0.181931612388	-0.0420649486106	-0.0322150356126	0.0776594709337	-0.0124239199957	0.0144526192332	0.0416297433257	-0.000878709483453	0.0736978692035	2.66599447023	32.2989514119	-4.44839483371
2	1.63881958911	0.433304393123	-0.0513751535233	5.50842816456	-0.775616691288	1.17693489038	0.144190106944	-0.0317886763808	0.537447626242	0.0640889892194	-0.0785704017977	0.323615744278	-0.438005115506	-0.295564740155	0.0361820897077	0.157471709049	0.0633133405468	0.0136648525109	0.11576118178	-0.0180766018323	0.18819390602	-11.3745152971	38.8631452874	3.28889189476
3	2.17908561912	-0.229920979759	-0.875238964363	1.58888209951	0.823914597812	2.76131963639	0.00257557734925	0.182818375992	-0.0014224155607	-0.13936561336	-0.0549692594259	0.0994798575116	-0.0269552290209	-0.26708805434	0.0379620425476	0.0764488720051	0.00442595292031	-0.0078247657824	0.0658320134954	0.00313942833167	0.0711359420252	-7.21412072956	26.6641111439	-2.17975712603
4	2.47241899926	-1.12208929079	-0.690718233538	0.957699909939	0.246609742424	1.05737488867	-0.0704779730783	0.122598141049	-0.10823250932	-0.0868610124096	0.0295543920504	0.0156971489265	0.138742208821	0.0121611806639	-0.015436241089	0.0880330630177	-0.00985839780399	0.022514197311	0.0507125788468	-0.0152844923649	0.0572048053407	6.38985438656	19.1899001218	-2.87766327309
5	1.07807236157	-0.462057572295	-0.387352144758	2.69523482593	1.50572151045	1.94627656504	-0.0170015513918	-0.0515145826322	-0.0486991994515	-0.131918747031	0.0142557799417	-0.158283347974	0.0824324039718	0.0957503096879	-0.0385915753383	0.0561342738856	0.0125810869691	0.0318234477404	0.058083071689	0.00748903322237	0.067382348138	8.85023614246	16.8297260199	8.33608894912
6	1.94822182017	-1.28478860439	-1.08043227994	1.69381166304	0.991522606272	1.40995690572	-0.0180171396161	-0.152225426441	0.1558947898	0.0908767128229	0.063577391342	-0.0676957805304	-0.0645768560197	0.152680822998	-0.0360073229652	0.0780888264402	-0.00537933633386	0.0105639501219	0.101319999657	-0.0247068140434	0.0720884603494	6.5584592563	32.7234683703	22.1322278141
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28	0.861827231552	0.113701750832	-0.173512679632	2.73138717288	2.27106959442	1.99934543278	-0.0523472553957	-0.0898971840452	-0.0196752134166	0.10637612522	-0.04973683518	0.0968164863757	0.0775972881328	-0.0892190081848	0.0930933472107	0.0410919011189	-0.000515450245316	0.0123250507471	0.0902665621785	0.00260607626938	0.0907098989947	-19.5079154091	15.1317406903	16.6998700485
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34	1.11857820869	0.0130103032922	0.680952920166	1.2297707508	0.905807525798	6.05124351578	0.0623695706092	-0.0814567656367	0.0266597416323	0.0710369359163	-0.0520690176099	0.024470063981	-0.148081172603	-0.143087576912	0.00511222608598	0.0432706400365	-0.0100608904666	0.00567220428267	0.0277728042162	0.00162418899984	0.0618787493415	-3.96628718202	79.2340114004	-3.54735494641
35	0.872884792716	-0.217973788149	-0.722841336067	1.19895502651	0.603795399222	4.36247345656	0.0406925771043	0.107610678129	0.0252411987778	-0.0761899946224	-0.0167068076827	-0.057730433046	0.0904273847422	-0.132781034985	0.000580817748105	0.0478624747648	0.00867813358571	-0.00337605848086	0.0595251233736	0.00565172888937	0.0531412922619	-5.29791472676	72.6113064696	-28.3153834742
36	1.10325545296	-0.949437730716	-1.86132866776	1.54816140129	1.48396722841	3.25832101371	0.0133637744047	0.0454183943139	0.00480135066603	-0.0168224337989	-0.028254352111	0.0732031887957	0.104828922379	-0.207908207455	0.0384886214356	0.0408446740032	-0.0125129977761	-0.0119246975371	0.0832683231206	0.00724430666656	0.0590024591568	-13.2324164851	71.3781153586	-16.9370540712
37	0.785910126037	0.209478893483	-0.0132005405465	0.88971733864	0.450655963619	1.67080228766	0.0527859775945	0.0290651594972	0.0785511938005	-0.039992025355	-0.0150366126099	0.0628057788337	-0.186227622941	-0.135982841322	-0.0189677762639	0.0560702268952	0.0226327793849	0.0077665826171	0.059822596032	0.0125793717374	0.0772690329612	-10.857295641	84.4450635351	-13.9573166713
38	1.3562421626	-1.10886899332	-1.2606892882	2.03534799372	1.72961453196	2.03040485253	0.0978685326367	0.20759919764	0.0675379173551	-0.189951738511	-0.151419887068	0.100441472457	-0.0867180752795	-0.325264508995	0.0536022248247	0.0655523452154	0.0311752538285	-0.00538514367583	0.1624050227	0.024930711469	0.0933139519555	-19.1457819446	82.2575992818	-15.3261886779
39	3.64035713883	-1.0802870201	-0.296048183051	2.63626015103	-0.0738768257374	1.21047002425	0.218629020255	0.271161451427	0.420657517172	-0.0253088887729	-0.0263722340348	0.113496027565	-0.400087543429	-0.182588706379	0.000560285089382	0.147116880564	0.0400814857381	0.0315914231047	0.09424307511	0.0598890139657	0.186969593013	-8.9723012816	96.1739908771	-18.4647988801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'AAA' and (resid -1 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'AAA' and (resid 31 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'AAA' and (resid 45 through 67 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'AAA' and (resid 68 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'AAA' and (resid 87 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'AAA' and (resid 103 through 145 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'AAA' and (resid 146 through 167 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'AAA' and (resid 168 through 189 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'AAA' and (resid 190 through 212 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -1 through 9 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 10 through 30 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 31 through 44 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 45 through 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 68 through 102 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 103 through 145 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 146 through 171 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 172 through 199 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 200 through 211 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'CAA' and (resid -1 through 9 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'CAA' and (resid 10 through 30 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'CAA' and (resid 31 through 44 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'CAA' and (resid 45 through 53 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'CAA' and (resid 54 through 67 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'CAA' and (resid 68 through 86 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'CAA' and (resid 87 through 102 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'CAA' and (resid 103 through 146 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'CAA' and (resid 147 through 171 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'CAA' and (resid 172 through 189 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'CAA' and (resid 190 through 202 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'DAA' and (resid 0 through 9 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'DAA' and (resid 10 through 30 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'DAA' and (resid 31 through 53 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'DAA' and (resid 54 through 86 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'DAA' and (resid 87 through 102 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'DAA' and (resid 103 through 122 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'DAA' and (resid 123 through 146 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'DAA' and (resid 147 through 171 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'DAA' and (resid 172 through 189 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'DAA' and (resid 190 through 202 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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