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- PDB-6ta7: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN G3BP1-NTF2 IN COMPLEX WITH HUMAN CAPRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ta7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN G3BP1-NTF2 IN COMPLEX WITH HUMAN CAPRIN1-DERIVED SOLOMON MOTIF
要素
  • Caprin-1
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Stress Granule / Complex / Regulation / Low Complexity Regions / Phase Transition
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / intracellular mRNA localization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / non-membrane-bounded organelle assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / intracellular non-membrane-bounded organelle / generation of neurons / cell leading edge ...regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / intracellular mRNA localization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / non-membrane-bounded organelle assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / intracellular non-membrane-bounded organelle / generation of neurons / cell leading edge / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / signaling adaptor activity / stress granule assembly / DNA helicase activity / synapse assembly / molecular condensate scaffold activity / molecular function activator activity / P-body / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / perikaryon / endonuclease activity / defense response to virus / DNA helicase / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / negative regulation of translation / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / focal adhesion / mRNA binding / synapse / dendrite / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Caprin / Caprin-1 dimerization domain / Caprin-1 dimerization domain / G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain ...Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Caprin / Caprin-1 dimerization domain / Caprin-1 dimerization domain / G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / Caprin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Schulte, T. / Achour, A. / Panas, M.D. / McInerney, G.M.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Caprin-1 binding to the critical stress granule protein G3BP1 is regulated by pH
著者: Schulte, T. / Panas, M.D. / Williams, L. / Kedersha, N. / Fleck, J.S. / Tan, T.J. / Olsson, A. / Morro, A.M. / Hanke, L. / Nilvebrant, J. / Giang, K.A. / Nygren, P.A. / Anderson, P. / Achour, A. / McInerney, G.M.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
F: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
G: Caprin-1
H: Caprin-1
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
E: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,46911
ポリマ－103,3878
非ポリマー813
水4,954275
1
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子

E: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Caprin-derived Solomon motif fused to GFP bound to NTF2 with affinity of about 1 uM. Single-residue mutations of Caprin and NTF2-like domain confirmed ...根拠: isothermal titration calorimetry, Caprin-derived Solomon motif fused to GFP bound to NTF2 with affinity of about 1 uM. Single-residue mutations of Caprin and NTF2-like domain confirmed observed binding interface. Described in detail in associated manuscript.
  • 32 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9953
ポリマ－31,9722
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444x-1/2,-y-1/2,-z-11
2
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
F: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
H: Caprin-1


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Caprin-derived Solomon motif fused to GFP bound to NTF2 with affinity of about 1 uM. Single-residue mutations of Caprin and NTF2-like domain confirmed ...根拠: isothermal titration calorimetry, Caprin-derived Solomon motif fused to GFP bound to NTF2 with affinity of about 1 uM. Single-residue mutations of Caprin and NTF2-like domain confirmed observed binding interface. Described in detail in associated manuscript.
  • 35.7 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7073
ポリマ－35,7073
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
G: Caprin-1
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7665
ポリマ－35,7073
非ポリマー582
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.558, 100.038, 113.345
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSVALVAL(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA5 - 166 - 17
121GLNGLNHISHIS(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA18 - 3119 - 32
131PHEPHELEULEU(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA33 - 4534 - 46
141LYSLYSGLNGLN(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA50 - 5851 - 59
151GLUGLUHISHIS(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA60 - 6261 - 63
161LYSLYSCYSCYS(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA64 - 7365 - 74
171THRTHRTHRTHR(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA7576
181ILEILEVALVAL(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA77 - 8078 - 81
191ALAALAPROPRO(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA82 - 11683 - 117
1101TYRTYRPHEPHE(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA125 - 138126 - 139
2111LYSLYSVALVAL(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB5 - 166 - 17
2121GLNGLNHISHIS(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB18 - 3119 - 32
2131PHEPHELEULEU(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB33 - 4534 - 46
2141LYSLYSGLNGLN(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB50 - 5851 - 59
2151GLUGLUHISHIS(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB60 - 6261 - 63
2161LYSLYSCYSCYS(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB64 - 7365 - 74
2171THRTHRTHRTHR(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB7576
2181ILEILEVALVAL(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB77 - 8078 - 81
2191ALAALAPROPRO(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB82 - 11683 - 117
2201TYRTYRPHEPHE(chain 'B' and (resid 5 through 16 or resid 18...BB125 - 138126 - 139
3211LYSLYSVALVAL(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG5 - 166 - 17
3221GLNGLNHISHIS(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG18 - 3119 - 32
3231PHEPHELEULEU(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG33 - 4534 - 46
3241LYSLYSGLNGLN(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG50 - 5851 - 59
3251GLUGLUHISHIS(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG60 - 6261 - 63
3261LYSLYSCYSCYS(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG64 - 7365 - 74
3271THRTHRTHRTHR(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG7576
3281ILEILEVALVAL(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG77 - 8078 - 81
3291ALAALAPROPRO(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG82 - 11683 - 117
3301TYRTYRPHEPHE(chain 'C' and (resid 5 through 16 or resid 18...CG125 - 138126 - 139
1312GLUGLUARGARG(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC4 - 135 - 14
1322PHEPHEARGARG(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC15 - 1716 - 18
1332TYRTYRHISHIS(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC19 - 3120 - 32
1342PHEPHEHISHIS(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC33 - 4234 - 43
1352ALAALAGLNGLN(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC52 - 5853 - 59
1362ILEILEHISHIS(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC61 - 6262 - 63
1372LYSLYSCYSCYS(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC64 - 7365 - 74
1382THRTHRGLNGLN(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC75 - 10376 - 104
1392ARGARGPHEPHE(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC106 - 108107 - 109
1402GLNGLNPROPRO(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC110 - 116111 - 117
1412ALAALATYRTYR(chain 'D' and (resid 4 through 13 or resid 15...DC121 - 133122 - 134
2422GLUGLUARGARG(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH4 - 135 - 14
2432PHEPHEARGARG(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH15 - 1716 - 18
2442TYRTYRHISHIS(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH19 - 3120 - 32
2452PHEPHEHISHIS(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH33 - 4234 - 43
2462ALAALAGLNGLN(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH52 - 5853 - 59
2472ILEILEHISHIS(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH61 - 6262 - 63
2482LYSLYSCYSCYS(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH64 - 7365 - 74
2492THRTHRGLNGLN(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH75 - 10376 - 104
2502ARGARGPHEPHE(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH106 - 108107 - 109
2512GLNGLNPROPRO(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH110 - 116111 - 117
2522ALAALATYRTYR(chain 'E' and (resid 4 or (resid 5 and (name...EH121 - 133122 - 134
3532GLUGLUARGARG(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD4 - 135 - 14
3542PHEPHEARGARG(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD15 - 1716 - 18
3552TYRTYRHISHIS(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD19 - 3120 - 32
3562PHEPHEHISHIS(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD33 - 4234 - 43
3572ALAALAGLNGLN(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD52 - 5853 - 59
3582ILEILEHISHIS(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD61 - 6262 - 63
3592LYSLYSCYSCYS(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD64 - 7365 - 74
3602THRTHRGLNGLN(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD75 - 10376 - 104
3612ARGARGPHEPHE(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD106 - 108107 - 109
3622GLNGLNPROPRO(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD110 - 116111 - 117
3632ALAALATYRTYR(chain 'F' and ((resid 4 and (name N or name...FD121 - 133122 - 134

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 15986.153 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド Caprin-1 / Cell cycle-associated protein 1 / Cytoplasmic activation- and proliferation-associated protein 1 / ...Cell cycle-associated protein 1 / Cytoplasmic activation- and proliferation-associated protein 1 / GPI-anchored membrane protein 1 / GPI-anchored protein p137 / p137GPI / Membrane component chromosome 11 surface marker 1 / RNA granule protein 105


分子量: 3735.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14444
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris 8.0, 20% w/v PEG 4000 of the Proplex crystallization screen (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.928→46.54 Å / Num. obs: 66520 / % possible obs: 94.26 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 40.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.62
反射 シェル解像度: 1.928→1.997 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 4630 / CC1/2: 0.32 / % possible all: 66.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FW5

5fw5


解像度: 1.93→46.54 Å / SU ML: 0.262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0378
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 2098 3.15 %
Rwork0.2067 --
obs0.2081 66504 94.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→46.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6230 0 3 275 6508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00676392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77738627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051905
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.75032279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.970.441920.3872829X-RAY DIFFRACTION63.01
1.97-2.020.3811120.3373457X-RAY DIFFRACTION76.46
2.02-2.080.35831380.30444212X-RAY DIFFRACTION93.83
2.08-2.140.29311440.27184422X-RAY DIFFRACTION98.02
2.14-2.210.29641440.25374414X-RAY DIFFRACTION98.23
2.21-2.290.31351440.24084445X-RAY DIFFRACTION98.35
2.29-2.380.24581420.23614377X-RAY DIFFRACTION97.06
2.38-2.490.2751460.22554464X-RAY DIFFRACTION98.06
2.49-2.620.25071450.22494464X-RAY DIFFRACTION98.63
2.62-2.780.31451460.22264474X-RAY DIFFRACTION98.76
2.78-30.25251450.2184431X-RAY DIFFRACTION97.24
3-3.30.23571480.20844541X-RAY DIFFRACTION99.26
3.3-3.770.25081490.18944565X-RAY DIFFRACTION99.18
3.77-4.750.22931480.15714564X-RAY DIFFRACTION98.39
4.75-46.540.21471550.20254747X-RAY DIFFRACTION98.26

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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