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- PDB-6t9w: Crystal structure of formate dehydrogenase FDH2 D222A/Q223R enzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9w
タイトルCrystal structure of formate dehydrogenase FDH2 D222A/Q223R enzyme from Granulicella mallensis MP5ACTX8 in complex with NADP and azide.
要素Formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / formate dehydrogenase / NAD / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Granulicella mallensis MP5ACTX8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Robescu, M.S. / Rubini, R. / Filippini, F. / Bergantino, B. / Cendron, L.
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2020
タイトル: From the Amelioration of a NADP+-dependent Formate Dehydrogenase to the Discovery of a New Enzyme: Round Trip from Theory to Practice
著者: Robescu, M.S. / Rubini, R. / Beneventi, E. / Tavanti, M. / Lonigro, C. / Zito, F. / Filippini, F. / Cendron, L. / Bergantino, E.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Formate dehydrogenase
A: Formate dehydrogenase
C: Formate dehydrogenase
D: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,65510
ポリマ－170,2984
非ポリマー2,3566
水13,421745
1
B: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7206
ポリマ－85,1492
非ポリマー1,5714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area10470 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
2
A: Formate dehydrogenase
D: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9354
ポリマ－85,1492
非ポリマー7852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9070 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.530, 62.080, 211.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase


分子量: 42574.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: not assigned coordinates correspond to not atoms not visible in the electron density
由来: (組換発現) Granulicella mallensis MP5ACTX8 (バクテリア)
遺伝子: AciX8_0868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8NTI5, formate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Citrate pH 5.0, 20 % w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→70.65 Å / Num. obs: 153758 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.15→70.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3923 / CC1/2: 0.683

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13-2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T8C

6t8c


解像度: 2.15→54.1 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2307 --
Rwork0.1912 --
obs-146071 87.71 %
原子変位パラメータBiso max: 167.86 Å2 / Biso mean: 25.6723 Å2 / Biso min: 4.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→54.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11826 0 153 745 12724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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