PDB-6t8z: NAD+-dependent fungal formate dehydrogenase from Chaetomium therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t8z

タイトル

NAD+-dependent fungal formate dehydrogenase from Chaetomium thermophilum: A ternary complex with the oxidised form of the cofactor NAD+ and the substrate formate both at a primary and secondary sites.

要素

Formate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / NAD+ dependent formate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Yelmazer, B. / De Rose, S.A. / Littlechild, J.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the NAD + -dependent formate dehydrogenase mechanism revealed from the NADH complex and the formate NAD + ternary complex of the Chaetomium thermophilum enzyme.
著者: Yilmazer, B. / Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Bulut, H. / Benninghoff, J.C. / Binay, B. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2019年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t8z.cif.gz	631.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t8z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6t8z_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t8z_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	6t8z_validation.xml.gz	78.8 KB	表示
CIF形式データ	6t8z_validation.cif.gz	119.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t8yC 6t92C 6t94C 5dnaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6t94-1 6t8y-1 6t8y-2 6t92-2 4r5m-d 6bfq-3 3n7u-5 6j11-2 2ome-4 6bfq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Formate dehydrogenase

BBB: Formate dehydrogenase

CCC: Formate dehydrogenase

DDD: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

187 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Formate dehydrogenase

BBB: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Formate dehydrogenase

DDD: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.395, 94.515, 94.330
Angle α, β, γ (deg.)	85.689, 89.927, 81.939
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains B C
5	5	Chains B D
6	6	Chains C D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase 分子量: 45641.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: FDH, CTHT_0067590 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGU4, formate dehydrogenase

#1: タンパク質

Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase

分子量: 45641.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: FDH, CTHT_0067590 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGU4, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1991分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1965 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 25 % w/v PEG 3350, 2.5 mM NAD+

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→47.03 Å / Num. obs: 467507 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.8 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 1.8 % / Num. unique obs: 22684 / CC_1/2: 0.25 / Χ²: 0.7 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5dna

5dna

解像度: 1.21→47.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2107	23228	4.969 %
R_work	0.1882	-	-
all	0.189	-	-
obs	-	467501	89.117 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.089 Å²	0.364 Å²	-0.141 Å²
2-	-	0.014 Å²	-0.241 Å²
3-	-	-	0.141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11621	0	277	1965	13863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	12988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	12444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.656	17679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.296	1.588	28974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.704	5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.341	21.26	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.523	15	2390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.945	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	14767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	11320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	6091
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.226	4.642	6246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.226	4.643	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.049	7.828	7867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.049	7.828	7867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.501	5.5	6742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.501	5.5	6743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.826	8.849	9700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.826	8.85	9701
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.848	25.29	15358
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.848	25.291	15359
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	12615
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.073	0.05	12570
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.062	0.05	12719
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	12579
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.072	0.05	12549
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.076	0.05	12593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.241	0.353	1684	0.345	32279	X-RAY DIFFRACTION	87.3646
1.241-1.275	0.337	1724	0.333	31956	X-RAY DIFFRACTION	89.2682
1.275-1.312	0.319	1602	0.313	31444	X-RAY DIFFRACTION	89.8917
1.312-1.353	0.309	1604	0.297	30734	X-RAY DIFFRACTION	90.4585
1.353-1.397	0.297	1537	0.281	29897	X-RAY DIFFRACTION	90.6062
1.397-1.446	0.272	1499	0.267	28981	X-RAY DIFFRACTION	91.1511
1.446-1.501	0.267	1537	0.242	27917	X-RAY DIFFRACTION	91.1465
1.501-1.562	0.247	1428	0.22	26769	X-RAY DIFFRACTION	90.8291
1.562-1.631	0.229	1367	0.2	25716	X-RAY DIFFRACTION	90.6878
1.631-1.711	0.238	1306	0.199	24423	X-RAY DIFFRACTION	90.3438
1.711-1.804	0.219	1222	0.191	23222	X-RAY DIFFRACTION	90.0564
1.804-1.913	0.202	1069	0.177	21540	X-RAY DIFFRACTION	88.3061
1.913-2.045	0.206	1055	0.176	20179	X-RAY DIFFRACTION	88.2287
2.045-2.209	0.199	954	0.167	18389	X-RAY DIFFRACTION	86.2333
2.209-2.419	0.177	893	0.155	16893	X-RAY DIFFRACTION	85.8937
2.419-2.705	0.184	779	0.153	15067	X-RAY DIFFRACTION	85.3358
2.705-3.123	0.191	623	0.158	13392	X-RAY DIFFRACTION	85.1199
3.123-3.823	0.181	557	0.153	11285	X-RAY DIFFRACTION	85.2986
3.823-5.403	0.144	484	0.137	9044	X-RAY DIFFRACTION	88.8309
5.403-47.03	0.172	304	0.171	5146	X-RAY DIFFRACTION	92.3572

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関連情報:EMDBヘッダ

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