PDB-6t8f: Crystal structure of mutant xylose isomerase (V270A/A273G) from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t8f

タイトル

Crystal structure of mutant xylose isomerase (V270A/A273G) from Piromyces E2 grown in yeast, in complex with xylose

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

D-xylose catabolic process to ethanol / xylose isomerase / xylose isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Piromyces sp.

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B.

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Structure-based directed evolution improves S. cerevisiae growth on xylose by influencing in vivo enzyme performance.
著者: Lee, M. / Rozeboom, H.J. / Keuning, E. / de Waal, P. / Janssen, D.B.

履歴

登録	2019年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t8f.cif.gz	711.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t8f.ent.gz	586 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t8eC 5nh5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nhd-d 5nh7-d 5nh8-d 5nha-d 5nhe-d 5nh6-d 6t8e-d 4xkm-2 5nhm-d 5yn3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

B: Xylose isomerase

C: Xylose isomerase

D: Xylose isomerase

ヘテロ分子

201 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.598, 79.372, 91.982
Angle α, β, γ (deg.)	115.460, 89.980, 117.130
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 437 / Label seq-ID: 2 - 437

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Xylose isomerase 分子量: 49416.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piromyces sp. (strain E2) (菌類) / 株: E2 / 遺伝子: xylA / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DS75543 / 参照: UniProt: Q9P8C9, xylose isomerase

-
糖 , 3種, 18分子

#3: 糖

ChemComp-XLS / D-xylose / D-XYLOSE (LINEAR FORM) / キシロ-ス

タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅

#4: 糖

ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₅H₁₀O₅

#5: 糖

ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅

-
非ポリマー , 3種, 1735分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14-17 % PEG3350, HEPES pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月29日
放射	モノクロメーター: HELIOS MX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46.6 Å / Num. obs: 111563 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.355 / Num. unique obs: 5325 / CC_1/2: 0.772 / R_pim(I) all: 0.32 / R_rim(I) all: 0.479 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5NH5

5nh5

解像度: 2→46.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 7.743 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.148
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1849	5562	5 %	RANDOM
R_work	0.1489	-	-	-
obs	0.1507	105998	95.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.88 Å² / B_iso mean: 22.255 Å² / B_iso min: 8.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.83 Å²	1.06 Å²	0.14 Å²
2-	-	-0.1 Å²	-0.38 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→46.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13864	0	218	1724	15806
B_iso mean	-	-	46.45	29.68	-
残基数	-	-	-	-	1744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	14427
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.66	19439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.432	1.599	30294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.547	5	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.716	24.105	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.201	15	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.376	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	16126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2990

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14677	0.07
1	2	B	14677	0.07
2	1	A	14710	0.06
2	2	C	14710	0.06
3	1	A	14695	0.06
3	2	D	14695	0.06
4	1	B	14726	0.06
4	2	C	14726	0.06
5	1	B	14703	0.06
5	2	D	14703	0.06
6	1	C	14678	0.06
6	2	D	14678	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	394	-
R_work	0.211	7618	-
all	-	8012	-
obs	-	-	92.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1964	-0.0175	-0.0004	0.17	0.0262	0.1743	0.0015	-0.0567	0.0085	0.0629	0.0266	0.0599	-0.0172	-0.0308	-0.0281	0.0281	0.0133	0.0287	0.0263	0.0129	0.0303	-9.7672	-2.7791	60.6705
2	0.1928	-0.0225	0.0327	0.1102	0.0016	0.2105	-0.0082	-0.043	-0.0065	0.0356	0.0308	-0.0391	0.0149	0.0532	-0.0226	0.0146	0.0144	-0.0151	0.0328	-0.0138	0.0176	28.8925	-13.1237	57.0831
3	0.1976	-0.0458	0.0039	0.1226	-0.0107	0.2018	0.0242	0.0482	0.0704	-0.0144	0.0081	-0.0175	-0.0379	0.0142	-0.0322	0.0116	0.0015	0.0153	0.0162	0.0145	0.0308	14.0211	9.1241	32.3025
4	0.1903	-0.0665	0.0052	0.149	0.0356	0.2078	0.0173	0.0259	-0.0623	-0.014	-0.0025	0.0469	0.0502	-0.0152	-0.0148	0.0166	-0.003	-0.0132	0.0055	-0.0052	0.0279	-0.2442	-28.2158	36.164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 437
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 437
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 437
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 437

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