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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t84 | ||||||
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タイトル | crystal structure of the mycobacterial trehalose monomycolate transport factor A, TtfA | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / trehalose monomycolate / MmpL3 accessory protein | ||||||
機能・相同性 | membrane => GO:0016020 / Trehalose monomycolate transport factor A 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Blaise, M. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2020 タイトル: The crystal structure of the mycobacterial trehalose monomycolate transport factor A, TtfA, reveals an atypical fold. 著者: Ung, K.L. / Alsarraf, H.M.A.B. / Kremer, L. / Blaise, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t84.cif.gz | 96.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t84.ent.gz | 65 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t84 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21417.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GHM in N-terminus is a tag as well as AS in C-terminus 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: MSMEG_0736 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QQF4 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 28% PEG 4000 and 0.2 M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→46.54 Å / Num. obs: 37320 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 17.93 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05072 / Rpim(I) all: 0.02624 / Rrim(I) all: 0.05729 / Net I/σ(I): 14.79 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 1.118 / Num. unique obs: 3670 / CC1/2: 0.589 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→46.54 Å / SU ML: 0.1644 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8485
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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