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- PDB-6t7j: As-isolated Ni-free crystal structure of carbon monoxide dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t7j
タイトルAs-isolated Ni-free crystal structure of carbon monoxide dehydrogenase from Thermococcus sp. AM4 produced without CooC maturase
要素Carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ni-free cluster C / CO dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / CITRIC ACID / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Broken Fe4S4 cluster / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. AM4 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Dobbek, H. / Jeoung, J.-H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationEXC 2008/1 (UniSysCat) - 390540038 ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: The two CO-dehydrogenases of Thermococcus sp. AM4.
著者: Benvenuti, M. / Meneghello, M. / Guendon, C. / Jacq-Bailly, A. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H. / Leger, C. / Fourmond, V. / Dementin, S.
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Carbon monoxide dehydrogenase
A: Carbon monoxide dehydrogenase
D: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,09121
ポリマ－204,5053
非ポリマー3,58618
水3,477193
1
B: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,03818
ポリマ－136,3372
非ポリマー2,70116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area39080 Å2
手法PISA
2
A: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,57212
ポリマ－136,3372
非ポリマー2,23510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area9590 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area37670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)268.138, 64.061, 100.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-851-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 BAD

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase


分子量: 68168.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FS4)(FS4)(CX3)(PO4)(BU3)(BU3)(BU3)(PEG) are non-ploymers.
由来: (組換発現) Thermococcus sp. AM4 (古細菌) / 遺伝子: TAM4_1067
発現宿主: Desulfovibrio fructosivorans (バクテリア)
参照: UniProt: B7R5K0, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 211分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-MSK / Broken Fe4S4 cluster


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40% (w/v) polyethyleneglycol 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184, 1.732, 1.479
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
21.7321
31.4791
反射解像度: 2.34→47.32 Å / Num. obs: 73992 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.61 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.19
反射 シェル解像度: 2.34→2.48 Å / Num. unique obs: 11596 / CC1/2: 0.978

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B53

3b53


解像度: 2.43→47.32 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs73986 99.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 53.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→47.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14324 0 68 193 14585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008814690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.874519977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04782296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00412531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.56628910

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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