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- PDB-6t6w: 3C-like protease from Southampton virus complexed with XST00000692b. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6w
タイトル3C-like protease from Southampton virus complexed with XST00000692b.
要素(Genome polyprotein) x 2
キーワードHYDROLASE / Viral protease.
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JL7 / PHOSPHATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Southampton virus
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guo, J. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: In crystallo-screening for discovery of human norovirus 3C-like protease inhibitors.
著者: Guo, J. / Douangamath, A. / Song, W. / Coker, A.R. / Chan, A.W.E. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Resnick, E. / London, N. / Delft, F.V.
履歴
登録2019年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3777
ポリマ－36,7752
非ポリマー6035
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Structure suggests tetrameric.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.940, 89.460, 61.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-527-

HOH

21B-545-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 18387.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Southampton virus (serotype 3) (ウイルス)
遺伝子: ORF1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 18387.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Southampton virus (serotype 3) (ウイルス)
遺伝子: ORF1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 4種, 319分子

#3: 化合物 ChemComp-JL7 / 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid


分子量: 273.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H6F3NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: Protein concentration 4 mg/ml. 0.2 M ammonium citrate and 12% (v/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.73 Å / Num. obs: 30724 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 102005
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.850.6681.822630.6470.4240.79399.4
8.05-44.730.04128.83470.9890.0260.04994

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6t1q

6t1q


解像度: 1.8→44.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.07 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.2682 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.142
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS ANISOTROPIC U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 1496 4.9 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.149 29227 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.97 Å2 / Biso mean: 25.94 Å2 / Biso min: 10.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å2-0.22 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2547 0 35 314 2896
Biso mean--54.54 44.33 -
残基数----339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.6423645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3361.5695887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.825346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.35219.73111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48815427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.241519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02585
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.7335229
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 99 -
Rwork0.261 2159 -
all-2258 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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