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- PDB-6t6k: Y201W mutant of the orange carotenoid protein from Synechocystis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6k
タイトルY201W mutant of the orange carotenoid protein from Synechocystis at pH 6.5
要素Orange carotenoid-binding protein
キーワードPLANT PROTEIN / orange carotenoid protein / photoactive protein / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


light absorption / phycobilisome / chloride ion binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-caroten-4-one / GLYCINE / HISTIDINE / IMIDAZOLE / Orange carotenoid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Gushchin, I. / Botnarevskiy, V.S. / Slonimskiy, Y.B. / Remeeva, A. / Kovalev, K. / Stepanov, A.V. / Gordeliy, V. / Maksimov, E.G.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-04-00691 ロシア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Role of hydrogen bond alternation and charge transfer states in photoactivation of the Orange Carotenoid Protein.
著者: Yaroshevich, I.A. / Maksimov, E.G. / Sluchanko, N.N. / Zlenko, D.V. / Stepanov, A.V. / Slutskaya, E.A. / Slonimskiy, Y.B. / Botnarevskii, V.S. / Remeeva, A. / Gushchin, I. / Kovalev, K. / ...著者: Yaroshevich, I.A. / Maksimov, E.G. / Sluchanko, N.N. / Zlenko, D.V. / Stepanov, A.V. / Slutskaya, E.A. / Slonimskiy, Y.B. / Botnarevskii, V.S. / Remeeva, A. / Gushchin, I. / Kovalev, K. / Gordeliy, V.I. / Shelaev, I.V. / Gostev, F.E. / Khakhulin, D. / Poddubnyy, V.V. / Gostev, T.S. / Cherepanov, D.A. / Polivka, T. / Kloz, M. / Friedrich, T. / Paschenko, V.Z. / Nadtochenko, V.A. / Rubin, A.B. / Kirpichnikov, M.P.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,70311
ポリマ－36,4551
非ポリマー1,24910
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.726, 82.726, 88.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Orange carotenoid-binding protein / OCP


分子量: 36454.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr1963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74102

-
非ポリマー , 7種, 312分子

#2: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1M DL-Serine; 0.1M Imidazole; MES monohydrate (acid), pH 6.5; 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→44.02 Å / Num. obs: 73479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.1 / Num. measured all: 1480976 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.37-1.3920.21.5327470436940.8162.3100
7.38-44.0214.30.04375835320.99381.597.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XB5

4xb5


解像度: 1.37→37.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 2.263 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1668 3654 5 %RANDOM
Rwork0.1354 ---
obs0.1369 69781 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.74 Å2 / Biso mean: 29.765 Å2 / Biso min: 17.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20.35 Å20 Å2
2--0.7 Å2-0 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→37.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2343 0 50 305 2698
Biso mean--24.98 46.08 -
残基数----312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0172459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.6483552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5261.5745705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7665336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80321.486148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33615418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2651514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr16.46735057
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.406 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 263 -
Rwork0.21 5102 -
all-5365 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00960.0050.00290.0325-0.00760.0278-0.00040.0006-0.0013-0.0035-0.001-0.00010.0006-0.0030.00140.00560.00090.00030.00490.00060.02584.1758-23.014715.2842
20.25130.13870.32320.13560.17650.41870.00480.0388-0.04480.00720.0335-0.018-0.01330.0472-0.03840.0148-0.001-0.00850.0143-0.01110.05164.8006-28.432110.8465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2A402 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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