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- PDB-6t5o: Bacteroides salyersiae GH164 beta-mannosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t5o
タイトルBacteroides salyersiae GH164 beta-mannosidase
要素Glyco_hydro_42M domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Beta-mannosidase Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S,R MESO-TARTARIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Beta-galactosidase trimerisation domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides salyersiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Armstrong, Z. / Davies, G.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R001162/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M011151/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure and function ofBs164 beta-mannosidase fromBacteroides salyersiaethe founding member of glycoside hydrolase family GH164.
著者: Armstrong, Z. / Davies, G.J.
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
DDD: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
CCC: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
BBB: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
FFF: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
EEE: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,98145
ポリマ－460,0606
非ポリマー2,92139
水34,2101899
1
AAA: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
CCC: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
BBB: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,58823
ポリマ－230,0303
非ポリマー1,55820
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12510 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area66400 Å2
手法PISA
2
DDD: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
FFF: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
EEE: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,39422
ポリマ－230,0303
非ポリマー1,36419
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12330 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area66290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.151, 103.912, 169.156
Angle α, β, γ (deg.)92.476, 97.336, 106.426
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 AAADDDCCCBBBFFFEEE

#1: タンパク質
Glyco_hydro_42M domain-containing protein


分子量: 76676.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides salyersiae (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1071_03408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I9SUA3

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非ポリマー , 7種, 1938分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium tartrate pH 7.0, PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→66.847 Å / Num. obs: 332768 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / Num. unique obs: 16038 / CC1/2: 0.728

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.91→66.847 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.177 / Average fsc free: 0.8836 / Average fsc work: 0.8937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 16536 4.972 %
Rwork0.1903 316034 -
all0.192 --
obs-332570 95.965 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.058 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.902 Å21.631 Å2-0.568 Å2
2--0.566 Å2-0.758 Å2
3----3.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→66.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31500 0 181 1902 33583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01332517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.01729340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.63843960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3051.57268357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35753911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34823.9251623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.857155523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6141590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.24167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0236109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.026949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.26457
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2130.227599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.215756
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0680.213277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.21980
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0160.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1980.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2560.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1390.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4523.14815662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4523.14815661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4114.71619567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4124.71619568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0213.4416855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0213.4416854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5345.02824393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5345.02824393
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.6236.40937440
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.59936.27137046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.960.31612240.29723121X-RAY DIFFRACTION94.8051
1.96-2.0130.29311750.2822502X-RAY DIFFRACTION95.0082
2.013-2.0720.28511670.25921945X-RAY DIFFRACTION94.9587
2.072-2.1350.26811310.24221561X-RAY DIFFRACTION96.1362
2.135-2.2050.25410860.22420895X-RAY DIFFRACTION96.0624
2.205-2.2830.24910700.21720084X-RAY DIFFRACTION95.7671
2.283-2.3690.23910020.20219443X-RAY DIFFRACTION95.6984
2.369-2.4660.2359440.19219020X-RAY DIFFRACTION96.8844
2.466-2.5750.2359720.18918089X-RAY DIFFRACTION97.0668
2.575-2.7010.2269340.18517239X-RAY DIFFRACTION96.6238
2.701-2.8470.2318410.18316306X-RAY DIFFRACTION95.7719
2.847-3.020.2217950.1815736X-RAY DIFFRACTION97.4361
3.02-3.2280.2158140.18314634X-RAY DIFFRACTION97.2306
3.228-3.4870.2177210.1913536X-RAY DIFFRACTION96.2725
3.487-3.8190.2096740.18112597X-RAY DIFFRACTION97.3732
3.819-4.270.1885880.15711310X-RAY DIFFRACTION96.8577
4.27-4.930.1585070.1379933X-RAY DIFFRACTION95.6044
4.93-6.0360.1924110.1618314X-RAY DIFFRACTION95.4909
6.036-8.5310.1763240.1536339X-RAY DIFFRACTION93.9642
8.531-66.8470.1671560.1853430X-RAY DIFFRACTION92.2562

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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