PDB-6t5l: MYO-1 from Myroides odoratimimus. Environmental metallo-beta-lact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t5l

タイトル

MYO-1 from Myroides odoratimimus. Environmental metallo-beta-lactamases exhibit high enzymatic activity under zinc deprivation

要素

Subclass B1 metallo-beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase / carbapenemase / environmental / metallo-beta-lactamase / MBL

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / Subclass B1 metallo-beta-lactamase

機能・相同性情報

生物種

Myroides odoratimimus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Frohlich, C.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical characterization of the environmental MBLs MYO-1, ECV-1 and SHD-1.
著者: Frohlich, C. / Sorum, V. / Huber, S. / Samuelsen, O. / Berglund, F. / Kristiansson, E. / Kotsakis, S.D. / Marathe, N.P. / Larsson, D.G.J. / Leiros, H.S.

履歴

登録	2019年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年9月2日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6t5l.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6t5l_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t5l_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6t5l_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	6t5l_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6t5kC 1znbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gyz-4 6ecc-d 6cac-4 2etl-1 6xci-2 6cac-3 2vel-2 5g3y-d 4gkx-2 4izk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Subclass B1 metallo-beta-lactamase

B: Subclass B1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

53.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Subclass B1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Subclass B1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	144.684, 144.684, 53.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Subclass B1 metallo-beta-lactamase 分子量: 26818.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Myroides odoratimimus (バクテリア) 遺伝子: AS202_20055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3H0V9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32-36% PEG4000, 0.2 ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→25 Å / Num. obs: 33621 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 48.86 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.17→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.052 / Num. unique obs: 2941 / CC_1/2: 0.354 / R_pim(I) all: 0.754 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1znb

1znb

解像度: 2.17→24.53 Å / SU ML: 0.2986 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0814

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2526	1655	4.93 %
R_work	0.2172	-	-
obs	0.219	33586	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→24.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3435	0	5	142	3582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0137	3533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3012	4791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0714	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	619
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.7112	2881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.17-2.23	0.3759	130	0.308	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.23-2.31	0.306	156	0.295	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.31-2.39	0.2784	122	0.2486	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.39-2.48	0.3011	121	0.2366	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.48-2.6	0.2648	134	0.2293	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.6-2.73	0.2979	145	0.2194	2635	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.73-2.9	0.2699	132	0.226	2581	X-RAY DIFFRACTION	95.63
2.9-3.13	0.255	152	0.2161	2636	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.13-3.44	0.2651	104	0.2071	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.44-3.94	0.2317	145	0.1808	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.94-4.96	0.1982	147	0.1792	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.51
4.96-24.53	0.2721	167	0.2561	2680	X-RAY DIFFRACTION	96.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.42909864625	-2.94576676524	-3.14637443739	3.66615009437	2.37853664466	2.26848648031	-0.536136352898	0.404671071512	-0.186314526897	-0.0969602767495	0.292411162108	0.688814478396	-0.142747307442	-1.06972962326	0.221895465461	0.452149109521	0.143176732847	-0.129520728744	1.30833987623	0.334686457289	1.29812868066	8.9707816213	-41.8098736109	-20.0693746184
2	8.77605800657	-0.234650825877	4.93643203597	4.06592681476	-2.50561097556	9.42653166787	-0.233900247187	-0.253489160439	0.8289597334	0.549317221438	-0.109880185467	0.252174581059	-0.833891988431	-0.155823210955	0.428690719943	0.497121297481	0.000263283082522	0.0538738301655	0.262330113834	-0.0449058059889	0.438272517047	55.8201704856	-32.764133086	-10.2331568841
3	2.08390509479	-0.848225683392	4.32335248455	5.6559832193	-0.410179558681	3.96297614014	0.414934128382	0.91554618003	0.663099969224	-0.695067435012	-0.480930647517	0.589006666754	0.0815876303733	0.0860921889674	-0.155916395535	0.443774623356	0.0003915501309	0.0279177176877	0.559571218224	0.0407812955556	0.426037718124	48.0177022301	-38.0610332707	-15.8060179299
4	5.53507270478	1.66883917234	-0.144295402512	3.48662508139	-0.40522979549	2.75561371155	-0.0796648943011	0.223683709737	0.118950212592	-0.0581888415107	0.0475914981012	0.0750331780863	-0.326170993165	-0.0184111384165	-0.01145152169	0.377382617024	-0.00269375063492	0.0166691054535	0.318851813821	-0.0356066680375	0.250953385204	58.7984232218	-41.7460762839	-16.7379924628
5	8.51788778136	3.75926010124	-3.43519107023	6.33558754634	-4.28947887974	2.11581799086	-0.63623632995	0.808574952498	-0.575450157899	-0.643525460203	0.505181471417	0.13033909573	0.673762867812	-0.538095518828	0.0856219114279	0.502874127457	-0.079266475747	0.0655265515393	0.461539095081	-0.0981918259785	0.351766833723	55.3195103624	-52.8452750283	-21.0271865112
6	5.86171198615	2.98326570198	-0.634287941239	9.11582485522	1.55383119184	2.04258484889	-0.120748640673	0.451560761356	-0.619344014702	-0.375764131608	0.12429129669	0.113562966337	0.491272452359	-0.412660897969	0.00915660546995	0.346254881757	-0.0203597585381	0.0754991918075	0.448398031625	-0.0629665404413	0.379409678742	58.6199207856	-56.1876798776	-16.1517185096
7	7.42615803838	2.75969579052	-2.43144090477	5.37653262425	-0.256929461586	1.48517227723	0.243227447228	-0.651406855835	-0.924600193807	0.238794021692	-0.242768747404	-0.078336692677	0.54233389061	-0.250166237027	0.016310933004	0.436108853997	-0.0335728127157	0.0444728098957	0.333761013899	-0.0125234140838	0.259045481153	52.5867877274	-53.6379131164	-6.4627531907
8	8.64131884672	2.18089555252	2.22198013601	3.6470951221	0.943813205757	4.34109229121	0.100007545602	-0.533149549208	0.274893720754	0.44665348393	-0.363261640426	0.436159336467	0.346779634173	-0.50904867698	0.227540488427	0.391308485087	-0.0982695677252	0.10399712526	0.311693658078	-0.030704381574	0.271033472494	45.487782322	-47.180460585	-4.66804986234
9	9.75326099365	2.21065449848	0.879538871382	6.86723975071	-3.26733101234	7.99141194544	0.305600533377	-0.838979096083	0.338488464577	0.788933300687	-0.351158978305	-0.0251306403936	-0.195195762463	-0.114899504603	0.0675278378945	0.411524078008	-0.0566600787831	0.10739082459	0.45340728139	-0.0927186693535	0.296407771395	47.7644925797	-46.7232661181	1.05286179807
10	2.01648718498	-0.496399057182	3.14048625786	8.22089832165	3.0720112672	4.72835361486	0.426896101341	-2.00871670861	0.34755360052	1.30784373504	-0.503952111876	1.09543819587	0.763988567933	-1.05844279658	0.216815892635	0.558337112178	-0.111540095978	0.15710284551	0.6741640318	-0.0584567117241	0.44062923044	39.220215776	-46.0484076469	2.18021949459
11	1.40308459315	-0.733765390105	-0.383850838588	1.83506613865	0.318219792382	0.109875690929	0.0422710583451	0.439973529384	0.0448506702769	-0.451930552944	0.400843797808	-0.0884916753703	-0.17827813873	0.434766100247	-0.414332234131	-0.374675274248	0.500255158974	-0.275194284528	1.11594193635	0.306408821225	1.22806109881	1.70153662921	-42.7531916014	-25.1086683985
12	0.956119330445	1.27226899248	-0.239119281635	1.80440462221	-0.92301855516	3.41842950296	0.725397165632	1.06935680528	0.586668751651	-0.212510158673	-0.184070397869	0.889638556997	-0.397400172645	-0.92606442278	-0.511559402135	0.501470078212	0.201175109663	-0.00745156188754	0.779596409666	0.170262254444	1.38377730172	14.9992592521	-36.3479293009	-20.7681153603
13	5.6682923119	-2.75475029962	3.23387365824	3.88118379555	-3.02392154651	2.69502126321	0.155476398907	1.4205971979	0.970354430221	-0.103556514963	0.761795363961	0.616254515722	-0.351513021357	-1.21803859936	-0.93620068393	0.841528002104	0.181059784323	-0.215451904835	1.29522679635	0.427057663463	1.54006751807	11.9772630524	-36.8690971464	-29.2714240031
14	8.69809252051	-4.01634148765	2.83580998983	9.49558405124	-1.86486089011	2.95865219222	0.0848083108476	1.87467698706	0.815909214016	-1.66270476845	0.0821311452439	0.866911761817	-0.056319165618	-0.54554117972	-0.428996089083	0.775632680848	-0.167283946353	-0.198408779865	1.17376388665	0.373876981519	0.779555658704	23.980960131	-44.0559014947	-32.306918956
15	4.43626701108	1.25016061514	0.919706023815	8.79826689697	1.16050155226	4.10692566258	-0.334781784841	0.340712537877	0.892488642014	-0.216580435932	-0.0575438211284	0.949506627582	-0.47180919541	-0.530845079172	0.375776241191	0.358534711746	-0.0225817661272	-0.0793524639419	0.562893339814	0.000462127593799	0.576139935297	24.2571805802	-47.3020869702	-20.7786534902
16	4.88887446427	0.719139654863	0.868912090033	6.85375747867	0.893102008425	4.3824363753	0.100352001716	-0.696281834273	0.518930688568	0.794999994186	-0.419602059484	1.24854481661	0.12326771106	-1.00265089982	0.229398133482	0.41243054746	-0.168176585494	0.144684289707	0.885718537425	-0.134462310796	0.631606209535	19.5611813477	-54.0304906569	-11.4825001216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 47 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 124 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 125 through 149 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 150 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 201 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 202 through 241 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 242 through 280 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 281 through 291 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 35 through 45 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 69 through 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 84 through 113 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 114 through 149 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 150 through 241 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 242 through 291 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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