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万見
- PDB-6t5f: Human 14-3-3 sigma fused to the StARD1 peptide including phosphos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t5f
タイトルHuman 14-3-3 sigma fused to the StARD1 peptide including phosphoserine-195
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • StARD1 peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 proteins / Protein chimera / phosphopeptide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of steroid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / glucocorticoid metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity ...positive regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of steroid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / glucocorticoid metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein localization / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of cell adhesion / cholesterol metabolic process / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / mitochondrial intermembrane space / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / mitochondrial matrix / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Steroidogenic acute regulatory protein / Steroidogenic acute regulatory protein-like / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / START-like domain superfamily / 14-3-3 protein sigma ...Steroidogenic acute regulatory protein / Steroidogenic acute regulatory protein-like / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / START-like domain superfamily / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Titterington, J. / Antson, A.A.
資金援助 ロシア, 英国, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-10031 ロシア
Wellcome Trust098230 英国
Wellcome Trust101528 英国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the recognition of steroidogenic acute regulatory protein by the 14-3-3 protein family.
著者: Tugaeva, K.V. / Titterington, J. / Sotnikov, D.V. / Maksimov, E.G. / Antson, A.A. / Sluchanko, N.N.
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: 14-3-3 protein sigma
D: 14-3-3 protein sigma
E: StARD1 peptide
F: StARD1 peptide
G: StARD1 peptide
H: StARD1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4188
ポリマ－112,4188
非ポリマー00
水1,946108
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
G: StARD1 peptide
H: StARD1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2094
ポリマ－56,2094
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
2
C: 14-3-3 protein sigma
D: 14-3-3 protein sigma
E: StARD1 peptide
F: StARD1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2094
ポリマ－56,2094
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.160, 74.950, 104.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26659.018 Da / 分子数: 4
断片: Human 14-3-3 sigma protein is fused to the StARD1 peptide, though not clear which chains connect together in the structure.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド
StARD1 peptide


分子量: 1445.541 Da / 分子数: 4
断片: Human 14-3-3 sigma protein is fused to the StARD1 peptide, though not clear which chains connect together in the structure.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49675*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→53.51 Å / Num. obs: 35345 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 63.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.63→2.72 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3496 / CC1/2: 0.48 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OM0

5om0


解像度: 2.63→51.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU R Cruickshank DPI: 0.729 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.675 / SU Rfree Blow DPI: 0.31 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.318
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1811 5.12 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 35345 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 176.3 Å2 / Biso mean: 80.24 Å2 / Biso min: 23.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.1372 Å20 Å215.9062 Å2
2--17.385 Å20 Å2
3----3.2478 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.63→51.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7555 0 0 111 7666
Biso mean---57.09 -
残基数----965
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2786SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1312HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7658HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion989SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8741SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7658HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10306HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.55
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 40 5.66 %
Rwork0.2435 667 -
all0.2453 707 -
obs--88.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12670.60230.17263.9236-0.882.2008-0.0390.1051-0.03870.0999-0.0531-0.0964-0.0472-0.10010.092-0.19220.0599-0.2215-0.2886-0.10870.251611.9238-18.709440.4305
22.1463-0.99311.20883.67680.51261.56780.1956-0.0315-0.08030.1369-0.1512-0.06860.09070.0208-0.0444-0.1564-0.1103-0.1636-0.26620.05740.12869.852619.232337.9051
31.5681-0.1087-0.13052.2972-0.49921.24760.17010.41120.41050.0466-0.1303-0.0645-0.1728-0.1793-0.03990.06010.1095-0.18620.0330.05360.256656.024138.059115.3425
44.44830.80020.04273.31870.52731.9486-0.05350.2321-0.55410.44110.0590.12230.3862-0.2474-0.00550.0929-0.0589-0.1816-0.0341-0.01340.257245.56931.437118.6809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-1 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C-1 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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