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万見
- PDB-6t5e: Hydroxylamine Oxidoreductase from Brocadia fulgida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t5e
タイトルHydroxylamine Oxidoreductase from Brocadia fulgida
要素Hydroxylamine oxidoreductase-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / redox / anammox / anaerobic ammonium oxidation
機能・相同性: / Hydroxylamine oxidoreductase, C-terminal domain / Seven times multi-haem cytochrome CxxCH / Multiheme cytochrome superfamily / metal ion binding / HEME C / Hydroxylamine oxidoreductase-like protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Brocadia fulgida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Akram, M. / Dietl, A. / Mueller, M. / Barends, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council724362 ドイツ
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2021
タイトル: Purification of the key enzyme complexes of the anammox pathway from DEMON sludge.
著者: Akram, M. / Dietl, A. / Muller, M. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月7日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxylamine oxidoreductase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,61611
ポリマ－56,4751
非ポリマー5,14010
水00
1
A: Hydroxylamine oxidoreductase-like protein
ヘテロ分子

A: Hydroxylamine oxidoreductase-like protein
ヘテロ分子

A: Hydroxylamine oxidoreductase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,84733
ポリマ－169,4263
非ポリマー15,42030
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area49190 Å2
ΔGint-732 kcal/mol
Surface area45640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.560, 124.560, 124.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Hydroxylamine oxidoreductase-like protein


分子量: 56475.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Brocadia fulgida (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M2UZI7
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5 10% w/v PEG 6K, final pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→88.08 Å / Num. obs: 18802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 1404 / CC1/2: 0.653 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N4J

4n4j


解像度: 3.3→44.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 27.746 / SU ML: 0.442 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.564 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 455 4.6 %RANDOM
Rwork0.2204 ---
obs0.2224 9487 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 225.06 Å2 / Biso mean: 96.313 Å2 / Biso min: 76.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 354 0 3841
Biso mean--96.74 --
残基数----439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0134033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8861.85520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2465436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.7222.041196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78915579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7951521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0363217
LS精密化 シェル解像度: 3.301→3.387 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 30 -
Rwork0.317 694 -
all-724 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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