PDB-6t4r: Crystal structure of Trypanosoma brucei Morn1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t4r

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma brucei Morn1

要素

MORN repeat-containing protein 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / MORN repeat / MORN1 / Trypanosoma

機能・相同性

bilobe structure / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / endocytosis / cytosol / MORN repeat-containing protein 1

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.352 Å

データ登録者

Grishkovskaya, I. / Kostan, J. / Sajko, S. / Morriswood, B. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Structures of three MORN repeat proteins and a re-evaluation of the proposed lipid-binding properties of MORN repeats.
著者: Sajko, S. / Grishkovskaya, I. / Kostan, J. / Graewert, M. / Setiawan, K. / Trubestein, L. / Niedermuller, K. / Gehin, C. / Sponga, A. / Puchinger, M. / Gavin, A.C. / Leonard, T.A. / Svergun, ...

履歴

登録	2019年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t4r.cif.gz	160.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t4r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t4r_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t4r_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	6t4r_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	6t4r_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t4dSC 6t68C 6t69C 6t6qC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3edv-2 6gy7-1 3edv-3 1112 4hjc-d 5fmv-1 5fmv-2 6gy7-2 5c22-2 4oia-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: MORN repeat-containing protein 1

CCC: MORN repeat-containing protein 1

49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.039, 27.630, 114.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.833, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MORN repeat-containing protein 1 / MORN1 分子量: 24630.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb927.6.4670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q587D3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.166 M Tris-HCl pH 8.8, 0.15 M MgCl2, 0.45 M KI, 24% PEG 2000 MME, and 4% glycerol PH範囲: 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→48.28 Å / Num. obs: 17460 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1247 / CC_1/2: 0.897 / R_pim(I) all: 0.25 / R_rim(I) all: 0.532 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T4D

6t4d

解像度: 2.352→48.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	818	4.687 %
R_work	0.2209	-	-
all	0.223	-	-
obs	-	17452	95.231 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.095 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.493 Å²	0 Å²	-4.491 Å²
2-	-	-1.163 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.171 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.352→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3404	0	0	74	3478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.018	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.639	4731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.435	1.598	6793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.352	5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.529	22.252	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.164	15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.071	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.282	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.089	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.881	3.571	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.867	3.568	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.446	5.343	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.449	5.347	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.596	3.896	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.596	3.889	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.573	5.681	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.573	5.682	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.396	37.871	3814
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.385	37.861	3804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.352-2.413	0.37	34	0.291	874	X-RAY DIFFRACTION	69.0494
2.413-2.479	0.336	49	0.274	1011	X-RAY DIFFRACTION	79.5796
2.479-2.551	0.322	48	0.28	1068	X-RAY DIFFRACTION	88.2911
2.551-2.629	0.276	47	0.268	1118	X-RAY DIFFRACTION	98.1466
2.629-2.715	0.269	53	0.263	1173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-2.811	0.231	55	0.245	1090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.811-2.917	0.311	62	0.227	1028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.917-3.036	0.317	47	0.212	1067	X-RAY DIFFRACTION	99.9103
3.036-3.171	0.277	46	0.213	967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.171-3.325	0.299	40	0.221	941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.325-3.505	0.192	51	0.2	918	X-RAY DIFFRACTION	99.8969
3.505-3.717	0.223	32	0.189	855	X-RAY DIFFRACTION	100
3.717-3.974	0.255	55	0.198	802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.974-4.292	0.217	41	0.173	731	X-RAY DIFFRACTION	99.8706
4.292-4.701	0.186	35	0.166	715	X-RAY DIFFRACTION	99.734
4.701-5.254	0.233	28	0.199	626	X-RAY DIFFRACTION	99.5434
5.254-6.065	0.257	33	0.251	552	X-RAY DIFFRACTION	99.8294
6.065-7.422	0.254	29	0.291	489	X-RAY DIFFRACTION	99.6154
7.422-10.474	0.324	17	0.308	387	X-RAY DIFFRACTION	100
10.474-48.28	0.44	16	0.276	222	X-RAY DIFFRACTION	94.4444

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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