PDB-6t46: Structure of the Rap conjugation gene regulator of the plasmid pL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t46

タイトル

Structure of the Rap conjugation gene regulator of the plasmid pLS20 in complex with the Phr* peptide

要素

Quorum-sensing secretion protein (processed)
Response regulator aspartate phosphatase

キーワード

TRANSCRIPTION / Response regulator / conjugation

機能・相同性

Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Response regulator aspartate phosphatase / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Crespo, I. / Bernardo, N. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Inactivation of the dimeric RappLS20 anti-repressor of the conjugation operon is mediated by peptide-induced tetramerization.
著者: Crespo, I. / Bernardo, N. / Miguel-Arribas, A. / Singh, P.K. / Luque-Ortega, J.R. / Alfonso, C. / Malfois, M. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R.

履歴

登録	2019年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _software.name
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t46.cif.gz	607.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t46.ent.gz	506.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t3hSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t3h-1 2kx9-d 6c0b-2 11887 6iw2-3 6iw2-2 1248 6iw2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator aspartate phosphatase

B: Quorum-sensing secretion protein (processed)

C: Response regulator aspartate phosphatase

D: Quorum-sensing secretion protein (processed)

E: Response regulator aspartate phosphatase

F: Quorum-sensing secretion protein (processed)

G: Response regulator aspartate phosphatase

H: Quorum-sensing secretion protein (processed)

ヘテロ分子

197 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator aspartate phosphatase

B: Quorum-sensing secretion protein (processed)

C: Response regulator aspartate phosphatase

D: Quorum-sensing secretion protein (processed)

ヘテロ分子

A: Response regulator aspartate phosphatase

B: Quorum-sensing secretion protein (processed)

C: Response regulator aspartate phosphatase

D: Quorum-sensing secretion protein (processed)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, equilibrium centrifugation, gel filtration
197 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Response regulator aspartate phosphatase

F: Quorum-sensing secretion protein (processed)

G: Response regulator aspartate phosphatase

H: Quorum-sensing secretion protein (processed)

ヘテロ分子

E: Response regulator aspartate phosphatase

F: Quorum-sensing secretion protein (processed)

G: Response regulator aspartate phosphatase

H: Quorum-sensing secretion protein (processed)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
197 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.670, 93.282, 167.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.970, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	(chain C and resid 9 through 367)
3	1	(chain E and resid 9 through 367)
4	1	(chain G and resid 9 through 367)
1	2	chain B
2	2	chain D
3	2	chain F
4	2	chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	LEU	LEU	chain A	A	A	9 - 367	9 - 367
2	1	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain C and resid 9 through 367)	C	C	9 - 367	9 - 367
3	1	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain E and resid 9 through 367)	E	E	9 - 367	9 - 367
4	1	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain G and resid 9 through 367)	G	G	9 - 367	9 - 367
1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	chain B	B	B	1 - 5	40 - 44
2	2	GLN	GLN	TYR	TYR	chain D	D	D	1 - 5	40 - 44
3	2	GLN	GLN	TYR	TYR	chain F	F	F	1 - 5	40 - 44
4	2	GLN	GLN	TYR	TYR	chain H	H	H	1 - 5	40 - 44

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Response regulator aspartate phosphatase 分子量: 44501.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: plasmid pLS20 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌) 遺伝子: rapA / 詳細 (発現宿主): p-ET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9RIY6
#2: タンパク質・ペプチド	Quorum-sensing secretion protein (processed) 分子量: 4643.364 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌) / 参照: UniProt: E9RIY7
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 2.5% PEG8K, 8% Etilenglicol, 0.1M MES pH6.8, Rap 10mg/mL, 1:5 RAP:Phr (QKGMY)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 1.12712 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月14日 / 詳細: KB mirrors, Si coated

放射

モノクロメーター: Channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.12712 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→45.424 Å / Num. obs: 44873 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 92.7 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.45-2.492	3.2	0.788	1.3	94	0.622	0.759	1.074	2.8
6.643-45.424	2.1	0.018		6950	0.993	0.016	0.023	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
autoPROC	1.0.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS	Jun 1, 2017	データ削減
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T3H

6t3h

解像度: 2.45→45.424 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2621	2338	5.21 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.2051	44849	67.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.8 Å² / B_iso mean: 68.561 Å² / B_iso min: 19.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→45.424 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12251	0	4	19	12274
B_iso mean	-	-	62.24	60.51	-
残基数	-	-	-	-	1468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	12560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.612	16935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2157
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.851	7452

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6955	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL
1	2	C	6955	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL
1	3	E	6955	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL
1	4	G	6955	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL
2	1	B	97	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL
2	2	D	97	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL
2	3	F	97	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL
2	4	H	97	X-RAY DIFFRACTION	22.21	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.45-2.4999	0.507	10	0.38	131	4
2.4999-2.5543	0.3685	16	0.3462	380	10
2.5543-2.6137	0.4082	39	0.344	689	19
2.6137-2.679	0.4441	70	0.3362	1104	30
2.679-2.7515	0.4194	90	0.3197	1555	42
2.7515-2.8324	0.392	103	0.314	1919	53
2.8324-2.9238	0.3728	111	0.3188	2337	63
2.9238-3.0283	0.3585	156	0.3045	2846	77
3.0283-3.1495	0.3468	189	0.294	3321	91
3.1495-3.2928	0.359	187	0.2811	3539	96
3.2928-3.4664	0.327	209	0.2458	3523	97
3.4664-3.6834	0.2958	195	0.2362	3161	86
3.6834-3.9677	0.291	197	0.2056	3537	96
3.9677-4.3667	0.2414	179	0.1603	3620	97
4.3667-4.9979	0.2057	201	0.1486	3584	97
4.9979-6.2941	0.2365	193	0.1889	3622	97
6.2941-45.424	0.1898	193	0.1598	3643	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 92.281 Å / Origin y: 9.3905 Å / Origin z: -41.49 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2166 Å²	0.0042 Å²	0.0055 Å²	-	0.2834 Å²	0.0186 Å²	-	-	0.2518 Å²
L	0.0809 °²	0.039 °²	0.0531 °²	-	0.2572 °²	0.159 °²	-	-	0.3362 °²
S	0.0463 Å °	-0.1269 Å °	-0.0612 Å °	-0.0066 Å °	-0.048 Å °	0.0248 Å °	-0.0048 Å °	0.0236 Å °	-0.0003 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	9 - 367
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 5
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	6 - 368
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	8 - 368
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 5
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	7 - 371
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 5
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	2 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1 - 2
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	3
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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