PDB-6t42: Bovine lactoglobulin complex with decanol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t42

タイトル

Bovine lactoglobulin complex with decanol

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / lipocalin / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kopec, M. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2019
タイトル: Conformational flexibility and ligand binding properties of ovine beta-lactoglobulin.
著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Lewinski, K.

履歴

登録	2019年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2019年10月23日	ID: 5EEE
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t42.cif.gz	75.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t42.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t44C 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e5s-3 3ure-d 6pyx-d 6mcu-3 4qgx-3 2fs6-d 6mcu-2 3d96-d 1ipa-d 6mcu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.145, 53.145, 111.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-DE1 / DECAN-1-OL / 1-デカノ-ル分子量: 158.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.34 M sodium citrate in 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, decanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→13.29 Å / Num. obs: 13734 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1732 / CC_1/2: 0.871

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 1.95→13.286 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.24 / WR_factor R_work: 0.178 / SU B: 9.012 / SU ML: 0.113 / Average fsc free: 0.9212 / Average fsc work: 0.9373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2285	1357	9.95 %	RANDOM
R_work	0.1738	12281	-	-
all	0.179	-	-	-
obs	0.17921	13638	98.334 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.474 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.025 Å²	0.013 Å²	0 Å²
2-	-	0.025 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.081 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→13.286 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1178	0	11	89	1278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.641	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	1.573	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.432	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.862	25	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.801	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.306	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.101	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.284	2.115	613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.288	2.113	612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.267	3.114	761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.262	3.117	762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.938	2.708	595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.93	2.713	596
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.674	3.717	876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.668	3.724	877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.14	24.859	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.135	24.724	1225

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2	0.268	112	0.232	847	0.236	978	0.883	0.883	98.0573	0.221
2-2.053	0.257	95	0.215	835	0.219	950	0.881	0.899	97.8947	0.197
2.053-2.111	0.259	89	0.194	833	0.2	941	0.9	0.924	97.9809	0.173
2.111-2.174	0.238	103	0.197	778	0.202	899	0.923	0.923	97.9978	0.175
2.174-2.244	0.234	90	0.188	777	0.193	891	0.914	0.925	97.3064	0.167
2.244-2.32	0.256	68	0.175	769	0.182	851	0.916	0.936	98.3549	0.156
2.32-2.405	0.22	73	0.182	755	0.186	838	0.925	0.936	98.8067	0.158
2.405-2.5	0.264	81	0.191	699	0.198	789	0.919	0.937	98.8593	0.166
2.5-2.607	0.226	63	0.167	703	0.172	774	0.927	0.949	98.9664	0.15
2.607-2.729	0.292	62	0.181	675	0.189	747	0.919	0.945	98.6613	0.164
2.729-2.869	0.273	65	0.184	642	0.192	713	0.913	0.941	99.1585	0.172
2.869-3.035	0.256	66	0.182	594	0.188	661	0.915	0.946	99.8487	0.179
3.035-3.232	0.271	54	0.184	568	0.191	627	0.91	0.946	99.2026	0.191
3.232-3.474	0.171	61	0.161	553	0.162	614	0.957	0.967	100	0.169
3.474-3.78	0.193	63	0.161	496	0.164	561	0.965	0.968	99.6435	0.176
3.78-4.184	0.201	54	0.141	461	0.147	515	0.954	0.969	100	0.165
4.184-4.753	0.185	42	0.123	414	0.129	457	0.964	0.977	99.7812	0.15
4.753-5.644	0.205	52	0.168	357	0.173	409	0.956	0.968	100	0.2
5.644-7.346	0.307	32	0.21	310	0.218	343	0.934	0.953	99.7085	0.247
7.346-13.286	0.201	32	0.177	216	0.18	252	0.96	0.97	98.4127	0.222

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.3737 Å / Origin y: 4.7265 Å / Origin z: 3.5321 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2077 Å²	-0.0795 Å²	-0.0177 Å²	-	0.0526 Å²	0.0167 Å²	-	-	0.0179 Å²
L	0.1027 °²	0.1337 °²	0.0808 °²	-	0.8437 °²	0.6196 °²	-	-	1.43 °²
S	-0.1462 Å °	0.0563 Å °	0.0266 Å °	-0.0346 Å °	0.0616 Å °	0.1187 Å °	-0.0334 Å °	0.1853 Å °	0.0845 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)