PDB-6t3z: Crystal structure of the truncated EBV BFRF1-BFLF2 nuclear egress...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t3z

タイトル

Crystal structure of the truncated EBV BFRF1-BFLF2 nuclear egress complex

要素

Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Nuclear egress complex / Epstein-Barr virus / gamma-herpesviral core NEC

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell nuclear inner membrane / viral budding from nuclear membrane / membrane => GO:0016020 / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55862788727 Å

データ登録者

Muller, Y.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: High-resolution crystal structures of two prototypical beta- and gamma-herpesviral nuclear egress complexes unravel the determinants of subfamily specificity.
著者: Muller, Y.A. / Hage, S. / Alkhashrom, S. / Hollriegl, T. / Weigert, S. / Dolles, S. / Hof, K. / Walzer, S.A. / Egerer-Sieber, C. / Conrad, M. / Holst, S. / Losing, J. / Sonntag, E. / Sticht, ...

履歴

登録	2019年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t3z.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t3z.ent.gz	115.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t3z_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t3z_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	6t3z_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	6t3z_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t3xC 5d5nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2oxg-1 5emw-2 4uc8-1 5mr7-2 2giu-d 4qxo-d 4l8e-d 1hnk-d 6cyq-7 5ck5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1

ヘテロ分子

26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.313, 59.313, 265.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1305- HOH
2	1	A-1339- HOH
3	1	A-1388- HOH

#1: タンパク質	Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1 分子量: 25967.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス) 株: GD1 / 遺伝子: BFRF1, NEC2, HHV4-K4123Mi_BFRF1, NEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5KTU9, UniProt: A0A2S1N254
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The protein was dissolved in a buffer consisting of 50 mM TrisHCl, 150 mM NaCl, pH 7.5 and concentrated to values between 10-15 mg/ml. Diffraction quality crystals of BFRF1::BFLF2 were ...詳細: The protein was dissolved in a buffer consisting of 50 mM TrisHCl, 150 mM NaCl, pH 7.5 and concentrated to values between 10-15 mg/ml. Diffraction quality crystals of BFRF1::BFLF2 were obtained at 4 degree C with 0.2 M sodium malonate, pH 4.5, 20% PEG 3350 as a reservoir solution.

結晶

マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.59 %

結晶化

温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The protein was dissolved in a buffer consisting of 50 mM TrisHCl, 150 mM NaCl, pH 7.5 and concentrated to values between 10-15 mg/ml. Diffraction quality crystals of BFRF1::BFLF2 were ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.558→47.9 Å / Num. obs: 40577 / % possible obs: 59.64 % / 冗長度: 38 % / B_iso Wilson estimate: 26.994976906 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.1008 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.561→1.617 Å / Num. unique obs: 125 / CC_1/2: 0.092 / R_rim(I) all: 0.2287 / % possible all: 3.18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5d5n

5d5n

解像度: 1.55862788727→44.2283333333 Å / SU ML: 0.178437412274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3436469259 / 位相誤差: 35.2978284248

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24198114802	1869	7.71357820883 %
R_work	0.212026020632	-	-
obs	0.214352796112	24230	59.3596119454 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.0140751116 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55862788727→44.2283333333 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1715	0	7	101	1823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00733533486113	1788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787713411869	2412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0477486327389	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00516710950215	313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3587712454	1092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5587-1.6008	0.458938580136	4	0.531332839672	69	X-RAY DIFFRACTION	2.46039770812
1.6008-1.6479	0.587583448249	15	0.3986508299	183	X-RAY DIFFRACTION	6.52603823336
1.6479-1.7011	0.320043237893	34	0.310184530106	409	X-RAY DIFFRACTION	14.5867632532
1.7011-1.7619	0.316034953592	52	0.294309311858	666	X-RAY DIFFRACTION	23.4870788355
1.7619-1.8324	0.287886001491	79	0.289567680748	898	X-RAY DIFFRACTION	31.6796368353
1.8324-1.9158	0.28889731076	85	0.28369493089	1168	X-RAY DIFFRACTION	40.5632890903
1.9158-2.0168	0.305247695488	133	0.245748314386	1594	X-RAY DIFFRACTION	55.871886121
2.0168-2.1432	0.280098141129	205	0.263320021462	2435	X-RAY DIFFRACTION	84.7512038523
2.1432-2.3086	0.281598581165	264	0.236458892536	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3086-2.5409	0.261645924333	243	0.22904845095	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5409-2.9086	0.278113935959	257	0.2280634985	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.9685732244
2.9086-3.6642	0.246847836836	246	0.202591021897	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6642-44.2	0.196366129352	252	0.184165135149	3240	X-RAY DIFFRACTION	99.9141630901

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.96985027969	2.97281736918	1.13108639018	8.23760490013	3.15996207688	8.76550903841	0.0421544222869	-0.350810464896	0.220615860338	0.488791771674	0.139385914925	-0.21236574754	-0.0311056420319	0.29166060513	-0.0423260675469	0.392840260981	0.0671400085629	-0.0886884547009	0.0983164067024	-0.187903465178	0.224052649581	7.93199649294	46.0536304236	137.714679161
2	4.66537226574	-5.99133554503	-4.28128818938	8.18616293462	5.21953914367	4.08529662803	-0.143544466362	-0.580106314768	0.250769316202	0.9204843846	0.420398865072	0.545092999398	-0.123021360555	0.186532674232	-0.262110292417	1.35294721968	0.549146746885	-0.215165523742	0.918535019617	-0.373593612028	1.06876526564	19.2711160307	36.4517667537	144.077583509
3	0.935270894685	0.41001557536	-0.14191930902	2.02188204645	0.740995740456	1.89354265831	-0.0432645753004	-0.0781099084892	-0.213814755768	0.629870474674	0.2700409329	-0.236957093548	0.752051348771	-0.0459001123263	-0.0689778857154	0.610678967337	-0.0555004603524	-0.078666603616	0.123920672506	-0.114416887823	0.297958354238	3.09770606317	32.0635128968	133.729531796
4	1.95946757094	0.687792796541	-0.195083038061	4.36961929425	-1.43189939255	6.15058288309	-0.0286441605388	0.338880162311	0.254259525974	-0.164391109909	0.318269684625	0.388605747897	-0.0320271920815	-0.596661263577	-0.274523312408	0.281489187879	-0.0368469781056	0.0161250965397	0.136873730024	-0.098941515682	0.182715040007	-1.13856496267	41.1615315704	121.222957885
5	4.61349448857	0.735910887982	3.11782105213	5.72039551199	2.3928998537	3.40599476625	-0.227192372774	0.790173612718	-0.155239242465	-0.514268685315	0.59948109848	-0.855576706283	-0.378286997452	1.15025291825	-0.294337834864	0.300718549297	-0.137852281129	0.053606012468	0.285582149829	-0.208585990324	0.303043835388	11.7244094317	42.603346673	114.86598221
6	8.17924801662	4.81019517496	3.27874161494	7.67340558162	-0.444774983672	2.47755050691	-0.0656568997691	-0.300466513002	0.474224098597	0.0312806685621	0.185064066742	0.10020281826	-0.403601983493	-0.068365897391	-0.0417992024966	0.285530887414	-0.0212395825165	0.0239830231103	0.127331528306	-0.0891581721099	0.204609674023	3.48258307322	48.8703977854	123.592117863
7	2.60306231207	2.3583865808	-1.7902136842	2.168465986	-2.03592645292	6.62841647214	0.152770314198	0.38986640735	0.593052299414	-0.391745019703	-0.171671425963	2.16278324511	0.32081533454	-0.670154057372	0.0631634065068	0.224699132881	-0.106004256444	-0.0411169824998	0.441745937061	-0.0597599810443	0.576100070754	-7.86739899317	39.2322958012	120.61636006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2 through 30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 31 through 41)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'A' and resid 42 through 158)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'A' and resid 159 through 193)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'A' and resid 1078 through 1089)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'A' and resid 1090 through 1102)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'A' and resid 1103 through 1110)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)