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- PDB-6t3z: Crystal structure of the truncated EBV BFRF1-BFLF2 nuclear egress... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3z
タイトルCrystal structure of the truncated EBV BFRF1-BFLF2 nuclear egress complex
要素Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / Nuclear egress complex / Epstein-Barr virus / gamma-herpesviral core NEC
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from nuclear membrane / host cell nuclear inner membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus viron egress-type / Herpesvirus virion protein U34 / Herpesvirus UL31 / Herpesvirus UL31-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / BFLF2 / BFRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55862788727 Å
データ登録者Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationMU 1477/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: High-resolution crystal structures of two prototypical beta- and gamma-herpesviral nuclear egress complexes unravel the determinants of subfamily specificity.
著者: Muller, Y.A. / Hage, S. / Alkhashrom, S. / Hollriegl, T. / Weigert, S. / Dolles, S. / Hof, K. / Walzer, S.A. / Egerer-Sieber, C. / Conrad, M. / Holst, S. / Losing, J. / Sonntag, E. / Sticht, ...著者: Muller, Y.A. / Hage, S. / Alkhashrom, S. / Hollriegl, T. / Weigert, S. / Dolles, S. / Hof, K. / Walzer, S.A. / Egerer-Sieber, C. / Conrad, M. / Holst, S. / Losing, J. / Sonntag, E. / Sticht, H. / Eichler, J. / Marschall, M.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0702
ポリマ－25,9681
非ポリマー1021
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.313, 59.313, 265.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1305-

HOH

21A-1339-

HOH

31A-1388-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1


分子量: 25967.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
株: GD1 / 遺伝子: BFRF1, NEC2, HHV4-K4123Mi_BFRF1, NEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5KTU9, UniProt: A0A2S1N254
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The protein was dissolved in a buffer consisting of 50 mM TrisHCl, 150 mM NaCl, pH 7.5 and concentrated to values between 10-15 mg/ml. Diffraction quality crystals of BFRF1::BFLF2 were ...詳細: The protein was dissolved in a buffer consisting of 50 mM TrisHCl, 150 mM NaCl, pH 7.5 and concentrated to values between 10-15 mg/ml. Diffraction quality crystals of BFRF1::BFLF2 were obtained at 4 degree C with 0.2 M sodium malonate, pH 4.5, 20% PEG 3350 as a reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.558→47.9 Å / Num. obs: 40577 / % possible obs: 59.64 % / 冗長度: 38 % / Biso Wilson estimate: 26.994976906 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.1008 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.561→1.617 Å / Num. unique obs: 125 / CC1/2: 0.092 / Rrim(I) all: 0.2287 / % possible all: 3.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5d5n

5d5n


解像度: 1.55862788727→44.2283333333 Å / SU ML: 0.178437412274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3436469259 / 位相誤差: 35.2978284248
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24198114802 1869 7.71357820883 %
Rwork0.212026020632 --
obs0.214352796112 24230 59.3596119454 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.0140751116 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55862788727→44.2283333333 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 0 7 101 1823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007335334861131788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7877134118692412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477486327389268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00516710950215313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.35877124541092
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5587-1.60080.45893858013640.53133283967269X-RAY DIFFRACTION2.46039770812
1.6008-1.64790.587583448249150.3986508299183X-RAY DIFFRACTION6.52603823336
1.6479-1.70110.320043237893340.310184530106409X-RAY DIFFRACTION14.5867632532
1.7011-1.76190.316034953592520.294309311858666X-RAY DIFFRACTION23.4870788355
1.7619-1.83240.287886001491790.289567680748898X-RAY DIFFRACTION31.6796368353
1.8324-1.91580.28889731076850.283694930891168X-RAY DIFFRACTION40.5632890903
1.9158-2.01680.3052476954881330.2457483143861594X-RAY DIFFRACTION55.871886121
2.0168-2.14320.2800981411292050.2633200214622435X-RAY DIFFRACTION84.7512038523
2.1432-2.30860.2815985811652640.2364588925362857X-RAY DIFFRACTION100
2.3086-2.54090.2616459243332430.229048450952909X-RAY DIFFRACTION100
2.5409-2.90860.2781139359592570.22806349852924X-RAY DIFFRACTION99.9685732244
2.9086-3.66420.2468478368362460.2025910218973009X-RAY DIFFRACTION100
3.6642-44.20.1963661293522520.1841651351493240X-RAY DIFFRACTION99.9141630901
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.969850279692.972817369181.131086390188.237604900133.159962076888.765509038410.0421544222869-0.3508104648960.2206158603380.4887917716740.139385914925-0.21236574754-0.03110564203190.29166060513-0.04232606754690.3928402609810.0671400085629-0.08868845470090.0983164067024-0.1879034651780.2240526495817.9319964929446.0536304236137.714679161
24.66537226574-5.99133554503-4.281288189388.186162934625.219539143674.08529662803-0.143544466362-0.5801063147680.2507693162020.92048438460.4203988650720.545092999398-0.1230213605550.186532674232-0.2621102924171.352947219680.549146746885-0.2151655237420.918535019617-0.3735936120281.0687652656419.271116030736.4517667537144.077583509
30.9352708946850.41001557536-0.141919309022.021882046450.7409957404561.89354265831-0.0432645753004-0.0781099084892-0.2138147557680.6298704746740.2700409329-0.2369570935480.752051348771-0.0459001123263-0.06897788571540.610678967337-0.0555004603524-0.0786666036160.123920672506-0.1144168878230.2979583542383.0977060631732.0635128968133.729531796
41.959467570940.687792796541-0.1950830380614.36961929425-1.431899392556.15058288309-0.02864416053880.3388801623110.254259525974-0.1643911099090.3182696846250.388605747897-0.0320271920815-0.596661263577-0.2745233124080.281489187879-0.03684697810560.01612509653970.136873730024-0.0989415156820.182715040007-1.1385649626741.1615315704121.222957885
54.613494488570.7359108879823.117821052135.720395511992.39289985373.40599476625-0.2271923727740.790173612718-0.155239242465-0.5142686853150.59948109848-0.855576706283-0.3782869974521.15025291825-0.2943378348640.300718549297-0.1378522811290.0536060124680.285582149829-0.2085859903240.30304383538811.724409431742.603346673114.86598221
68.179248016624.810195174963.278741614947.67340558162-0.4447749836722.47755050691-0.0656568997691-0.3004665130020.4742240985970.03128066856210.1850640667420.10020281826-0.403601983493-0.068365897391-0.04179920249660.285530887414-0.02123958251650.02398302311030.127331528306-0.08915817210990.2046096740233.4825830732248.8703977854123.592117863
72.603062312072.3583865808-1.79021368422.168465986-2.035926452926.628416472140.1527703141980.389866407350.593052299414-0.391745019703-0.1716714259632.162783245110.32081533454-0.6701540573720.06316340650680.224699132881-0.106004256444-0.04111698249980.441745937061-0.05975998104430.576100070754-7.8673989931739.2322958012120.61636006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 30)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 31 through 41)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 42 through 158)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 159 through 193)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'A' and resid 1078 through 1089)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'A' and resid 1090 through 1102)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'A' and resid 1103 through 1110)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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